JAL-4059 revert to intervalstore 1.1 for VCFLoader

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4059_update_swingJS_for_JalviewJS_2_11_2_and_2_11_3

JAL-4059 fixed a test that is now working as expected due to <br/>. Better calculation of long line with HTML tags.

JAL-4059 Fix the tooltip formatting for when, e.g. enclose=false

JAL-4059 redo these tests as TestNG asserts to add message

JAL-4090 JAL-1551 source license

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4059_update_swingJS_for_JalviewJS_2_11_2_and_2_11_3

JAL-4059 Updates to miglayout, varna, intervalstore, with re-transpiled javascript libs. Some failing tests

JAL-4090 relese date 14th Nov 2023

JAL-4236 don’t look for headers in JalviewJS

JAL-4336 set preferred dimensions for JTextBox workaround in JalviewJS

JAL-4090 fix JAL-4236 - just put the name of the class in rather than look it up in a fancy way

JAL-4331 construct and pass on overview title before asking desktop to open the window…

JAL-4059 updated intervalstore jars to match updating util/jalviewjs/libjs/intervalstore-site.zip

JAL-4240 Remove unnecessary whitespace, being rendered in JalviewJS. Split on both <br> <br/>. Should make consistent at source, mea culpa.

JAL-4059 tidyup

JAL-4059 Change long querystringnamespace to namespace as it's being used for more than query string now.  Add a spinner image for proof of concept loading indicator.

JAL-4059 Tidy getting the namespace, and save the namespace in the Jalview instance for retrieval within Java.  If namespace exists when desktop appears, remove a div by id ns:jalviewSplash from the HTML page.

JAL-4059 fix not merging html files to the final site from libs

JAL-4059 SwingJS from java2script github repo.  It works\!

JAL-4059 Checked through and fixed build tasks

JAL-4059 Fix up Jsmol calls and delete html files from JS zips in build.gradle.  Improve closure-compiler core creation with merged swingjs.  Change startup file for core example page.  Add querystringnamepspace to example pages.  Remove unnecessary core lists.

JAL-4090 minor missing word correction to whatsnew

JAL-4059 fix that boolean for non-value query string args

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4059_update_swingJS_for_JalviewJS_2_11_2_and_2_11_3

JAL-4059 --timeout not needed with --virtual-time-budget

JAL-4239 Using own id generation to avoid Random.nextLong() not implemented in jalviewjs

JAL-4090 JAL-1551 spotlessApply

JAL-4090 tweak what’s new

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4059_update_swingJS_for_JalviewJS_2_11_2_and_2_11_3

JAL-4090 reported new known issue JAL-4328

JAL-4059 updated _j2sclasslist.txt

JAL-4059 updated test for StringUtils

JAL-4192 minimal specification of gradle version in building.md

JAL-4059 New namespaced query string parameters.

JAL-4090 fix up release notes - add notes or JAL-4216 JAL-4169 JAL-4250 JAL-4327 and remove erroneous note for JAL-3776 (targeted for 2.12 release not this one)

JAL-4169 fix up urls to faq and documentation

JAL-4059 swingjs and Jmol-SwingJS.zip from Jmol github.

JAL-4059 Update closure-compiler.

JAL-4090 known issue report for JAL-4517

JAL-4090 release notes for JAL-1713 JAL-2528 and known issue report for JAL-4127

JAL-4090 JAL-3921 release notes

Merge branch 'patch/JAL-3921_jmol_session_save' into develop

Merge branch 'develop' into patch/JAL-3921_jmol_session_save

JAL-4217 wrap progress bar creation in an invokeLater to avoid setFont deadlock with other ops

JAL-3088 release notes JAL-4090

JAL-1551 formatting

Merge branch 'patch/JAL-3088_finalbracenotinrightplace' into develop

Merge branch 'develop' into patch/JAL-3088_finalbracenotinrightplace

 Conflicts: - JAL-4250
src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

JAL-4090 update release date to friday 3rd November
Release notes for JAL-4252 JAL-3858 JAL-2292 JAL-4288 JAL-4151

JAL-4090 JAL-4293 JAL-4325 release notes

JAL-4090 JAL-4218 patch and release notes - don’t include dist in tarball

JAL-4090 marked JAL-4290 as a knowndefect

JAL-4090 JAL-4110 JAL-3599 release notes

JAL-4090 JAL-4310 JAL-4298 JAL-4282 JAL-4223 release notes

JAL-4090 JAL-4147 documentation for revised sequence associated annotation display and pop-up menu

