Merge branch 'releases/Release_2_10_4_Branch' into develop

JAL-2897 updated unit test for code change

Merge branch 'develop' into features/JAL-1793VCF

Merge branch 'bugs/JAL-2780_JAL-2781_pdbnegativenums' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2906 bump release version and cut new release note entry

JAL-2780 scan all test IDs before testing and reporting test failures - currently failing for 4im2 and Resnum==0 (seq pos 0)

JAL-2780 SequenceI.findFeatures takes column numbers in base 1…


JAL-2780 JAL-2781 don’t create a mapping if sequence position was not assigned but still keep track of ‘unobserved’ counts for bookkeeping

JAL-2780 JAL-2781 only create a mapping entry or write a character to the ‘mapped sequence’ for observed residues regardless of to/from coordinate frames

JAL-2781 JAL-2780 include sequence start number when computing position in PDB sequence when mapping from PDB to PDB

JAL-2781 ensure Trim is disabled before test starts

JAL-2781 refactor ‘trim retrieved sequence’ preference key to string constant for reuse in tests

JAL-2781 null local siftsClient variable if exception occurs (probably not needed but clearer this way ?)

JAL-2781 refactor StructureSelectionManager.siftsClient to local variable in computeMapping

JAL-2781 FIXME: value of sourceType parameter always overwritten

JAL-2781 refactor possibly non-functional ‘extract secondary structure’ logic out of computeMapping

JAL-2781 tidy up comments on getMapping/computeMapping

JAL-2781 report exactly which residues do not receive RESNUM annotation from associated structure data

JAL-2905 added additional jvmarg for testng task conditional on the JVM identifying as java.version==9

JAL-2780 JAL-2781 extra column in mapping array

JAL-2904 JAL-2780 JAL-2781 update JmolCommandsTest for removal of redundant first semicolon in commandset

JAL-2780 JAL-2781 ahem - add a semicolon if there isn’t one

JAL-2780 use value of ’UNASSIGNED’ constant in assert verifying expected unassigned positions

JAL-2904 replaced assert for (getEnd()-getStart()+1)==getLength() in testPdb/mmCIFSeqRetrieve with test for RESNUM features at each position extracted from the PDB chain.

JAL-2781 use SIFTs mapping rather than maxChain AlignSeq to propagate annotation and sequence features to sequence being associated

JAL-2780 JAL-2781 use PDBe numbering to map between sequence extracted from PDB chain and Uniprot mapping

JAL-2781 mark aligned positions via StructureMapping’s Mapping object, and transfer residue positions via the Atom.resNum position rather than Residue.number

JAL-2780 JAL-2781 include a Mapping object in StructureMapping to pass to sequence annotation and feature transfer

JAL-2780 JAL-2781 UNASSIGNED positions marked as Integer.Min

JAL-2781 fix test data for full length annotation

Use the “PDBe” or “PDB” numbering (starts from 1, corresponds with the PDB SEQRES record) to map to the dataset sequence if its primary coord system is PDB. (fixes StructureSelectionManagerTest.testMapping_EqualsSeqFeatures with 4im2_missing.pdb).

JAL-2780 JAL-2781 should always ensure SIFTS mappings are made to dataset sequence rather than the alignment sequence.

JAL-2780 JAL-2781 run sequentially and ensure windows are closed so structureselectionmanager is tidied up after each test.

JAL-2780 JAL-2891 clear all windows always beforeTest for Jalview2XmlBase

JAL-2902 catch case where viewer is closed (therefore binding is null) before hasMapping is called. technically, hasMapping should return false… but not if it is being used to poll.

JAL-2902 thread off dialog close op to avoid deadlock on the main swing thread.

JAL-2808 ensure pattern field re-enabled when needed for condition

JAL-2780 JAL-2781 first pass at failing test for incorrect colouring of structure after import and display of fragment of PDB 4IM2

JAL-2780 JAL-2781 JAL-2902 refactored helper method in test for programmatically viewing structure via structure chooser

JAL-2902 - isBusy and hasMapping methods so client can wait until a newly opened structure view has finished mapping sequences to structure data and sending initial colour commands to the structure view.
[ needed for JAL-2780 JAL-2781 tests]

JAL-2780 JAL-2781 fix javadoc in line with behaviour for getPDBResNum

JAL-2780 JAL-2781 JAL-2902 refactor ‘OK’ action to optionally blocking method for retrieval/opening view for selected structures and getter for retrieving the handle for the last opened viewer

JAL-2780 JAL-2781 don’t assume contiguous mapping to PDB residue numbering when generating Jmol colour commands (unmapped PDB residue data shouldn’t receive colour if mapped positions either side receive the same colour).

