JAL-766 JAL-733 - new alignment->jmol associations are automatically used to colour structure

JAL-927 ensure api method calls that affect GUI state or spawn javascript callbacks are executed on the AWT worker thread

note about ensuring callers of loadAlignment(..) save the new alignment
windows reference so they can use it in other calls to the API.

removed old VARNA library

patch for JAL-731

patch for JAL-729 - NPE avoided and cut and paste import pane is opened

JAL-915 - ensured that exceptions are not raised in applet or application, and that sequence ID popup menu includes the 'reveal all' item to show all sequences again.

fix for JAL-917 - ensure all sequence strings are made uppercase before alignment

fix for JAL-917 - ensure all sequence strings are made uppercase before alignment

JAL-715 - conditional to hide the RSBS service editing pane until system fully implemented

JAL-715 rsbs service editing

JAL-715 JalviewDialog for RSBS service editing pane

JAL-715 store/reset .jalview_properties setting for RSBS service list

JAL-715 serialise and deserialise multiple rest client strings as a jalview property

JAL-715 - notify user of parsing problems for results from a service's URL

retrieve URL for datasource of packed set

ensure parsing errors and 'lack of data' errors are passed back as exceptions

JAL-715 need to URLencode constant values when serializing them to ensure URL string is valid

JAL-715 - grammar for warning message.

added notes on third party library licencing and updated netbeans builder library deps

JAL-919, JAL-715 - prototype service editing dialog using jalview parameter model to configure service definition and associated bug fixes to jalview.ws.rest package

JAL-633, JAL-591 - refactored ArgumentI.getValue from jabaws .getDefaultValue
Introduced 'compact' parameter display mode and more refactoring

refactored popup dialog boilerplate code to own class

JAL-633 simple concrete parameter and option objects for use within Jalview

JAL-633, JAL-591 - refactored ArgumentI.getValue from jabaws .getDefaultValue

Including of VARNAv-3.9;

Change-Id: Ib55f047ae763999c7db2b601105b6655132ee171

constructor only needs GUI container interface

JAL-591 - refactored web service parameter dialog to allow options and parameters to be used in other dialog boxes

JAL-715 - better validation logic

debug dialog

JAL-715 - prevent empty elements being generated

JAL-715 dialog for interactively editing a new or existing rest service

new Swing and SWT capable form layout manager - miglayout

JAL-715 bugfixes and refactor of parsing code for use in service designer GUI

refactor labelled button creator to JvSwingUtils

JAL-715 - simple tests and functions for IO of service as '|' string

JAL-715 - allow rest service attributes to be exported and imported as a | separated string

JAL-913; Extending documentation; VARNA help;

Change-Id: If1deae2cf040ac9a28ab770019a0e3040f74daeb

JAL-913; Documentation of RNA Structure Conservation

Change-Id: I695f08d01e4feba87b5c5f15981896f7ee484dd4

JAL-908 JAL-912 JAL-516 documented annotation HTML description line and general tidyup of group associated annotation documentation for 2.7 update.

JAL-908,JAL-701 - patch applet to strip HTML tags from HTML annotation description

JAL-908 JAL-701 refactored HTML escape/unescape code for sequence feature descriptions

testdata for JAL-701 and JAL-908

remove debug message

fix for JAL-701 - ensure '<' appears in tooltip in application and allow html tags (JAL-908)

minor efficiency refactor

JAL-907 testdata for JAL-701

JAL-907 - test data directory readme

JAL-853 use service action attribute to index services in webservices menu and hardwire jaba services to populate Alignment service menu

remove any trailing '/' from the URL before validation and acceptance

avoid NPE race condition when several threads waiting on a sequence fetcher discovery thread

fix for JAL-888

fix for JAL-888

JAL-898 - ensure we only remove a clargs progress bar if we added it

JAL-813 fix - check whether conservation is applied to colourscheme before we set conservation object (and so enable conservation)

JAL-867 - rejigged layout to a single splitpane wide enough for longest combobox (paramset name or option) and removed dead code

JAL-842; Text element containing the structure is not visible anymore
in VARNA;

Change-Id: I589055fe74542eae28bc7a5ff47180eaee83c5a3

JAL-891; Tooltips for Structure logos implemented;

Change-Id: I8601aa5b9b9c50e9c1a7b8f6f39dd6f6e358cf6a

JAL-878; Structures associated to a sequence are available via
Popupmenu;

Change-Id: I20050a77bf494782893d6383f3d2e901cae7d3f1

JAL-750 automaticScrolling is true by default

JAL-750 - automaticScrolling=true by default. Refactored to use getDefaultParameter for parsing boolean applet parameters

JAL-747 - warning dialog if Jalview can't resolve filename for a structure in a Jmol view.

JAL-904 added scrollToRow and scrollToColumn methods to javascript API and reintroduced getSequenceSetId to retrieve the unique ID for an alignment.

JAL-891; Labeling of structure conservation is improved a bit.
Brackets instead of 'H'.

