apply gpl development license

minor optimization. apply gpl development license

patch for wierd format header lines and apply gpl development license

ga in 2.4.0b2 release

nousagestats cli

apply gpl development license and new donotobfuscate flag

full reference added.

spelling

script goes at beginning of body to allow linkthrus to be embedded.

update minor version of release branch

graduated feature colour documentation

GA appender script

google tracking for index document

more graduated feature support

properly export graduated colour features

prototype function for relabelling treenodes with different accession/labels

better tooltip placement in alignment window

added graduated colourscheme support for feature file

better decoupling of data loading routines for AJAX

first experiment with GA application use tracking

look in database references for more ID strings to match against node labels

apply method for a NodeTransform to nodes in a tree

javadoc

only make a link menu when there are links

maxcolour is default colour for no-score features

bugfix autobuild of release branch

bugfix autobuild of release branch

patch to fix occasional arrayoutofbounds exception when working with hidden columns and ragged annotation rows

documented fix to sequencefetcher for multiple ID retrieval

rejigged jmol check thread to run prior to data loading thread to avoid classloader race condition in java 1.6_10 (Sillitoe/Clegg/CATH issue)

rejigged jmol check thread to run prior to data loading thread to avoid classloader race condition in java 1.6_10 (Sillitoe/Clegg/CATH issue)

note on new popup menu in feature settings dialog

added feature gradient colours and sortby feature score/density to feature settings dialog.

prototype for store/restore of feature colour gradient settings

todo

allow configuration of graduated colour

quantitative shading of features by GraduatedColor

prototype dialog for setting feature display shading and threshold

holds shading and range parameters rendering a feature colour

sortbytree view setting and action added - setting is not yet stored in the jalview xml

sortbytree/nosortbytree and defprop arguments. (defprop disabled for moment)

new sortbytree default config property

sortbytree parameter added and undo re-instated for sort by tree and sort by id

fixes launchApp bug where user defined colourscheme defined in applet parameter does not get passed to application

better tooltip display and placement, cope with linkOnly features (hack) and safer method for send/receive selections

debugging selection message send/receive

only display unique url links (both in label and in destination)

bugfix for occasional nullpointer exceptions when selecting menu items that operate on the current selection

change method signature to allow caller to test if panel actually scrolled or not

bugfix the bugfix

allow label to be set independently of parsed input string

bug fixes (infinite loop when fetcher given same sequence several times, race conditions when fetching features immediatly after fetching sequences) and enhanced parsing of protein_name dbref types and URL link handling for features with no label.

updated jalview reference

updated binding

fix occasional nullpointer ref when seq ID retrieval doesn't resolve to a sequence object

showUnconserved and updated reference

showunconserved preference

showUnconserved group attribute

showUnconserved IO

showUnconserved view and group setting

show unconserved gui and annotation file attribute

added showUnconserved property to group and view attributes

hack to completely disable calculation of consensus and conservation if autocalculate is not enabled

bugfix

fix broken parsing of non-positional features in GFF files

structure ids are not IDs, but simply references

refactor

added links to the das settings help, and explanation of how to actually open the DAS Settings dialog

ensure that the DAS sequence source checkbox is checked when a local sequence source is edited.

check for features on the retrieved sequences

refactor

added higher level method to enable the display of sequence features

justify cannot be undone - commented out menu items for moment

experimental: sort by feature UI in feature settings and variable height rendering of features by score

new sort by length method, justify edit menu entries and experimental support for variable height sequence feature rendering

catch null pointer exception when no colourscheme is active

simple transformation of feature types like dbref and dbxref into database references

todo

wsdbfetch parameter change again (uniprotkb is dbname for uniprot)

avoid null pointer exception when no features visible

avoid null pointer exception when groupName is not set

left and right justify method

sort by length

added (and enabled) switch to store gff source string as sequencefeature.group rather than add it to description

temporary fix and note about null feature group mucking up selection of features to be sorted on

warning for failed parsing of newick strings

new callback handler allowing threads that request a progress bar to be cancelled (this is untested!)

structureState element to structure view Id is a many to one relationship - so viewId cannot be an XML element ID.

DAS feature scores are parsed into floats on sequence features

output average score to stdout

display feature score in tooltip

order by feature documentation

experimental buttons for sort on score/density and popup menu to sort by score/density for a specific feature type

new sort functions for ordering sequence by annotated features (probably still buggy) - sorts on distribution and score

added location of menu option and keystroke

support for multiple accession retrieval from a database source

added local das sequence source CLI and documentation

fetch database references for all EBI db + selected das sequence sources or a specific list of named sources

sequence fetchers generated for local das sequence sources

das source browser uses local source method from jalview.bin.Cache and methods refactored to allow headless access to list of selected das sources