JAL-2780 JAL-2781 (failing) test comparing location of transferred annotation from PDB file via SIFTs to full length uniprot sequence vs transfer from same structure/SIFTS file to a subsequence through the StructureChooser

JAL-2780 JAL-2781 programmatically select structures for retrieval via Structure Chooser GUI

JAL-2780 JAL-2871 only look up current table view once

JAL-2780 JAL-2781 test AlignmentI.findAnnotations locates sequence associated annotation by id and sequence reference

JAL-2780 JAL-2781 - patch and first test for AlignmentI.findOrCreateAnnotation

JAL-2897 more informative description on synonymous variants

Conflicts:
test/jalview/analysis/AlignmentUtilsTests.java

JAL-2897 more informative description on synonymous variants

Merge branch 'spikes/mungo' into trialMerge

Conflicts:
src/jalview/analysis/AlignmentUtils.java
test/jalview/analysis/AlignmentUtilsTests.java

JAL-2897 more informative description on synonymous variants

JAL-984 merged to spikes-mungo

Merge branch 'feature/JAL-984splitAdjuster' into features/JAL-1793VCF

JAL-984 use cursor for drag regions to adjust annotation height or id width

JAL-984 better behaved panel height adjuster

JAL-2792 added tooltip to menu items in case of truncation

JAL-2069 menu item now "Variable colour..." to hint at more...

JAL-1793 update spike build to latest incl stop and synonymous variants on peptides

JAL-2898 show 'stop_gained' variants on peptide sequences

JAL-2897 generate peptide variants for synonymous codon variants

JAL-2897 formatting change only prior to functional change

JAL-2743 recoded EnsemblLookup without lambda expressions for parsing response

Merge branch 'releases/Release_2_10_3_Branch' into bugs/JAL-2780_JAL-2781_pdbnegativenums

Merge branch 'develop' into features/JAL-1793VCF

Conflicts:
resources/lang/Messages.properties
resources/lang/Messages_es.properties
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblGene.java
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblLookup.java
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblSeqProxy.java

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_3_Branch

JAL-2858 update release date and rejig what's new message

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_3_Branch

JAL-2858 fix what's new

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_3_Branch

JAL-2858 update latest release notes link in TOC

JAL-2859 release notes

JAL-2858 update release notes

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_3_Branch

JAL-2858 release notes for 2.10.3b1 (including revision to EnsemblGenomes client as per JAL-2679)

JAL-2858 bump version number for 2.10.3b1

JAL-2810 JAL-2886 i18n

JAL-2679 update query id to actual case of retrieved gene

JAL-2679 case-insensitive comparison of query and retrieved accession

JAL-2679 use object_type=Transcript for lookup of Parent for Protein

JAL-2886 trivial unit test fix

Merge remote-tracking branch 'origin/task/JAL-2662' into develop

Conflicts:
benchmarking/README

JAL-2662 Updated README

JAL-1793 update spike branch to latest

JAL-2791 ignore feature type visibility in getColor()

JAL-2843 test roundtrip of feature colours and filters to Jalview project

JAL-2843 unit tests for writing filters to Jalview features file

JAL-2843 unit tests for Save/Load colours and filters as XML

JAL-2808 small tweaks to api / Javadoc

JAL-2069 fix setting initial value of slider from threshold

JAL-2880 disabled non-functional test - Jmol parser does not have proper association mechanism to bind PDB data to derived annotation.

JAL-2843 missed Castor class

JAL-2843 save/restore colour feature by attribute, and feature filters, to Jalview project

JAL-2879 save/restore feature sub-attributes in Jalview project

JAL-2843 missed Castor class

JAL-2843 and Castor metadata file for latest changes

JAL-2843 schema and code changes to save colour by attribute and filters in user colours XML file

JAL-2843 add isByAttribute to interface for convenience

JAL-2843 add colour by attribute, and no value colour, to features file