Dont write graph type twice

Checks on drawing characters and if sequence ref has been deleted

Colour argument added, to mirror applet view

Prepare for launchFullApplication

Highlight sequences to be deleted before deleting, and apply button exists

Check row.annotations is not null

SelectionGroup is initially null

Replaced by AnnotationFile

Uniprot may have several accession ids

Parse HTML links from jalview features file

DBRefFetcher replaces SequenceFeatureFetcher

Check if featuresDisplayed is null

Case wrapped jar file, wrapped preference true dealt with

No need for repaint

Uses FeaturesFile parser, GFF and Jalview

++ --

Check featureLinks is not null

ParseFeaturesFile takes protocol as arg

Takes AlignFrame as arg, to update progressbar

AlignFrame is now the FeatureListener

Fetch DBRefs

Ye olde SequenceFeatureFetcher

Renamed to DBRefFetcher

Not used in Jalview

Use spice-3d das1 source list for nowjalview/gui/DasSourceBrowser.java

Fixed to trial registry at the moment

new files

Not using AxisDasRegistry

Not needed

check helperUrl is not null

Das client files

Correction - use start and end

Dont add start and end for the moment

Wrap alignment moved to alignFrame

Non positional features shown as mouse over

fr.findAllFeatures on init

Correct citation

Unnecessary import

FeatureRenderer synchronized featuresAdded method

Maintain status and position only for uniprot parsing

Fileloading progressbar

Status is now in otherData of feature

Sequence checks for duplicate features

parseAppletParam

parseAppletParameter

Retrieve multiple EMBL ids

Size adjustments for MacOSX

Remove unnecessary lines

createColourFromName if not specified

Export annotations as Jalview format

Feature and annotation parsing moved to io

otherDetails

Remove getsfarray

getSequencesArray

setAcceptAllFileFilter fixes bug on MacOSX

Export features / annotations

Save text to file

createColourFromName

Function not used

readAnnotationFile

parseFeaturesFile

Annotation/feature exporter

Introduced DbRefEntry to DasSourceCoordinateSystem check to only call sources for sequences with a particular DBRefEntry id (PDB or Uniprot currently)

DBRefEntry.source enum type

bugfixed and podded.

simplest conversion of gff to jalview annotation format files.

New link image

Wrap alignment added to preferences

Checks in case DasSource is null

Smaller file size

New link image

DAS client libraries

Remove unnecessary ints

DAS sources added

PopupMenu displays URL links

ignore begin==0 and end==0 for the moment

Create random colour only if Colour is not specified

Implements FeatureListener

new DasSequenceFetcher

DAS Settings tab added

Use a label with html instead of textarea

Remove position, add score and links

Parameter to show feature settings

Tooltips for features, links for features added

NEW FILES

broken link typo. (SEVENtwentyfour alert)

added future method comment

added the jnetfile parameter to specify a JNet concise file to be
parsed to add jnet predictions to the first sequence in the alignment

added unofficial support for concise output parsing from the JNet server to extract the sequence profile.

refactored code for creating JNet annotations

Refactored code for creating annotation objects from a jnetfile object.

Restrict annotation panel to 50% window on load

graphColour, graphGroup, more relaxed annotation requirements

Save annotation colours, hideConsevation etc, graphGroups

Switch off dashedline after drawing groups

Remove unwanted line

Allow for scroller position

Remove system.out

Rearrange annotations

added popup warning when proxy settings must be configured.