Merge remote-tracking branch 'origin/tasks/JAL-3070_wsinterfaces' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3070 oops - refactor Slivka’s service stub too :)

JAL-3070 JAL-3066 JAL-3067 refactor annotation web service so client is passed sequences as input, and an alignment object containing result sequences to be annotated.

JAL-3070 JAL-3066 JAL-2808 allow feature filter definition via FeatureSettingsModelI

JAL-3070 allow SequenceI.findPositions(0,column+1) to return range between 1 and column+1

JAL-3070 cope when dataset sequence is passed

JAL-3070 JAL-3066 formatting

JAL-3070 JAL-3066 AlignmentI.findOrAddAnnotation(AlignmentAnnotation ala) - calls copy constructor or the AlignmentAnnotation.updateAlignmentAnnotationFrom method to sync alignment annotation with annotation generated by a service

JAL-3070 tidying

JAL-3066 JAL-3070 pull up non-jabaws specific service descriptor components for annotation style web services

JAL-3066 Annotation Service Instance stub

SlivkaWSDiscoverer formatting fix

JAL-3066 Move common web service methods to abstract SlivkaWSInstance

ServiceWithParameters and JalviewWebService overriden methods would be common to both Msa and Annotation services thus they are moved to the common abstract base class.

Merge branch 'tasks/JAL-3070_wsinterfaces' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3070 configure annotation service manager from service’s input validation flags

JAL-3070 rename AbstractJabaCalcWorker to SeqAnnotationServiceCalcWorker

JAL-3070 ensure RNAAliFold annotation rows display correctly

JAL-3070 formatting

JAL-3070 detect presence of existing JABA RNAAliFold client

JAL-3070 match AbstractJabaCalcWorker’s annotation service interface with class from the aaui field to enable/disable tick box

JAL-3070 javadoc for (mostly) jabaws specific methods

JAL-3070 rough-and-ready refactor of JABA SequenceAnnotation style services - needs some review and refinement

JAL-3070 JAL-1379 deferred work on annotation based on JABAWS MSA service (e.g. Jpred3 Jabaws 2.1 deprecated service)

JAL-3070 JAL-2507 fix up test output and honour the ‘ignoreFeatures’ flag when testing alignment equivalence (this broke disorderAnnotExportImport tests)

JAL-3066 Auto discover multiple sequence alignment services

JAL-3432 hide the slider when validator has no min or max

Set the initial value of the choice field to the default value.

Add the remaining msa services to the Discoverer

Change choice field to use dropbox instead of radio buttons.

Create generic msa service instance

Merge remote-tracking branch 'origin/alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3066 Working custom parameters for clustalo

JAL-3066 fix compile error (@matesuz - this will conflict :) )

JAL_1426 JAL-3066 update Apache James mime parser and fix deprecation warnings with HttpMultiPartEntity


JAL-1426 Replacing old apache-http jars.

JAL-3066 Implement clustaloWS using slivka system.

JAL-3362 keep Java 1.8 build happy by specifying generic type arguments

Merge branch 'alpha/JAL-3362_Jalview_212_alpha' into merge-212

JAL-3187 removal of variant feature (non-virtual) transfer to protein

JAL-3187 (fudge) look in both alignments for stored mappings

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3187linkedFeatures

JAL-3389 add .py to restored Chimera session filename so it opens!

Merge branch 'bug/JAL-3388structureChooserSorting' into develop

JAL-3198 more efficient Sequence.getDisplayId()

JAL-3388 correct class for column 0 Ref Sequence

JAL-3386 correct wrapped width calculation for headless image export

JAL-3377 more reused of SeqCanvas.computeWrappedGeometry

JAL-3377 add seq-annotations gap to cheight not to hgap

JAL-3377 Javadoc added for getWrappedHeight()

JAL-3377 corrected wrapped widths height for IdCanvas

JAL-3377 include seq-annotation spacing in getWrappedHeight()

Merge branch 'features/JAL-3375vcfValidation' into
feature/JAL-3187linkedFeatures

Conflicts:
src/jalview/io/vcf/VCFLoader.java
test/jalview/io/vcf/VCFLoaderTest.java

JAL-1793 only decode specific special characters in VCF data

JAL-3376 capture VCF POS, ID, QUAL, FILTER as feature attributes

JAL-3375 format validate VCF Integer and Float fields

JAL-3375 ignore '.' values for VCF data

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3187linkedFeatures

JAL-2987 tolerate null double values when formatting JTable

Merge branch 'merge/JAL-3285_mchmmer_with_211_develop' into alpha/JAL-3362_Jalview_212_alpha

JAL-2629 can now choose number of jackhmmer iterations

JAL-2629 fix faulty label in a MessageManager.getString() call

JAL-2629 add sort by evalue and bit score

JAL-2629 hmmer searches now read domain rather than full scores

Merge branch 'merge/JAL-3285_mchmmer_with_211_develop' into alpha/JAL-3362_Jalview_212_alpha

JAL-2629 hmmer searches include seqs past inclusion threshold in output

JAL-2629 hmm search UI and structural improvements, inclusion thresholds

JAL-3070 standard way of storing/recovering documentation URL for service

JAL-3070 remove final reference to Jws2Instance

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3187linkedFeatures

JAL-2629 fix hmmsearch/jackhmmer assigning incorrect evalues and scores

Merge branch 'tasks/JAL-3070_wsinterfaces' into alpha/JAL-3362_Jalview_212_alpha

JAL-2629 fix hmsearch and jackhmmer not being able to search alignment

JAL-3289 bamboo properties for ‘BUILD’ getdown channel - fix

JAL-3289 bamboo properties for ‘BUILD’ getdown channel

JAL-2629 hmmsearch # of new sequences now only displayed when specified

JAL-2629 fix incorrect hmmbuild on groups behaviour

JAL-3289 bamboo properties for ‘BUILD’ getdown channel - fix

JAL-3289 bamboo properties for ‘BUILD’ getdown channel

Merge branch 'merge/JAL-3285_mchmmer_with_211_develop' into alpha/JAL-3362_Jalview_212_alpha

JAL-2629 fix hmmsearch/jackhmmer being unable to search through DB file

JAL-3187 derived peptide variants tweaks and tests

JAL-2629 uniquify all hmmer command sequence outputs

JAL-3187 initial refactoring towards peptide variant in tooltip

JAL-2629 fix file format issues preventing hmmsearch, jackhmmer running

JAL-1544 fixed a html encoding of '<' (%lt; -> &lt;) in commandline.html

JAL-1793 apply URL decoding when saving VCF attribute values (%3D -> =)

JAL-3111 correct JVL appbase for 2.10.5 via getdown

Merge branch 'task/JAL-3337-rm-lib-update-sourceDist' into develop

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3337 round-and-round the process source files again

JAL-3337 more includes and excludes

JAL-3337 remove the old lib directory !

JAL-3337 rejig the source distribution generation to process and replace tokens in source files

JAL-3111 replace year in header for help pages and put processed help in build/distributions

JAL-3225 try/catch for non-deprecated/deprecated property in sourceDist which is not available on older eclipses

JAL-3353 Change to build.gradle to use the file:// enabled getdown-launcher-local.jar for LOCAL and ARCHIVELOCAL builds only. Otherwise the getdown-launcher.jar (with no local file enabled) will be used

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3111 help pages minor corrections

JAL-3348 fixed an internal href in help to allow building

JAL-3337 adjusted building doc as sourceDist uses gradle 5.2 or above properties