JAL-3322 fixed convertBuildingMD task skipping in Windows

JAL-3322 Removed debug logging. Enabled backup install/getdown.txt config. Added a dev doc diagram.

JAL-3322 Once background displayed, allow asynchronous progress setting

JAL-3111 fixed an anchor name link preventing linkCheck task from completing successfully

JAL-3111 sign the uninstaller script .. again

Merge branch 'improvement/JAL-3322_getdown_splashscreen_visibility' into develop
also note JAL-3320 addressed (groovy console opening with Java 11)

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3322_getdown_splashscreen_visibility

JAL-3111 release notes for JAL-3334 JAL-3330 and rejig others

Merge branch 'bug/JAL-3330' into develop

JAL-3334 fix - always load full SO to resolve the sequence features from Ensembl correctly

JAL-3111 get rid of nasty tab characters

JAL-3332 test to check for duplicate db sources and patch to code. crept in after das source removal

JAL-3130 Added all groovy jars for groovy console

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3322_getdown_splashscreen_visibility

merging with develop

JAL-3322 Splashcreen now appears instantly with new setting ui.progress_sync = true. Some other minor improvements

JAL-3330 JAL-3332 relocate and simplify BeforeClass/BeforeTest to avoid ambiguity in setup

JAL-3330 test to verify sub/attributeName array is not shared between multiple instances after copy-via-copy constructor

JAL-3330 javadoc

JAL-3322 replaced invokeAndWait(r) with r.run() and fixed nullpointer error in jvl config reading

JAL-3289 Ehancements to ARCHIVE building and script to show how to batch build and rsync the archived versions

JAL-3289 ARCHIVE now implemented (requires a compiled -PARCHIVEDIST=/path/to/old/jalview/dist).  Improved delete file values in uninstaller.  Added an ARCHIVELOCAL channel type for testing.

JAL-3289 implemented CHANNEL=LOCAL,RELEASE,TEST-RELEASE,SCRATCHH-...,DEVELOP,ARCHIVE.  Added fallback install/getdown-launcher.jar and added to classpath in install4j_template.install4j

JAL-3330 merge styles onto originating view after fetching database references

JAL-3330 dbreffetcher: record any feature display models associated with sources that provide sequences

JAL-3330 merge styles onto originating views when show cross-refs performed (should really do this for all views involving dataset).

JAL-3330 mergeFeatureStyles - needs test coverage

JAL-3322 improve visibility of versioning of launcher

JAL-3111 formatting

JAL-3111 JAL-2069 JAL-2808 documentation for feature filters and enhanced feature colours. Revised feature settings documentation for legibility.

JAL-3289 Start looking at automating location in appbase more sensibly

JAL-3328 improvement to the EQinvoke code

JAL-3328 Made choice of invokeLater or invokeAndWait configurable

JAL-3111 added Colour By ID and an overview of Jalview’s alignment colouring capabilities

JAL-3328 JAL-3300 changed invokeLaters to invokeAndWaits for more visible progress

JAL-3328 Getdown version number, changed to 1.8.3-1.0_JVL

JAL-3328 Improved progress bar. Higher-res file icons. Splashscreen visibile for slightly longer (now at least 7 seconds).

JAL-3322 Adding a configurable getdown version number display (above appbase) to getdown splashscreen

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3322_getdown_splashscreen_visibility

merging in develop

JAL-3111 JAL-2962 JAL-2903 JAL-2986 release notes

JAL-3111 last final release date for 2.11.0 !

JAL-3111 2.11 improvement JAL-3205 JAL-3203
Post-hoc documentation of known defects not listed in earlier versions.

JAL-3322 New progress bar. Added option to report appbase in launcher window. Added ui.keep_on_top option for getdown window. Added a launch.jvl file.  Added build_properties as a resource and build_properties.install at installation time (only)

JAL-3111 JAL-1424 release notes

JAL-3111 JAL-2816 docs

JAL-3111 signed off ’done’ issues in Jira as of now:
JAL-1059,JAL-1117,JAL-1285,JAL-1793,JAL-1839,JAL-1929,JAL-2069,JAL-2185,JAL-2360,JAL-2416,JAL-2446,JAL-2620,JAL-2647,JAL-2671,JAL-2729,JAL-2753,JAL-2808,JAL-2816,JAL-2839,JAL-2864,JAL-2886,JAL-2898,JAL-2932,JAL-2965,JAL-3007,JAL-3018,JAL-3021,JAL-3139,JAL-3140,JAL-3141,JAL-3174,JAL-3179,JAL-3196,JAL-3198,JAL-3225,JAL-3232,JAL-3236,JAL-3248,JAL-3254,JAL-3260,JAL-3313,JAL-781,JAL-868


