JAL-3449 ensuring latest getdown jar files after merge

JAL-3449 merge from develop

JAL-3341 Increase number of lines looked at by test. Fixes two tests

JAL-3289 Added option and documentation for a TEST-LOCAL channel to test OTA updates using local filesystem

JAL-3289 Updated doc/building.md to explain possible values of the CHANNEL property during building

JAL-3252 download-jres.sh helper script for keeping JREs for all platforms up to date changed to create .zip files for getdown OTA updates

JAL-3536 failing test and test data

JAL-3252 tgz unpacking no longer needed by getdown. Unfinished code and dependency on apache-commons-compress removed. Documentation mentioning common-compress updated.

JAL-3394 A little streamlining and fixing of helper script

JAL-3394 remove no longer used files

JAL-3449 getdown resilience change to launcher classpath, includes the backup getdown-launcher.jar

JAL-3227 helper shell scripts for setting up a build environment

JAL-3449 fix a getdownAppDir error introduced in previous commit 55f545014

JAL-3449 More tidying of build.gradle for CHANNEL selection

JAL-3289 Updated doc/building.md to explain possible values of the CHANNEL property during building

JAL-3523 No longer change CWD of getdown when invoked by install4j launcher

JAL-3407 release notes for JAL-3375

JAL-3376 highlighted in what’s new

JAL-3407 - JAL-3376 JAL-3377 release notes

JAL-3407 start of whats new for 2.11.1.0

JAL-3376 documentation for standard attributes for variants from VCF

JAL-3407 release notes (JAL-3386 signoff, new-knowns JAL-3523 JAL-3525)

JAL-3407 JAL-3508 move to 2.11.1.0 point release versioning and signed off JAL-3510 JAL-3513 JAL-3388 JAL-3389 JAL-3441 JAL-3473 JAL-3406

JAL-3179 Version fix for taskTree gradle task in gradle 6

Merge branch 'task/JAL-3510-update-clover-to-4.4.1' into develop
fix JAL-3513 and fixes/resolves JAL-3510

JAL-3510 JAL-3153 clover instrumentation for tests

JAL-3447 MSI installer for windows

JAL-3510 bump clover version in gradle build dependencies

JAL-3341 Increase number of lines looked at by test. Fixes two tests

JAL-3341 debug for failing unit test

Merge branch 'feature/JAL-3121gffAttributeMap' into develop

JAL-3187 one more obsolete method removed

JAL-3394 Removed libjli.dylib symbolic link from embedded macOS JRE, works in 8 and 11. Preparation for non-linked Uninstall.app in DMG

JAL-3394 Variable-ise output folders -- will work better with sub-project/modularised gradle build

JAL=3121 more data format validation/tests, help text tweak

JAL-3130 removed a debug message from build.gradle

JAL-3121 update help page for GFF column 9 nested attributes

JAL-3130 Improved locations of AdoptOpenJDK JRE downloads \(locally and on build server\) and helper script download_jres.sh to update them using AdoptOpenJDK API.

JAL-3121 'attributes map' in GFF3 without special 'jvmap_' token

JAL-3252 Don't add java_location until we've got a working mechanism

JAL-3447 Minor improvement on file association creation

Merge branch 'improvement/JAL-3449_add_install4j_installer_getdown_versions_to_jalview_console.2' into develop

JAL-3474 release notes

Merge branch 'improvement/JAL-3474_lots_of_.cvsignore_files' into develop

JAL-3393 Improved background image, SVG file, and added instructions on how the image is made

JAL-3393 Improved background image, SVG file, and added instructions on how the image is made

JAL-3393 Improved background image, and generating SVG file

JAL-3477 Fixed appbase override so it's optional\!

JAL-3477 Added appbase override option at buildtime for testing in general, but specifically on cluster

JAL-3447 minor corrections to cif and mmcif file associations

JAL-3394 catch a null pointer exception, when URI not parsed but not malformed ???

JAL-3473 Checked value of def and min. Set def to min if lower than min.

JAL-3394 Fixed jalviews?:// scheme for macOS startup

JAL-3394 Added a 'jalview://' and 'jalviews://' parser into getdown, uses fragment for cli args

JAL-3449 correctly catch absence of install4j in getdown - probably for developers only

JAL-3449 don't assume install4j jar in classpath of getdown

JAL-3394 improvements to the file association progress bar

JAL-3394 jalviews scheme added

JAL-3394 file not needed

JAL-3447 Satisfactory file associations. cif, mcif and pdb now not opened by Jalview by default -- but are associated. In Windows and linux installer, are deselected by default. 'jalview://' as a URL scheme now associated in Windows and macOS.

JAL-3447 Change to install4j template version, JAL-3394 removed redundant compiler variable. Fixed help when run in Eclipse and removed redundant helpDir

JAL-2305 moved failing CrossRef tests to Functional_Failing group

JAL-3407 update release date for Jalview 2.11.1

JAL-3394 Simplified media output from install4j

JAL-3449 More whitespace in installer. Tidying

JAL-3449 Fixed Info.plist file insertion. Simplified install4j conf filename

JAL-3449 Now parsing install4j XML file to edit values.  Should be safer

JAL-3449 Work in progress improving XML replacements by gradle

JAL-3394 disableSigning=true when DEV

JAL-3394 Changed most of the token replacement for adding compiler variables

JAL-3449 Added more versions to getdown splashscreen and fixed Jalview's Java Console installer version reporting

JAL-3420 multiple file extensions for the same mime-type now work in unix installer

JAL-3449 install4j version, install4j template version, getdown version now all being reported in Javliew console

JAL-3477 merging in 3477

JAL-3393 Improved background image for DMG finder window, and associated files for creating it

JAL-3449 adding an installer template version. Really an md5 and a commit hash

JAL-3449 added an install4j compiler var

JAL-3449 JAL-3394 merged on install4j8 template

Merge branch 'improvement/JAL-3393_DMG_Finder_window_improvements' into improvement/JAL-3449_add_install4j_installer_getdown_versions_to_jalview_console.2

Merging in JAL-3393, better Finder window for DMG

JAL-3449 Using .gitignore from Jalview-JS/develop

JAL-3449 Using tidied build.gradle and gradle.properties from Jalview-JS/develop

JAL-3477 A bit of refactoring for the better

JAL-3210 cache getdown config, remove jvmmem options for better defaults

JAL-3210 removing overly complicated logging. Settling for System.out.println and System.err.println for MemorySetting output

JAL-3477 New jvmmemmax config option in getdown and getdown config. Set to 32G cap.

JAL-3477 New sensible default decisions on memory, and new jvmmemmax setting for setting absolute memory level

JAL-3474 removed all .cvsignore files stored in the repo

JAL-3407 update release date for Jalview 2.11.1

Merge branch 'develop' into documentation/JAL-3407_2.11.1_release

JAL-2481 remove code duplication left by merge

JAL-3441 action double-click in Feature Type column only

JAL-3394 JAL-3420 Temporary measure limits unix file extension to be the shortest one for each mime-type

JAL-3420 JAL-3424 Changed default JDK compile back to 1.8

JAL-3420 JAL-3394 Correct format of XML in added file extensions for install4j8. Also progress indicator for adding file associations (which can be slow). Still not entirely working, see comments in issue.

JAL-3420 JAL-3394 Using install4j8 template with file associations. Attempts unix file associations but not working (only tested in Ubuntu) yet.

JAL-3141 correct cast of spinner value

JAL-3121 slightly cleaner parsing of, and unit test for, map attributes

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3121gffAttributeMap

JAL-3187 case-insensitive codon variant calculation

JAL-3121 round trip GFF attributes including map-valued attributes