Merge branch 'develop' into features/JAL-1152annotationSorting

Merge branch 'bug/JAL-1250_redundance-removal' into develop

Merge branch 'develop' into features/JAL-1152annotationSorting

Merge branch 'features/ssFromPDBEntry' into develop

JAL-795 JAL-674 tweaked logic to avoid black annotation shading and hard-wire secondary structure colours when no custom colours available

fix for JAL-1579 create threshold object for annotation rows that match shading pattern but do not have threshold objects as yet (nb - side effect is that cancel leaves old threshold lines on these annotation)

JAL-1578 test property accessors/copy constructor

JAL-1578 JAL-674 store/restore alignment annotation properties in Jalview 2.8.2 project (allows the Annotated PDB file import/export to project/import test to pass)

JAL-1578 formatting and imports

JAL-674 peptide structure input so test is not dependent on network

JAL-1551 formatting

JAL-674 JAL-961 JAL-1578 accessors and copy constructor for annotation row properties

javadoc

JAL-1152 bug fix for 'no sort' case + tests for autocalc placement

JAL-1152 menu tweaks plus new option to put Autocalc at top or below.

JAL-674 JAL-961 pass row reference to handler to check calcId and any specific properties (e.g. originating PDB ID for the row data)

JAL-674 JAL-961 properties to stash additional information for an alignment annotation row

Merge branch 'develop' into features/ssFromPDBEntry

JAL-674 hang on to sequences created by secondary parsiing process to manage transfer of annotation

JAL-674 count number of annotation transferred in test

JAL-1152 with sticky annotation sort order that updates as sequences are
moved up or down

JAL-674 propagate annotation onto mapped sequence and its dataset sequence

JAL-674 register PDB IDs when ever they are resolved on file IO

JAL-674 use PDB ID<>File registry to look up correct ID for PDB file derived annotation on a mapped sequence

JAL-674 return original and replacement sequences and the alignment to allow more processing if needed

JAL-674 helpful javadoc for remap method

JAL-674 flag and proxy method to distinguish setMapping calls which create a mapping for a displayed structure and those which transfer annotation

JAL-674 map on StructureSelectionManager to record PDB IDs extracted/assigned to PDB files

patch for JAL-795 - use base secondary structure colour if no colour defined on annotation row element

JAL-674 patch test to verify presence of annotation on the sequence associated with the PDB file

JAL-1551 format and tidy

JAL-1152 prototype of new Annotations menu with sort options

JAL-353 updated patch for undo successive remove redundant sequence

JAL-353 updated patch for undo successive remove redundant sequences

JAL-1264 JAL-674 test to exercise the AlignmentAnnotation.remap method via
the jalview.structure.StructureMapping.transfer method

JAL-1264 JAL-674 method to copy annotation on structure positions to associated sequence positions

JAL-674 JAL-1264 remap method to allow annotation positions to be updated from simple int-pair arrays (like those used in the StructureManager mappings)

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1264 refactor to add menu options to _both_ sequence and selection
pop-ups, plus unit tests.

2_8_2_Branch merge

JAL-353 undo for successive removal of redundant sequence - bugfix

JAL-1250 Redundancy removal bug fix for Applet version

Merge branch 'develop' into Release_2_8_2_Branch

Merge branch 'Release_2_8_2_Branch' into merge_r282_dev
normalised HTML messages and line endings for JAL-1420 JAL-1428 JAL-1355
(darolmar commits)
Conflicts:
resources/lang/Messages.properties
resources/lang/Messages_es.properties

Updated RedundancyPanel.java to referesh the tree view when reduncancy is applied/unapplied

Patch for redundancy removal

Merge branch 'hotfix/JAL-1521' into Release_2_8_2_Branch

Conflicts:
.classpath
RELEASE
src/castor.properties

Merge branch 'hotfix/JAL-1521' into develop

Conflicts:
.classpath
RELEASE

JAL-1521 updated xerces to 2.11 along with xml-apis

JAL-1521 patch is to remove xerces from classpath. This may cause problems for java 1.6 builds

JAL-1521 test to check registry is returning sources

patch fixes JAL-1558

JAL-1503 tag 2.8.1b1 hotfix - last in 2.8.1 line

JAL-1264 new unit tests

JAL-1264 further refactoring and tests

JAL-1304 repositioned tab to correct example

Merge branch 'forpush/JAL-674_dssp' into develop

JAL-674 check for null vector before ...

Merge branch 'patch_sjf4j_typo' into develop

JAL-1216 update varna dependency string in jalviewLite build

Merge branch 'patch_sjf4j_typo' into develop

JWS-59 JAL-1216 patch broken InstallAnywhere build

Merge branch 'forpush/JAL-674_dssp' into develop

JAL-1551 reinstate missing import

JAL-674 initial implementation - only need to extract PDB id from file, no SS transfer at this stage

JAL-1551 crlf

JAL-674 JAL-1551 imports dropped during merge

JAL-1216 update to VARNA 3.91

JAL-674 remove any spurious PDBEntrys generated by Jmol/RNAView parsing processes

JAL-674 methods and test for PDB derived annotation stored and recovered in project

JAL-674 store ID in MCview.PDBfile calcId string, not PDB filename

JAL-674 don't create multiple secondary structure lines for a particular sequence/PDB mapping

JAL-674 test for the test for presence of annotation derived from particular PDB file

JAL-674 test for presence of annotation derived from particular PDB file

JAL-1551 formatting

JAL-1551 formatting

JAL-674 patch for duplicate row bug

JAL-674 test for duplicate alignment annotation rows on aligment

JAL-1551 formatting

Conflicts:
src/MCview/PDBfile.java

JAL-674 patch to ensure existing annotation is properly wired up when
transferred to newly annotated version

JAL-674 test to ensure sequence and annotation on sequence reference
eachother (consider refactoring to a general alignment annotation
validation suite)

JAL-1551 source formatting

JAL-674 JAL-207 getTers for aligned sequences in dataset context

JAL-674 refactor method to match and transfer annotation between aligned
sequences

JAL-1551 formatting

Merge branch 'features/JAL-1264_showHideAnnotations' into forpush/JAL-674_dssp
EOL changes conflict with new lines from mungo's branch
Conflicts:
resources/lang/Messages.properties
src/jalview/datamodel/SequenceI.java

JAL-1551 crlf changes

Merge branch 'feature/JAL-674_dssp' into features/JAL-1264_showHideAnnotations

Merge branch 'jims_crlf_hell_JAL-1551' of https://source.jalview.org/git/jalview into jims_crlf_hell_JAL-1551

JAL-1551 crlf changes due to checkout with text=auto

JAL-1551 crlf changes due to checkout with text=auto

JAL-674 always try to extract secondary structure when importing a PDB file

JAL-674 support preservation of any annotation created by the MCView PDB parser by application of liftOver method

JAL-674 make transferAnnotation method static

JAL-348 JAL-674 JAL-1564 TODO and implementation error message when liftOver is attempted for a DNA/Protein mapping.

JAL-674 patch logic to test whether old and new sequence reference for annotation have a common dataset sequence

JAL-674 JAL-1305 JAL-348 new liftOver method and test to allow annotation to be propagated from one sequence to another via a sequence mapping

JAL-1551 CRLF handling

JAL-1264 unneeded setup removed

JAL-1264 unit test corrected