JAL-3111 JAL-3130 JAL-3235 Java 11 specific known defects in 2.11

JAL-3323 Improved macOS Old Jalview Uninstaller

JAL-3111 codesign the uninstaller again

Merge branch 'merge/JAL-3310_and_JAL-3300' into develop

JAL-3321 Last pieces of the getdown-launcher.jar upgrade puzzle

JAL-3310 Removing i4jruntime.jar from dist.  Not needed by Jalview

Merge branch 'documentation/JAL-3111_release_211' into develop

JAL-3111 release notes for JAL-3313

JAL-3111 formatting


Merge branch 'develop' into documentation/JAL-3111_release_211

JAL-3111 release notes for JAL-27830 JAL-2876 JAL-2567 and JAL-2256

JAL-3321 Corrected the badly configured getdown-launcher.jar for updating and updated build.gradle to make the right getdown.txt file

JAL-3313 don't double count mapped codons

Merge branch 'bug/JAL-2830_editManglesDatasetSequence' into develop

Merge branch 'documentation/JAL-3111_release_211' into bug/JAL-2830_editManglesDatasetSequence

Merge branch 'bug/JAL-2830_editManglesDatasetSequence' into documentation/JAL-3111_release_211

JAL-3111 JAL-2446 mentioned in context with NCList->intervalstoreJ lib

JAL-3111 JAL-2684 JAL-2360 JAL-2416 release notes

Merge branch 'develop' into merge/JAL-3310_and_JAL-3300

Merge branch 'documentation/JAL-3111_release_211' into develop

JAL-3286 JAL-3111 release notes

Merge branch 'develop' into documentation/JAL-3111_release_211

Merge branch 'bug/JAL-3286duplicatePdbQuery' into develop

JAL-3111 JAL-3003 documentation note

JAL-2296 JAL-2295 document in release notes post feature release in 2.10.4

JAL-3111 - new known issue JAL-3314

JAL-3111 release notes for JAL-3073 JAL-3042

JAL-3111 JAL-3080 documentation

JAL-3310 tidying unecessary files from getdown src tree

JAL-3312 Fixed SHIFT-CMD/SHIFT-CTRL Key combinations missing SHIFT

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge branch 'develop' into merge/JAL-3310_and_JAL-3300

Merging in develop in preparation to merge back

JAL-3310 JAL-3300 two getdown fixes merged

JAL-3310 Remove install4j from getdown-launcher.jar.  Separate and catch call to install4j's StartupNotification.Listener.

Merge branch 'documentation/JAL-3111_release_211' into develop

JAL-3111 rejigged release notes again

JAL-2975,JAL-2647,JAL-1767,JAL-2965, JAL-3111 updated PCA viewer documentation

JAL-3295 pre-merged code with JAL-3295 branch which will go onto develop

JAL-3278 A system.out.println turned into a cache.log.error

JAL-3300 instant Splash screen on getdown

JAL-3130 added a bit of gradle support for compiling in Java 12 and potentially 13

Merge branch 'documentation/JAL-3111_release_211' into develop

JAL-3111 release date now 20th June. more release note work..

JAL-3111 report build type and commit in stdout from command line and in About/Splash screen

JAL-3299 JAL-3280 javadoc on BuildDetails bean

JAL-3111 report time when Jalview was built (consider making this a conditional)

Merge branch 'releases/Release_2_11_Branch' into develop

Merge branch 'bug/JAL-3295_CMD_select_not_working_in_sequence_selection' into develop

JAL-3143 recognise lnc_RNA as transcript

JAL-3295 Can now compile/run/debug in Eclipse with Java 1.8. Change JAVA_VERSION in gradle.properties

JAL-3295 Fixed CMD-select of sequences in alignment window

JAL-3299 Fixed gitHash and gitBranch definitions in build.gradle

JAL-3143 also parse "phase" from JSON response if present

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3248 improved pandoc lookup. Now comma-separated value in pandoc_exe in gradle.properties