Returns TreePanel when opening Newick

Saves trees

null pointer fix.

uses paintrefresher

clustal probs

quit saves screen size

Updates checkboxes on load

PaintRefresh changed

protected now public

Quit actionPerformed

Get colourScheme with seqs and width

SeqFetcher modified

remove imports

Fastpaint is false initially

latest

added logs.Castor.level

added castor logger configuration.

Remove imports

set conservation/consensus in constructor

removed exception name from server error state (to not alarm the casual user).

removed

deleted

moved from lib

for obfuscating

needed for applet search

Build Applet added

Monospaced

Warn if Textarea limit has been reached

replace space

group recalc conserve

recalc group conserve

if missing forward slash

Recalc accelerated

style change.

heading

punctuation (sorry ;-)

grammar.

unterminated ul

nicer help.

Sets sequence features

spelling

Spelling

Formatted source

GPL

GPL license added

*** empty log message ***

Add email to about

more truthful comment.

quickie  build instructions.

very basic code convention. no licensing/stripping yet.

better code convention name

jalopy is used for sourcescrub target of build.xml (sourcescrub is not
a standard target name;-)

removed signature for this jar

loads of changes. Jalopy source formatting, better WS client build (but still not automatic) and jar building (still not optimised yet).

added a couple of debug statements for unix browser launching problems.

closes if accepted

made error for browser configuration on unix a bit easier to see.

firefox now default for unixen.

more subtle rearrangements

Reinstated 'create tree from selected region only' with better indication that only part of an alignment was used to calculate the tree.

tidied the exceptions and ws server error behaviour

Menus

new

*** empty log message ***

Warn if URL not found

Cut and paste changed

Reverse order for windows, readin from url

startup file is jalview.org

Name of xml file changed

Check startup file is not null

minor changes to make jalopy happy

minor changes to try and make jalopy happy

Moved comment so it doesn't break jalopy (this is not good!)

added the sorting entry to calculations, and corrected the PID
ordering and the redundancy calculation help description.

Changed sortByPID to use the gapped PID function.

comments

Added clustalW 'realignment' (primitive)

added default ClustalWS or MuscleWS to remove gaps.

propagated use of jalview.util.GapChars for gap removal.

more robust parsing for DBset/DBname|id1|id2 type ids

modified history for redundancy removal.

fixed stacktrace potential for pairwise alignment action.

Modified output on stdout for similarity matrix.

images moved

fixed brain interruption bug.

ignores blank lines read in and write out

right ordering for RedundancyPanel constructor

added proper state check for failedJob flag.

Added jobFail state

better recognition of MSF files.

Added menus

edits

image moved

pref

menus

Image moved

identity changed

Cut and paste menus added

Cut and paste changes

C&P changes