(JAL-972) replaced biodas with jdas sources datastructures - refactored source list model to a sourceregistry object

refactoring dassequencesource code fallout

refactored das sequence source creation code to the implementor of the das source api and das registry api

removed excess imports

updated das sequence source for jdas client and refactored to implementation package

JAL-972 - refactored local source builder to registry implementation and made Cache the holder of the registry singleton

JAL-966 todo for jalview 3 api

jalview das registry and source api and jdas specific implementations

jdas runtime dependencies

updated build of jdas

jdas doesn't need a listener for das sequence retrieval events

groovy nature not needed in project

remove dead imports

(JAL-972) relative refs for libraries and some additional eclipse 3.7.2 decorators for updated groovy projects

(JAL-972) jdas source retrieval and use of jdas structures for local sources

(JAL-972) updated jdas to latest version includign concurrent DAS request api

change over source attribute datamodel

removed all dasobert code and begun to replace with Jdas calls.

(JAL-1016) noted position where race condition occurs

(JAL-1022) ensure all Jmol model filenames are normalised with File().getAbsolutePath() before binding to associated sequences in the structure manager.

(JAL-1022) reverted to original strategy of escaping filenames in Jmol scripts because File.toURI().getPath().substring(1) stripped the leading '/' in OSX/Unixen.

(JAL-1050) ensure all filenames passed in to the load command are updated and their pdb associations added to the Jmol view.

(JAL-1025 JAL-1022) File based equivalence used to match Jmol and jalview paths. Use Jmol style '/' paths for local PDB file strings

(JAL-1049) only store state reference for sequence we are creating PDBentry for

JAL-1025 JAL-1022 use File based equivalence to map between jalview
string pdb handles and Jmol filenames

JAL-715 - remove platform dependent includes

Merge branch 'JAL-1040_jar_manifest_fix' into develop

Merge branch 'JAL-1023_viewall2structsw7' into Release_2_7_Branch

removed empty lines and fields in manifest like:
Name: org/castor/xml

which don't play well with Java 1.6.0_29 javaws when caching is turned off.

(JAL-1023) ensure filename is properly escaped before embedding it in script

remove commented lines

simple escape utility class for JAL-1023 patch

Merge branch 'JAL-368_dragabovedesktop' into develop

Merge branch 'JAL-368_dragabovedesktop' into Release_2_7_Branch

(JAL-368) ensure window never gets a negative Y coordinate when dragged or resised.

Merge branch 'patch_JAL-1004' into develop

Merge branch 'patch_JAL-1004' into Release_2_7_Branch

(JAL-1004) add mouse listener to internal panel

Merge branch 'JAL-976_jabaws2supp' into develop

todo

JAL-975 - ensure sequences are padded with gaps before submission

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into JAL-976_jabaws2supp

Merge branch 'JAL-986_idwidthprefs' into JAL-976_jabaws2supp

Merge branch 'JAL-986_idwidthprefs' into develop

Merge branch 'JAL-986_idwidthprefs' into Release_2_7_Branch

(JAL-986) rendering to imageMap counts as rendering offscreen

Merge branch 'JAL-986_idwidthprefs' into develop

Conflicts:
.classpath

Merge branch 'JAL-986_idwidthprefs' into Release_2_7_Branch

(JAL-985,JAL-986) documentation and tooltips

(JAL-985,JAL-986) allow different ID margin calculation for on and off screen rendering

(JAL-985,JAL-986) preference widgets for settings

(JAL-985,JAL-986) preferences documentation

(JAL-986) getter for integer user preference properties

(JAL-980) jmol classpath patch

Merge branch 'JAL-976_jabaws2supp' into develop

fix NPE when no annotation workers present ...

(JAL-974) - remove sun-internal class and use message to determine if we should ignore exception because we're working with a JABAWS annotation client that produces no statistics

Merge branch 'JAL-976_jabaws2supp' into develop

(JAL-976,JAL-975) disorder client menu items and check type of input sequence for aacons and disorder

(JAL-974,JAL-975) refactor common code for a JABAWS sequence annotation client to base JabawsAlignCalcWorker

(JAL-975) formatting

(JAL-975) ensure AACons is only run on protein sequences. (note - should really fix JAL-536 here)

Merge branch 'JAL-980_jmol_patch' into develop

Merge branch 'JAL-980_jmol_patch' into Release_2_7_Branch

(JAL-980) patch netbeans and installAnywhere builds

Merge branch 'JAL-980_jmol_patch' into develop

Conflicts:
.classpath
examples/appletParameters.html

Merge branch 'JAL-980_jmol_patch' into Release_2_7_Branch

(JAL-980) use proper release number for Jmol libs (ahem)

(JAL-980,JAL-982) - applet console only allows console to be popped up in own window

(JAL-980) update binding for refactored Jmol constants and new interface methods

(JAL-980) update Jmol library to 12.2.16452 (built from SVN)

(JAL-976) JABAWSv2 client for InstallAnywhere build

cleanup imports

Merge branch 'JAL-976_jabaws2supp' into develop

update build notes

(JAL-975) client for amino acid conservation service that allows dynamic recalculation if alignment is changed or service parameters reconfigured

(JAL-974,JAL-975) new handler for JABAWS sequence and alignment annotation services

(JAL-976) refactored common code for JABAWS v2 service clients

tidy imports

(JAL-978) discover JABA1 and JABA2 services and generate GUI elements for each service category

(JAL-978) refactored JABAWS2 service handle class to own package

(JAL-976) upgrade to jabaws-2.0 min-client library

(JAL-812,JAL-811) - generic test for 'calculation involving annotation' in progress and generic way of (re)starting alignment dependent calculations.

(JAL-811) - workers hold references to generated annotation rows

(JAL-812) javadoc and api method to relayout annotation panel after annotation is modified by a third party

(JAL-811) new 'annotation type' field for marking annotation rows generated by alignment calculations

ensure we have valid fontMetrics - (NPE was raised when wrap mode enabled on view in application otherwise)

Merge branch 'updaternasecstr_JAL-889' into develop

(JAL-885) RNA helix and purine pyrimidine colouring styles in applet

JAL-885 - catch race condition when rna structure width is different to alignment annotation width (may be a finesse here)

JAL-969 - refactor initialisation of automatic annotation rows to base class

JAL-885 more efficient calculation and robust for mismatch between WUSS and alignment data

(JAL-885 JAL-580) ignore invalid RNA structure lines

JAL-902 structure conservation row for applet

(JAL-970) interactive editing of RNA helix annotation in applet

(JAL-966) efficiency

(JAL-889) ensure annotation row is revalidated after an edit occurs

(JAL-885,JAL-580) structure consensus should only be calculated for valid RNA structure annotation

(JAL-889) ensure latest version of RNA pairlist is used to generate helical colouring

JAL-580 - display position where wuss parsing error occured