Change-Id: I220e86f21e2ff539ab5828bba4c0d07d76777422

JAL-891; Sorting of Structure logo implemented; bug that caused
exception after editing a structure solved (sequences have different
lengths after editing);

Change-Id: If2cb0ea0c683dc99a5df7002a4f9907283ce27cb

avoid NPE for null annotation element columns JAL-896

JAL-885; hasRNAStructure method was introduced to AlignmentI and
Alignment; determines if Alignment contains an RNA structure;
Structure conservation row is just added if yes;

Change-Id: I6fa20f14e54cd656c65f82bc6b68f84d1d6f2c64

JAL-885; Structure conservation row is just added if alignment
isNucleotide(); StructureFrequency.java cleaned;

Change-Id: Ic86908cbea0791e7174b440cc4c7e7b12b978927

JAL-891; base-pair logos can now be activated for structure
conservation row;

Change-Id: Ib3450f328f901eaf12ea094c9c914322f8398a88

JAL-891; structure logo is adapted to two char's; Missing: calculate
bp frequencies and include them in the draw-part;

Change-Id: Ie43edd7a074f6b219c808fa2519d2b88659f30e5

JAL-891; sequence logos are available on structure conservation row
now; has to be adopted to base pair interaction;

Change-Id: I86cf329d794d6ff78cb4bb4c5248cadcc34b2681

example script that will submit a muscle jabaws job using the currently loaded alignment (JAL-894)

fetch groovy script from URL (JAL-899) and show progress bar when handling CLI commands (JAL-898)

allow several progress bars on the desktop window (JAL-898)

JAL-896 - patch to ensure arrows in different directions are visually
distinct. Raises new bug - JAL-897 - test with RF00011 to demonstrate
problem.

JAL-883 - refactored and debugged arrow, stem and helix rendering code

Merge branch 'master' of https://source.jalview.org/git/jalview

refactored resolvetocodebase code and reused for resource location as well as showURL completion (JAL-786, JAL-787 and JAL-359)

refactored resolvetocodebase code and reused for resource location as well as showURL completion (JAL-786 and JAL-359)

fix NPE when applets stop. seems to make the simple applet alignment+structure example work again (JAL-592 ?)

JAL-885; Multi-helix bug is solved; One should think about a more
efficient solution; either by creating a Hashtable of pairs in
StructureFrequency or directly in a RNA class;

Change-Id: I7bd21eb4d952f22579c786f3d78395949fa046d0

refactor schema to group swing window geometry attributes

JAL-885; StructureConservation row is displayed at the bottom of the
AlignmentPanel; StructureFrequency class was introduced and is called
by thread in AlignViewport that is called by AlignFrame; everything is
according to Conservation-Row

Change-Id: I3753bbb5678147cbc0c9d1d6bc1a4886b0551a59

JAL-885; Implementation of StructureFrequency.java and according
methods in AlignViewport.java; completeConsensus is still missing;

Change-Id: I3678fc75af84aa5a8974faed6b76f47c76a74638

refer to local default setting for proxy when connecting to
www.jalview.org (JAL-864)

added 'since 2.x notes to parameters'. User configurable help URL for
JalviewLite (JAL-864). resolvetocodebase parameter introduced to
allow pre-2.7 style codebase+relative URL resolution (JAL-359, JAL-786)

example alignment for JAL-862 - removed signal peptides

use proper encoding for storing colour as user preference (JAL-234)

some print statements to test things

Change-Id: I0730499d395e8f84b9cfd9ec2aaaa7283fc4b1fa

JAL-882; VARNA crashed when non-standard gaps where in structure; the
are now replaced with standard gaps before commiting to VARNA in
AppVarna.java

Change-Id: I36b523fb7f1063dc2fa5924cb4569f15e0067df2

JAL-878; Additional structures with a 'GR' tag in StockholmFiles are
associated their specific sequence.

Change-Id: I26913db05bef3983b63397304c97351f5361d61d

JAL-842; toy example to insert nucleotides in sequences in the
AlignmentPanel;

Change-Id: I9901d08b1f06861c4d9b7795a4a935ac040d7b2b

JAL-842; Implement transmitting of Jalview Sequence highlights to
Varna

Change-Id: I8e1fbc375cdcec6cf36a46cdac56800740c42180

JAL-842: some bugfixes;

Change-Id: Ia349eeb750da7b51673a76be805737e4356524e7

JAL-842; Added the TextField to edit structure in VARNA

Change-Id: I93a90da2468c4c6b69570aac9741b286300b6430

JAL-842; trimming single structures for single sequences added;

Change-Id: I041c71aafd0081875b948b9978c2411154033408

JAL-842; Give Varna frames name for window organizer; always display
the consensus structure and the 'trimmed' structure for a sequence;

Change-Id: If4e9b054455de3c0f43967e27fb399df4c23b751

Varna external frame bug solved

Change-Id: Ie60149059d664fb63d6bd99d748c1f34c1b01703

Reorganize the class structure, unfortunately breaks the VARNA-Frame

Change-Id: Ia3dde7af1beb73e9261e49e81afe3e8594c945bb

clean code

Change-Id: I43a5703ed1dee98dbad0b15226dbe21a87fb6ead