jmol-app.zip update for java2script 3.2.5.v1

JAL-3487 splash/help fix

SwingJS transpiler to 3.2.5.v1 (fixed java.util.stream)

- required transpiler fixes and redesign of final variables for stream
objects
- required redesign of $init$ and $static$ to exactly reproduce the full
class loading sequence of (1) method definition with default static
values, (2) superclass-sequenced initialization of static fields (3)
superclass-sequenced initialization of static fields, (4)
superclass-sequenced constructor initialization, in that order, able to
handle any complex situation
-includes fixes for JLabelUI HTML label wrapping issues

new transpiler - important!

fixes null pointer exception report for bad package declaration in a
Java file.

JAL-3210 new transpiler fixes problem that it could have a null-pointer
exception for comparison to history, where, apparently,
IProject.getProject().getLocation() is null.

JAL-3210 .j2s fix to exclude /utils directory

JAL-3210 transpiler resource recursion fix for package foo in path
.../foo/.../foo

JAL-3453 removed unused Desktop.instanceOnly

JAL-3463 SwingJS-site.zip update for Thread.sleep()

- throws InterruptedException if called in JavaScript

JAL-3423 more System.lineSeparator() in place of \n

JAL-3423 test coverage

JAL-3253 rename method, add Javadoc

JAL-3423 use System.lineSeparator() in code and tests

JAL-32423 tidying

JAL-3463 Thread.sleep()

setting sleep() to throw InterruptedException()

JAL-3463 alert for Thread.sleep; JAL-3378 java.util.logging.Logger
implemented.

JAL-3436 null large object reference, tidy method visibility

JAL-3436 save filePath from fileObject, tidy updateRecentlyOpened

JAL-3436 move/rename/private fields refactoring only

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3436 broken reader - SwingJS issue (wrong JAL number in last commit)

- java.util.logging.Logger not fully implemented.

- this fix just removes Logger calls from javax.xml classes.

- see JAL-3461 for full fix TODO

JAL-3261 broken reader - SwingJS issue

- java.util.logging.Logger not fully implemented.

- this fix just removes Logger calls from javax.xml classes.

- see JAL-3461 for full fix TODO

Merge branch 'Jalview-jJS/JAL-3253-applet-JAL-3436' into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3368 removed parsing web colours (now on a separate branch)

JAL-3437 Desktop File...Load Project fails in JalviewJS

- just needed to use the File object rather than the file name in the
call to Jalview2XML.loadJalviewAlign

adding SwingJS notes for JAR file source in srcjar/

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3459 org.json code removed

- moved to unused/

- supplied by SwingJS-site.zip

- only differences are in a few JavaScript-specific issues

- this move has NO EFFECT on the JavaScript, as SwingJS-site.zip is
unzipped last, overwriting whatever this code would have placed in
site/swingjs/j2s anyway.

JAL-3261 no save in setColourPropertyNoSave !

JAL-3261 tidy up get/set properties in Cache, Javadoc, tests

JAL-3458 redraw alignment and Overview on Cancel in Feature Settings

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3444 missed commit of removal of object creation test.

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3383 javadoc

JAL-3454 tidy comments

JAL-3444 translucent overview

-  oops, that broke Java!

JAL-3444 translucent overview

- was missing 2nd isJS block
- JS was setting pixel background to white instead of defaultColour
prior to transparent color painting

JAL-3436 fix for reload not reloading files

 -- fix for Jalview projects reload where reload was using just the file
name.

 -- will test further to ensure this is only in relation to JVP files

JAL-3436 debug comments out in JSPopupMenuUI.js

JAL-3453

test to see if the build testing passes this test.

Slight modifications from Mungo's last commit to account for recent
changes in public/private fields, but that is all.

Passing tests on Bob's Windows machine.

JAL-3453 Some tests require different Desktop constructor

even better, simpler idea:

static boolean instanceOnly

  public static Desktop getInstanceOnly()
  {
    instanceOnly = true;
    return getInstance();
  }

JAL-3453 Some tests require different Desktop constructor

better idea:

Desktop.getInstanceOnly()

- creates an instance with no dialog prompting and no frame display,
similar to headless mode, but not fully bypassing the code that
Jalview.headless bypasses.

JAL-3453 better JavaDoc

JAL-2114 just noting where the exo-location error presents itself.

