JAL-3746 JAL-3814 don’t automatically launch the news browser when the desktop is first opened

JAL-3746 JAL-3814 NONEWS property

JAL-3608 JAL-3830 tweaked the what’s new text and updated helpTOC

JAL-3608 JAL-3830  simplified command line docs a bit

Merge branch 'doc/JAL-3608+JAL-3830_added_to_help_docs' into develop

JAL-3830 added command line to whatsnew and releases

JAL-3830 Added new command line usage to docs

JAL-3608 added to LaF documentation

JAL-3830 fix broken/buggy install4j9 setting of executeSetupApp=false still running setupApp

Merge branch 'bug/JAL-3962_awt_dll_problem' into develop

JAL-3746 release notes for JAL-3867

JAL-3746 release note for JAL-3907 building Jalview with j17

JAL-3746 release note for JAL-3618 Vaqua config so app directories can be opened

Merge branch 'benreview/JAL-3691_for_2_11_2_getdownrebuilds' into develop

JAL-3594 release notes and mention jalview develop app in release notes

Release notes for JAL—3728 - waiting for ben to sign off or leave issue open

JAL-3208 release notes and docs for setprop

JAL-3746 release notes and cli arg docs for JAL-3530

JAL-3691 bumped the version to 1.8.3-1.2.12 in source and libraries

JAL-3746 release notes JAL-3391 JAL-3829 improved 3dbeacons docs, including documenting ‘best’ and ‘multiple best’ options in 3D-beacons

JAL-3746 release notes for JAL-3929

JAL-3746 more what’s new

JAL-3619 fix up error messages and try to bail quietly if the viewer doesn’t open

JAL-3619 fix up warning message and minimal patch to make sure failed-to-launch viewers tidy up after themselves.

JAL-3962 Added jre/bin and dist folders to the native library path to try and fix the awt.dll problem

JAL-3130 updated download_jres.sh

JAL-3746 what’s new..

JAL-3746 release notes for JAL-3202 (JalviewJS)

JAL-3746 update release date and release notes/docs for JAL-1260, JAL-3821, JAL-3144, JAL-2226

JAL-3746 more what’s new and release notes

JAL-3503 2.11.2.0 release notes and docs

JAL-3746 JAL-3551 update pymol docs and what’s new text

JAL-3746 document -no-annotation cli arg

Merge branch 'improvement/JAL-3830_install4j9_macos_setup_application' of source.jalview.org/git/jalview into improvement/JAL-3830_install4j9_macos_setup_application

JAL-3830 temporarily disable the setup screen for OSX dmgs until we can properly document its use

JAL-3796 additional steps for notarization

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3830_install4j9_macos_setup_application

JAL-3551 patch superpose test for additional undo dis/enable commands

JAL-3823 JAL-3830 update gradle plugin for install4j to 9.0.6

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3830_install4j9_macos_setup_application

JAL-3959 add key retrieval urls that support CORS needed by JalviewJS

JAL-3746 more release notes and docs: JAL-3863 JAL-3745

JAL-3691 rebuilt getdown jars

JAL-3691 patch toUpper/toLower to use Locale.ROOT for 2.11.2 getdown - needs rebuild / redacting

JAL-3691 patch toUpper/toLower to use Locale.ROOT for 2.11.2 src

JAL-3746 release notes.. in progress

JAL-3551 - wrap pair_fit with undo_disable and undo_enable

JAL-3837 GPL license on splashscreen (finally !) and added link to discourse.jalview.org to replace mailing list

JAL-3949 report Pymol XMLRPC port via log.info

JAL-1761 backbone type parameter for configuring which atoms are used for superposition of structures

JAL-1761 need to pass molecule type when generating superposition commands

JAL-3551 patch test for altloc handling atom spec in superposition code

JAL-1761 need to pass molecule type when generating superposition commands

JAL-3906 use indicate to highlight current mousedOver residue in Jalview in a Pymol view

JAL-3746 update release date to later in Feb 2022

JAL-3551 pymol documentation

Merge branch 'task/r_2_11_2/JAL-3956_alphaFill_authoritative_IDs' into develop

JAL-3551

JAL-3956 - PDBEntry objects constructed from 3D-Beacons have authoritative IDs overriding any embedded IDs

Merge branch 'update/JAL-3949_jalview_bin_Console_to_cure_sanity_even_more' into develop

 Conflicts:
test/jalview/bin/CommandLineOperations.java

JAL-3949 fix testProps path and make line count more accurate

JAL-3949 increase command line ops test timeout

JAL-3949 ensure Jalview command line ops setup actually quits after SETUP_TIME milliseconds - seems there’s less stderr noise than before !

