JAL-2349 JAL-3855 fix failing tests

JAL-2349 JAL-3855 experiment masking hidden columns in contact matrix

JAL-4033 - heuristic threshold for pAE matrix - mark any column where pAE values for column+8..  lie outside threshold - definitely better to do a watershed or other type of clustering

JAL-2349 formatting/pick correct exception

JAL-2349 JAL-3855 off by one and daft return

JAL-2349 avoid div-by-zero when annotation height is zero (though poss better to simply avoid rendering contact at all)

JAL-2349 JAL-3855 adapt renderer for AlignmentI.getContactList(..) mapping to sequence associated reference frame

JAL-2349 JAL-3855 ContactListI.getPosition() to recover original position passed to ContactMatrixI.getContactListFor(..)


JAL-2349 JAL-3855 experimenting with filtering columns based on mean of contact map range

JAL-3855 JAL-2349 AlignmentI.getContactList takes care of mapping columns to sequence positions for sequence associated contact matrices. Need to map selected positions back for drag selects

JAL-4033 fix drag selections and distinguish row/columnwise highlights from intersections on matrix

JAL-2349 (still buggy) interactive selection  - time to write tests!

JAL-2349 tooltip reports value from contact range

JAL-2349 adjusted range calculation to be inclusive rather than inclusive, exclusive of bounds

JAL-2349 debugged click/drag and added yellow rubber banding (like Alphafold)

JAL-2349 JAL-3855 - interactive point-wise row/column selection, and first attempt at alt-drag for region selections (not yet working!)

JAL-3855 RGB colours from the alphafold paE scale.

JAL-2349 JAL-4033 refactored contact matrix geom calc to allow reporting of mapped positions in tooltip

JAL-2349 JAL-3855 column selection highlighting

JAL-3855 bump AF version to 3 - keep contact renderer happy by filling out maxcols and maxrows attribute in PAE

JAL-1551 formatting

JAL-2349 JAL-3855 tests that probably should be part of Functional..

JAL-3855 report download errors as errors!

JAL-2349 JAL-3855 Integrate pAE retrieval in StructureFile so it can be transferred as reference annotation

JAL-2349 reusable contact map holder for SequenceI and AnnotatedCollectionI

JAL-3855 2349 TODO

JAL-3855 import pAE when StructureSelectionManager parses an alphaFold structure. Works but AlignmentI holding the contact matrices prevents transfer.

JAL-3855 pAE v2 import

JAL-3855 refactor the pAE retrieval code so it can be called via structureselectionmanager

Merge branch 'features/JAL-3895_alphafoldcolours' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855

Merge branch 'develop' into features/JAL-3895_alphafoldcolours

JAL-4065 final fix for 2.11.2.5 - 5pm BST release

JAL-4065 revised to avoid a visit from the apostrophe police

JAL-4073 update tests

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-4073 fix PEBCAK failure

JAL-4014 Changed gecos display names to match labels in help

JAL-4065 revised whatsNew to make sense !

JAL-4065 release 2.11.2.5 date is 11th Oct

Fix for JAL-4075 - don’t write a label in secondary structure annotation element

JAL-4065 update citations for Pfam and Rfam and added the Interpro citation

JAL-4065 2.11.2.5 release version bump

JAL-4065 release notes and updated release date for 2.11.2.5

stable url for PFAM retrieval via interpro api :) JAL-4073

JAL-1551 formatting

JAL-3895 alphafold colours via pluggable annotation row builder. Also ensures min/max set correctly

JAL-1551 formatting

JAL-4065 release notes for JAL-4073 JAL-4074

JAL-4073 Pfam retrieval now works via a template including $PFAMID$ and $ALTYPE$ (full, seed, etc). Also changed name of PFAM_BASEURL_KEY to PFAM_INTERPRO_URL_TEMPLATE to avoid misconfiguration