JAL-3454 file loading string-only (testNG) fails for PDB file

JAL-3453 Some tests require different Desktop constructor

JAL-3451 setting dimensions for AlignFrame if embedded

JAL-3451 updated SwingJS-site.zip

updated _j2sclasslist.txt and _j2sclasslist_jmol.txt

JAL-3451 JalviewJS embedded mode not resizing

- adds Platform.getDimIfEmbedded(frame, defaultWidth, defaultHeight)
- implemented for AlignFrame, TreePanel, and PCAPanel

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

Desktop JavaDoc comments for Mungo from gitter discussion

JAL-3451 older embedding test html removed

Current test is site/jalview_embedded_example1.html

JAL-3253 miscellaneous tidying up before merge to JS-develop

JAL-3253 extract methods for getConservation/PIDSlider

JAL-3345 small simplification

JAL-3383 tidy method signature and Javadoc

JAL-3253 one global singleton instance of EnsemblInfo suffices

JAL-3383 code and unit test tweaks

JAL-3444 transparent colour for alignment in JS

JAL-3383 removed FeatureStore.getFeatures() as 'breaks encapsulation'

JAL-3383 unit tests and bug fix for SequenceFeatures.hasFeatures(type)

JAL-3383 tests and fixes for overloaded SequenceFeatures.findFeatures

JAL-3442 removing reinstated code

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3253 JAL-3442 just comment tidying

JAL-3444 SwingJS-site.zip fix and renderer.seqfeatures fixes

- BufferedImage implements Image.flush() to clear pixel cache;
- JSGraphics2D check for opacity 1 before clearing HTML5 canvas
AlphaComposite

- FeatureColourFinder applies

ifJS() {
        g.setColor(Color.white);
        g.fillRect(0, 0, 1, 1);
}

so as to clear the HTML5 canvas image before applying any other color.
Also applies

    if (Platform.isJS())
    {
      offscreenImage.flush();
    }

just before offscreenImage.getRGB(0,0) to force the image to recreate
its cached pixel from the HTML5 canvas, which is drawn to directly.

mistakenly uploaded test version

JAL-3437 issue with
System.getProperty("javax.xml.datatype.DatatypeFactory")

1/2 ?

moving 10-poxgenomes.bbb and newer IdentifyFile.java to "unused";
revering IdentifyFile.

reverting FileFormat; moving BSMLFile and related FileFormat to unused
for now.

JAL-3445 preliminary BSML reader

- was missing org.w3c.xml.Node implementation of getTextContent() in
swingjs.xml.JSXMLNode.java

- now working in JavaScript

JAL-3445 preliminary BSML reader

- only dna type
- only GENE class features
- only primary strand reading, not complement
- test file put into examples/testdata
- uses javax.xml.parsers.DocumentBuilder
- seems to work in Java; needs TestNG test
- not tested in JavaScript
- for discussion only

JAL-3383 get color as int options removed (to separate branch 3443)

JAL-3383 removing colour caching (to a separate branch)

JAL-3383 code tidying

JAL-3397 revert loop to forwards order

JAL-3397 skip instanceof check for JS's benefit

JAL-3437 JAL-3253-applet

SwingJS-site update for JVP files scanning using both
PARSE_TOP_LEVEL_ONLY and PARSE_ALL, despite requesting only top level.

clears "JSJAXBUnmarshaller could not associate a field..." message.

JAL-3253-applet JAL-3439 Preferences issues 1/2

minor tab ui changes in SwingJS
JScrollPane peer issue update in SwingJS

still an issue with Preferences Link tab table row height being set to 6
instead of 16 (suspect font size coming in as 0 for some reason -- will
investigate)

SUGGESTED sizing, positioning changes for Visual tab and overall size.
Issues involve Visual tab checkbox overflow, panel overflow, and Link
"double-click" header overflow
at least in Windows Java and JavaScript.

JAL-3140 update intervalstore jar to v1-1 tagged version

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3253-applet JAL-4440 overview 1 pixel off in hidden row view

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3383 tidy up NCList and alternatives

JAL-3253-applet SwingJS fix for CardLayout (menus) broken by
ObjectStreamField overlay

JAL-3437 JVP reading broken in JS

updated SwingJS-site.zip

transpiler update just involves enhanced j2s.compiler.mode=debug option

JAL-3436 file...reload not working.

File.isDirectory() returns true in SwingJS.

JAL-3435 AlignFrame not setting JInternalFrameListener in JS

JAL-3253-applet JAL-3397

fixing CrossRef equals broken by reversion of changes relating to
equalsInterval.

adds equalsWithParent

JAL-3253-applet JAL-3397

JAL-3253-applet JAL-3397

- adds IntervalStore0Test
- adds nonc.IntervalStoreImpl
- adds nonc.IntervalStore0Impl
- sets FeatureStore options to these Impl classes in order to override
sameInterval for SequenceFeature and allow drop in of nonc.IntervalStore
without editing.

JAL-3253-applet JAL-3397

updates intervalstore.nonc to not use interval.equals() unnecessarily.

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

test update

JAL-3383 minor code tidying and commenting

JAL-3210 updated IntervalStoreJ classes in srcjar

JAL-3397 updated intervalstore-site from intervalstore-1.1 source

JAL-3397 update eclipse-js classpath for intervalstore v1.1