JAL-4090 release notes for JAL-4304,JAL-4305 and JAL-3783 and marking JAL-4323 as known issue (groovy scripts colourschemes and file formats)

JAL-4289 JAL-4253 lower end of group boundary vertical needs to be flush with horizontal

JAL-4090 JAL-4281 JAL-4311 release notes

Merge branch 'patch/JAL-4281_idwidthandannotHeight_in_project' into develop

JAL-4281 patch test so it passes on build server and accepts different legacy idwidth on macs

JAL-4090 release notes for JAL-4315

Merge branch 'feature/JAL-4315_fc_draganddrop' into develop

JAL-4090 JAL-4317 release notes

Merge branch 'patch/JAL-4317_enablefeaturewhenadjustingstyle' into develop

Merge branch 'develop' into patch/JAL-4281_idwidthandannotHeight_in_project

 Conflicts:
src/jalview/gui/AlignmentPanel.java
and regenerated schema binding

Merge branch 'patch/JAL-4260_fix_up_select_via_ruler_in_wrapped' into develop

JAL-4260 encapsulate logic for resolving nearest column and do better using it in wrapped mode for drags/clicks/popups on alignment

JAL-4260 reinstate annotation auto-id-width for wrapped view in headless mode (JAL-244) whilst still right-aligning labels

JAL-4059 Add the newest exampleFile_2_7.jar to the JalviewJS examples (I want the structure\!).

JAL-4260 fix up click/drags on ruler area in wrapped mode.

JAL-4059 simpler reimplementation of StringUtils.separatorListToArray to avoid unnecessary use of Pattern and regex because of possible jalviewjs Pattern incompatibility

JAL-4059 Actually fix the order of js lib syncs to site.

JAL-4059 upgraded Jmol

JAL-4260 right align the annotation labels regardless of width in wrapped mode.

JAL-244 noticed NPE exception was possible when visibility was adjusted in wrapped mode

JAL-244 knock on - make sure alignPanel is laid out properly after adjusting height. Probably a better

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4059_update_swingJS_for_JalviewJS_2_11_2_and_2_11_3

JAL-4319 Downgrade shadow(Jar) module to stop triggering clover

JAL-4059 Just keeping these jsmol versions handy.  Remove these files before merging to develop.

JAL-4059 If we upgrade Jsmol, do we want to upgrade Jmol to the same version?

JAL-4059 Converting Pattern/Matcher methods that are possibly incompatible with JS regex equivalents

JAL-4059 rename jsmol zip file for clarity

JAL-4059 ensure order of transferring JS lib zip files to site is consistent

JAL-4317 enable display of feature when showing its colour or filter settings dialog, and restore original visibility if cancel is pressed.

Handle feature settings files loaded via drag and drop or import

JAL-4315 allow feature settings to be loaded from a file or input stream without the dialog being open

JAL-4315 identify feature settings file from its xml schema header

JAL-4059 Now using "Google Chrome for Testing" https://googlechromelabs.github.io/chrome-for-testing/ .  Adjusted timeouts. Removed window.console.err fix \(no longer needed\).

Merge branch 'patch/JAL-4311_import_pLDDT_scores_from_nonAlphaFold_sources' into develop

Merge branch 'bug/JAL-4313_cme_in_tests' into patch/JAL-4311_import_pLDDT_scores_from_nonAlphaFold_sources

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4289_group_boundary_not_drawn_properly_in_fastpaint_or_paint

JAL-4312 defend against ConcurrentModificationException

JAL-4312 call AlignFrame.setAnnotationsVisibility on AWT thread from Commands

JAL-4059 Updated jmoljs and _j2sclasslist.txt

JAL-4311 fix ranking so models with like scores are sorted in their own group - AlphaFold 2 now selected as highest scoring model (58) over levyLab (50)

JAL-4311 failing test case for 3d-beacons epas1_human including levyLab alphaFold2 pLDDT scored result

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4059_update_swingJS_for_JalviewJS_2_11_2_and_2_11_3

JAL-4310 let the user know when model pages are not available for a 3d-beacons structure (and log URLs when they are opened).

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-4124_dont_duplacate_PAE_data_acrossviews