fr==null check.

feature group state and type order preference storage/retrieval.

featuresAdded call for transferred PDB features

featuresAdded() method, state change support between feature setting box and featureRenderer, feature ordering conserved between group selections, new features appear on top of old, and 'optimise' feature ordering button added.

added feature type order preference attribute and visible feature group state element

New seq feature name not added here

getAllFeaturesAtRes replace by findFeaturesAtRes

addElement

destroy destroyed

destroy destroyed

Destroy alignment moved to finalize

Chain might be null

Destroy Alignment when closing frame

Destroy aligment method added

Must allow for scrollbar height

Pick atom highlighted

Updated PDB loading params

Jmol calls user colours

Jalview colour schemes added

Add seq mapping for multiple seq 2 pdbs

Menu changes

fix single sequence features added rendering bug.

PDB residue numberings transfered and alignment view refreshed to update featureRenderer.

grammar.

updates to console

slide is transparent to hidden columns

generalised feature attribute parsing slightly (no embl specs to work from yet)

bugfix for 1.1 conversion.

reenable canceldas after a cancel and subsequence fetch

lastSeq==null to force refresh of sequencefeature array reference

removed Iterator usage.

run and halt buttons must have listeners added

loadingFromArchive flag added

run halt hidden, help moved to menu item for stupid mac users

save structures

Commented out userDefColours for compilation. Class now redundant anyway

Now a JPanel, plus some modifications

Check exploded pos is not the same as current frame

Set gatherViewsHere false when making a new tab

Saves structures

Jalview colours added to Jmol

Saves Jmol status

DAS features mapped to local reference frame

translate aligned cDNA to aligned peptide

retrieve and parse EMBL records to view exons.

convenience method to get visible selected region.

null exception when annotation created with no description.

New method for mapping from common database sources to canonical jalview name. Added EMBL to list of mappings between internal DBRefSources and das coordinate system.

note about selenocystine.

disambiguate jalview.datamodel.Mapping from castor's Mapping object.

initial support for EMBL file parsing.

equals operation used for canonicalisation of DBRefList (rather than explict 'equals' on attributes)

mapping implemented by MapList added to DBRefEntry.

javadoc typo

copy constructor

Uncomment graphics 2d bit

Launch applet jmol

Use paintAlignment

check conservation length

Structure listener

remove p+3 < query.length

No longer use ref to seqcanvas for painting

blank space for chain name if empty

keep record of atomIndeX

jmol added

jmol

version 3.7

date added

>0 rather than -1 check

tranfer pdbresno features to dataset sequence.

Reload jar files

Hashtable for previously loaded pdb files

Make checkbox bigger for text on mac

running jalview from the command line.

added command line help documentation and preferences help to
contents. Documented SHOW_OVERVIEW property in preferences.

added 'show overview' preference.

fix on newquestionaire notification bug (again)

formatted

restore unformatted state

Formatting

formatting

Extend annotation if too short

reload, just close this frame and open a new one

2.2.1 changes

removed

hardwired default user questionnaire url and by default will always check for a questionnaire when running with gui.

more bugfixes.

2.2.1 updates

Dont add null description to tooltip

Applet params cant read tab character

Allow for frame insets

Format label

debug log message

simplified and refactored along with cgi-script.

Alignment editing columns 0 and 1 fixed

command line hook for questionnaire url argument.

kkv change

client side machinery for user questionnaire responses

Fixed bug in trim right annotation adjust

stop flickering annotationPanel