Merge branch 'update/JAL-3949_jalview_bin_Console_to_cure_sanity_even_more' into develop

JAL-3931 fix - escape % symbols after urlencoding

Merge branch 'update/JAL-3949_jalview_bin_Console_to_cure_sanity_even_more' of https://source.jalview.org/git/jalview into update/JAL-3949_jalview_bin_Console_to_cure_sanity_even_more

JLogger loglevel check on whether to call the actual logger or not. New factory methods with Class.

JAL-3949 - refactor logging from jalview.bin.Cache to jalview.bin.Console

 Conflicts:
src/jalview/bin/Jalview.java

JAL-3949 fixed failing commandlinetests due to more output and line count limit

JAL-3949 added Java Console autoscrolling help paragraph

JAL-3949 read ~/.jalview_properties before initialising the logging

Merge branch 'develop' into update/JAL-3949_abstracted_logging_for_jalviewjs_and_sanity

JAL-3949 Complete new abstracted logging framework in jalview.log. Updated log calls for this. Removal of jalview.javascript.log4j. Improvements to the Java Console (controllable autoscrolling).

Merge branch 'bug/JAL-3523_cwd_not_preserved' into develop
rebuilt getdown jars - did not bump version

JAL-3186 remove ‘Variable Colour’ from the sequence feature settings popup menu

JAL-3949 An attempt at converting to Log4j 2 -- no output achieved!

Merge branch 'bug/JAL-3806_mappingCoversSequence_for2112' into develop
Combines patches for JAL-3806 prior to redaction of shared CDS dataset sequences with patches for JAL-3673
 Conflicts:
src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java
src/jalview/util/MappingUtils.java
test/jalview/util/MappingUtilsTest.java

JAL-3806 JAL-3725 update tests since CDS mappings now exclude the stop codon

JAL-3806 require mapping extent covers both sequence’s dataset sequence to avoid spurious  mappings from overlapping CDS

JAL-3949 upgraded log4j to 2.17.1 (no actual known vulnerabilities\!), though this doesn't fix the issue

JAL-3806 use the covers() test for each selected sequence and the complementary alignment’s sequence as a filter for direct CDS-Protein mappings (ensures overlapping CDS coding for distinct proteins do not all get selected)

JAL-3806 use same logic as for mouse over highlighting to work out extent of selected region in complement alignment

JAL-3806 todo - problem seems to be Protein:Many CDS are not selected

JAL-2305 comments re testFindXrefSequences_withFetch is failing - looks like test data needs to be revised for assumptions made by CrossRef about sequences retrieved from dbsources

JAL-3830 JAL-3420 added new jvl_file to install4j9 template

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3830_install4j9_macos_setup_application

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3420_match_jvl_icon_with_new_website_jvl_icon

new jvl_file svg, png, ico and icns files, and changed references to Jalview-Launch to jvl_file

JAL-3137 tests are for linux only

Merge branch 'merge/develop_JAL-3725' into develop

 Conflicts:
src/jalview/gui/PopupMenu.java

Merge branch 'bug/JAL-3633_read_proxy_settings_from_jalview_properties_in_getdown' into develop

 Conflicts:
src/jalview/bin/MemorySetting.java

JAL-3763 (for whatever reason) need to increase timeout for command line ops to 10.5s (OSX Monterey, MBP late 2018)

JAL-3746 note about adding JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763 release notes

Merge branch 'merge/develop_task/JAL-3763_newDatasetForCds' into develop

JAL-3763 (for whatever reason) need to increase timeout for command line ops to 10.5s (OSX Monterey, MBP late 2018)

Merge branch 'task/JAL-3763_newDatasetForCds' into merge/develop_task/JAL-3763_newDatasetForCds

 Conflicts:
src/jalview/analysis/AlignmentUtils.java
src/jalview/util/MapList.java
test/jalview/util/MapListTest.java
test/jalview/util/MappingUtilsTest.java

JAL-3806 (2.11.2 version) more lax allowance (3 positions) for stop codon

JAL-3806 JAL-3725 propagate relaxed criteria for stop codon truncation from EMBLXmlSource to EMBLFlatFile parser

JAL-3725 restrict mapped virtual feature location to mapped region

JAL-3725 helper methods for computing mapped feature range overlap