Patch for JAL-4074 - any content ending in ‘gzip’ recognised as a gzipped stream to decompress

JAL-4065 release notes for JAL-4014 and JAL-4063 in 2.11.2.5

JAL-4065 - new release notes featuring JAL-3612 fix

Merge branch 'bug/JAL-3612_overviewFeatureOrdering' into develop

JAL-4014 JAL-4063 Added gecos colourScheme names (INFO message) and fixed Clustal colourScheme name

JAL-4046 release on 9th August 2022

JAL-4046 JAL-3993 imports reformatting

JAL-4046 JAL-3993 patch for 2.11.2.4 release

JAL-4046 release notes for JAL-3991

Merge branch 'task/JAL-3991_check_actual_JAVA_VERSION_against_build_properties_in_application_startup' into develop

JAL-4046 release notes for JAL-4014 - gecos colourschemes

Merge branch 'improvement/JAL-4014_gecos_colour_schemes' into develop

JAL-4056 documented in release notes for JAL-4043

Merge branch 'patch/JAL-4036_uniprot_fts_legacy_endpoint' into develop

JAL-4043 what’s new, updated help images and release notes for JAL-4034 (3d beacons button)

JAL-4034 show the loading spinner when switching between tabs

Merge branch 'features/JAL-4034_improve_3dbeacons_button_and_ux' into develop

JAL-4056 fixed tl;dr section of doc/building.md

JAL-4036 Fixed the virus_host_id query field

JAL-4036 Added text to help about different number and date range acceptable formats

JAL-4036 updated help about new UniProt API

JAL-4036 moved a comment block

JAL-4034 button looks better also on other OSes with the 0 vertical insets

JAL-4034 add round corners to 3DB confirmation button with icon on a mac

JAL-4036 Changes made from code review CR-JAL-265

JAL-4036 Add getDbName to the GFTSPanelI and add an index code message to the index dropdown tooltip as appropriate

JAL-4036 removing the query field code from the dropdown indexes

JAL-4036 Don't autosearch changing index when autosearch is de-selected

JAL-4036 add search fieldname to dropdown list

JAL-4036 removed often duplicated pluralisation in message

JAL-4036 New configuration, target and pagination process for 2022-07 new Uniprot API

JAL-4046 started release notes for 2.11.2.4 patch release

JAL-4045 - don't apply distribution dependent scale factor to the axis lines!

JAL-4034 Use the new non-modal JDialog for 3DBeacons uniprot lookup confirmation. Link dialog to GStructureChooser's frame so it can moveToFront. Minor improvement to Search 3DB button appearance

JAL-4034 Allow request for non-modal JDialog, which puts the Runnable action into the button click listener (similar to JalviewJS)

JAL-4034 change to jalview property name

JAL-4034 showConfirmDialog works for both desktop and jalviewjs

JAL-4034 Non-blocking 3D Beacons query after warning dialog

JAL-4034 allow a jalview_property to set the threshold level

JAL-4012 release date bump and JAL-4004 tweak to include current version in generated whatsNew.html

JAL-4034 fix #3 change uniprot ref fetch dialog to a ‘warning’ shown when many ids have to be retrieved

JAL-4034 Fix #2 show an icon and a button to press to initiate search

JAL-4034 fix 1 - reword button

JAL-4012 updated release date and whats new for 2.11.2.3

JAL-4012 tweak release notes wording for legacy.uniprot

Merge branch 'patch/JAL-4036_uniprot_fts_legacy_endpoint' into develop

JAL-4036 JAL-4012 note about Uniprot FTS workaround in search documentation, and update to release notes and what’s new

JAL-4036 use the legacy endpoint (and report the FTS query when debug/trace enabled)

Merge branch 'improvement/JAL-1988+JAL-3416_Java8_macOS_APQHandlers_and_FlatLaF_option' into develop

JAL-1988 Don't put Quit in the File menu if there's a handler for it

JAL-2349 TODO for tests