The archetypal Multiple Sequence Alignment Web Service

conservation removed

separator added

corrections for find when edit takes place

JalviewApplet jbuilder project

output newick to textbox

reads in treeFile from applet parameter

paintComponent. not paint

correct conservation errors after edit

if imgWidth <0

wrap align correction for last row

add 1 to fastPaint, in case seqs of different length

if clustal + edit, make new clustal

pdb end seq and startseq determined here

colour by sequence just about works

Accelerator on menu takes care of actionkey

Added cancel interface for JPred Client and fixed some messages.

Moved tree leafname to alignment set matching into SequenceIdMatcher class for
use in other contexts.

<No Comment Entered>

saveAs .....

saveAsNewick

moved to jalview.io

new place for sequencefeaturefetcher

send rotCanvas sequence and viewport

pdbfile details not essential to sequence

addelement replaces add

added remark about right mouse in awt

validate and repaint after changing panels

mouse listeners added

renderer removed

no need to send pid, seqnum

SequenceRenderer changes

no need to send vector pid or seqnum

No need for this interface

Applet files

Better treatment of error states and cancellability in wsclient.

formatAdapter.formatSequences and maintain annotation after undo

formatAdapter.formats

formatAdapter.readFile

change Container to Component

formatAdapter.formats, remove redundant code

1.1 compatible, formatting changes

FormatAdapter readFile

1.1 compatible

findKmers and fetchSequenceFeatures removed

Removed as obfuscation of classes wiill change class names

selects default colour

just tidying up unused imports

stopped duplicate jars appearing in jalview.jar
beginning of 'automatic ws client' generation.

REad in defaultColour

preferences held statically

preferences moved to desktop

read in preferences at start up

Added MuscleWS back in

First try with MuscleWS and vamsas.simple.objects

First try with MuscleWS

no longer used

Label changes as AF recommended

must set consensus in child colourscheme

Updated for use by preferences panel

GUI changes

Preferences panel added

Viewport now looks at preferences when loading up

Set fullscreen if in preferences

can search ids

set as default added

search ids added

Menu names changed

JInternalFrame is within class. Method to load default added

Preferences panel added

set gap char modified

added MuscleWS and did a bit more standardisation of WS threads.

if applet, load properties in void init

+1 in fastpaint sends coloured text outofbounds

dont update overview every repaint

Loading alignment threaded

Syncronize drawPanel, as overviewpanel is threaded

Overviewpanel allows for large alignments

add consslider to palette layer

Allow for clipped region when printing

Tick 5 and 10 marks

Printing changes

update conSlider when colour changes

Allow for -open arg

no need to keep setting selected, its on the palette layer

add splash to palette layer

Printing of trees corrected. Antialiasing on

painting syncronized, spin increments in units, not loops of the thread

wrap alignment box paints correctly

blosum62 must have its on consensus

setendres -1

position of bioinformatics

set PNG antialiasing on

show sliders when first selecting conservation,PID

dont drag beyond end of alignment

selected group draws last residue

repaint removed

fastPaint modified incase scroll is more than page size

calls fontChanged

fontChanged method added, componentListener removed