fix for org.json.JSONObject writing (both in Java and JavaScript)

removes unnecessary org.xml.sax; these are in SwingJS

JAL-3141 Slight efficiency gain in detecting backupfiles in the File Chooser

Split pane removing title bar for JInternalFrames

fixes org.json.JSONObject for fully qualified method signatures

removes org.json from srcjar

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of
https://source.jalview.org/git/jalview.git into
Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

Conflicts:
src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

JAL-3144 don't change comma to semi-colon if not requested!

woops.

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

Fix for textarea not updating value ("value", not "innerHTML")

fixes unidentified Java problem

when pasted text has white space trailing or preceding, error was
indicated that "" could not be loaded.

JAL-3056 no export as BioJS in JalviewJS

JAL-3141 Enabled the 'Include backpup files' checkbox for loading alignments from local file

classpath to include test always

JSON writing fix, JColorChooser (mnemonic change) fix

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

test package fix for List<DBRefEntry> DBrefs (untested)

JAL-3141 Found a good fix for updating the FileChooser list of files when 'Include backup files' checkbox is checked/unchecked.

JAL-3141 Found a (not ideal) fix for updating the FileChooser list of files when 'Include backup files' checkbox is checked/unchecked.

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

Merge branch 'feature/JAL-3143ensemblJSON' into trialMerge

Conflicts:
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblFeatures.java

JAL-3143 format alleles array for feature description

Fetch Sequences...PDB - all tabs working

Could still be a problem with panels being moved to and from being
content panes.

experiment using a register buffer instead of creating thousands of
int[]. Turns out, it's no diffent in Chrome.

timing notes; SwingJS for StringBuilder/Buffer

iterators

time check, iterators

JSON moved to swingjs/json

JSON code moved to swingjs.json.JSON

more iterators out; some time checks

JAL-3032 revert change to tooltip StringBuilder length

JAL-3141 improvement on BackupFilenameParts filename matching

JAL-3141 fixed test

final timing checks for optimization

Platform.timecheck calls removed or commented out.

removing cyclic call

Jalview.isJS() --> Platform.isJS(), DBRefEntry[] --> List<DBRefEntry>

timestamp just before major refactoring in relation to preliminary
contructor/iterator optimization

JAL-3141. This adds quite a lot of code to allow an 'Include backup files' checkbox in the 'Load Project' JalviewFileChooser. However I cannot for the life of me get the file list in the FileChooser to refresh /reliably/ on a mac at least anyway (it does about 1 time in 9git status).

SwingJS update (maybe nothing?)

timing code

JSON refactoring

JavaScript browser-based JSON parsing

Timing code

JAL-3141 Added a '.fa' to filename examples

JAL-3141 Change of label (change of '_' character to ' ')

JAL-3141 Change of label

JAL-3141 Removed border around example filenames in Backups Preferences pane

JAL-3141 New layout and wording of Backups Preferences pane after consultation with SD. Seriously rationalised 'backupfiles...SetEnable' to allow for more complex widget enabling/disabling depending on other widget values. Fixed a buglet or two when there's an unusual selection of options (when suffix has no '%n' or is completely empty).

JAL-3141 Eclipse re-formatting of file

JAL-3018 Ensembl version updated to 9.0

adds File..Load Project file for JS

fixes DnD

JAL-3141 Reformatted code in eclipse

added _j2sclasslist.txt for buildcore.xml and
jalview_bin_JalviewJS_core.html

Menus close properly, toolips restored

minor bug in SeqPanel I introduced some time ago.

JAL-3141 Added Presets options in the Backups Preferences pane, with several presets available and sensible 'Default' option chosen first time.

menu, slider work

JAL-3063 correct handling of absent choice element in DBRef Mapping

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

Float.isInfinite, popup menus, slider, spinner redux

JAL-3141 Fixed what happens when suffix template has no '%n' index

JAL-3141 New message translations

Tests for methods of Float

recompiled libs; JSONException fixed, JSlider, JSpinner

JAL-3141 Rejigged the Preferences tab and changed some text

added Platform settings separating mouse use of win/mac difference

added Platform settings separating mouse use of win/mac difference

isAMac() -> isAMacAndNotJS(), isWindows() -> isWindowsAndNotJS()

Added Platform.isWin[Right|Middle]Button()

isAMac() -> isAMacAndNotJS(), isWindows() -> isWindowsAndNotJS()

Added Platform.isWin[Right|Middle]Button()

minor Platform.isAMac() clean up

removes secondary references "MAC"
changes unnecessary instance creation new Platform().isAMac()

removing indirect references to Platform.isAMac()

comments only

JAL-3141 Fixed tests for new placement of suffix after extension

fixes popup issue involving invocation from mousePressed event.

menu update; popup not functioning, though?? Working fine in test suite.
Will test.

menu update; popup not functioning, though?? Working fine in test suite.
Will test.

JAL-3141 removing diagnostic output

JAL-3141 Fixed example filenames in Preferences pane (no extension in BackupFiles now), and new default template.

JAL-3141 Changed suffix position to after the extension (removed extension detection altogether), and changed initial defaults.

JAL-3141 Re-added some changes in Jalview2XML missed in the merge

menu bug preventing closing - recompiled

Merge branch 'feature/JAL-3063jaxbNoCastor' into feature/JAL-3141_Create_a_backup_when_saving_projects_and_other_files
JAL-3063 switched from castor to JAXB - backupFile bits added to jalview.project.Jalview2XML

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3063jaxbNoCastor

JAL-3143 'id' not 'ID' attribute drives generation of variant link

menu bug preventing closing

I see the problem with label icons offset. Something I did when I was
doing mnemonics, I think....

canvas line/font/pixel fixes; menu accelerators;

Merge branch 'develop' into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

Conflicts:
.gitignore
resources/lang/Messages.properties
resources/lang/Messages_es.properties
src/jalview/commands/EditCommand.java
src/jalview/gui/FeatureSettings.java
src/jalview/gui/ScalePanel.java

JAL-3116 clear out whitespace when materialising Sequence object from Uniprot XML

JAL-3141 Remove no longer used exampleLabel

Merge branch 'feature/JAL-3063jaxbNoCastor' into develop
JAL-3063 todo: add castor-1.1-cycle.jar back to libraries inorder to ensure VAMSAS functionality remains

Merge branch 'features/pca_jaxb_datasetrefs_JAL-3171_JAL-3063_JAL-1767' into develop

removal of AlignmentFrame lines

subimage height error

JAL-1767 test that changing view association for PCA panel can be restored

JAL-1767 refactor associated view logic to public method and synchronise PCAPanel.av/ap with RotateableCanvac.ap/av

JAL-1767 patch buggy PCA view association test

JAL-3141 Forgot this file, sorry!

JAL-3141 Added a 'Save Project as...' File menu item, always asks for filename. Altered 'Save Project' File menu item to automatically save if both 1) projectFile is set (e.g. loaded or previously saved), 2) Backups is enabled