JAL-2527 default Overview 'hide hidden' i.e. WYSIWYG

JAL-3202 reduced scope of rendering flags

JAL-3202 discard zero percentages in extracted profile

Conflicts:
src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

JAL-3032 Jalview (as JS) parse query params to main arguments

JAL-3032 JalviewJS2 converts url query parameters to 'applet' args

JAL-3032 default Autosearch to off for JalviewJS

latest transpiler and runtime

JAL-3032  check enough sequences selected on construction

Test (passes!) for dialog message truncation

JAL-3048 JS-compatible confirm dialog on delete all

JSON parsing from a StringInputStream

SequenceFetcher JvCacheableInputBox isJS test

*new transpiler* and runtime.

refactoring for DBMODList

MIG -- explicitly sets Java9 switch to true for SwingJS

explicitly sets MIG platform defaults to WINDOWS_XP

adds protype size to JTextArea hack for nonexistent SwingJS editable
combo box

fixing array processing order

- does point out an issue with hiddenColumns joining adjacent hides
sometimes but not other times.

re-transpiled MIGLayout; JS-adapted AnnotationColumnChooser

Test suite try/catch reverted

unused - could be trashed.

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

Merge branch 'feature/JAL-3143ensemblJSON' into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

JAL-3143 update unit test for ID -> id change

fix for org.json.JSONObject writing (both in Java and JavaScript)

removes unnecessary org.xml.sax; these are in SwingJS

Split pane removing title bar for JInternalFrames

fixes org.json.JSONObject for fully qualified method signatures

removes org.json from srcjar

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of
https://source.jalview.org/git/jalview.git into
Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

Conflicts:
src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

JAL-3144 don't change comma to semi-colon if not requested!

woops.

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

Fix for textarea not updating value ("value", not "innerHTML")

fixes unidentified Java problem

when pasted text has white space trailing or preceding, error was
indicated that "" could not be loaded.

JAL-3056 no export as BioJS in JalviewJS

classpath to include test always

JSON writing fix, JColorChooser (mnemonic change) fix

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

test package fix for List<DBRefEntry> DBrefs (untested)

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

Merge branch 'feature/JAL-3143ensemblJSON' into trialMerge

Conflicts:
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblFeatures.java

JAL-3143 format alleles array for feature description

Fetch Sequences...PDB - all tabs working

Could still be a problem with panels being moved to and from being
content panes.

experiment using a register buffer instead of creating thousands of
int[]. Turns out, it's no diffent in Chrome.

timing notes; SwingJS for StringBuilder/Buffer

iterators

time check, iterators

JSON moved to swingjs/json

JSON code moved to swingjs.json.JSON

more iterators out; some time checks

JAL-3032 revert change to tooltip StringBuilder length

final timing checks for optimization

Platform.timecheck calls removed or commented out.

removing cyclic call

Jalview.isJS() --> Platform.isJS(), DBRefEntry[] --> List<DBRefEntry>

timestamp just before major refactoring in relation to preliminary
contructor/iterator optimization

SwingJS update (maybe nothing?)

timing code

JSON refactoring

JavaScript browser-based JSON parsing

Timing code

adds File..Load Project file for JS

fixes DnD

added _j2sclasslist.txt for buildcore.xml and
jalview_bin_JalviewJS_core.html

Menus close properly, toolips restored

minor bug in SeqPanel I introduced some time ago.

menu, slider work

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

Float.isInfinite, popup menus, slider, spinner redux

Tests for methods of Float

recompiled libs; JSONException fixed, JSlider, JSpinner

added Platform settings separating mouse use of win/mac difference

added Platform settings separating mouse use of win/mac difference

isAMac() -> isAMacAndNotJS(), isWindows() -> isWindowsAndNotJS()

Added Platform.isWin[Right|Middle]Button()

isAMac() -> isAMacAndNotJS(), isWindows() -> isWindowsAndNotJS()

Added Platform.isWin[Right|Middle]Button()

minor Platform.isAMac() clean up

removes secondary references "MAC"
changes unnecessary instance creation new Platform().isAMac()

removing indirect references to Platform.isAMac()

comments only

fixes popup issue involving invocation from mousePressed event.

menu update; popup not functioning, though?? Working fine in test suite.
Will test.

menu update; popup not functioning, though?? Working fine in test suite.
Will test.

menu bug preventing closing - recompiled

JAL-3143 'id' not 'ID' attribute drives generation of variant link

menu bug preventing closing

I see the problem with label icons offset. Something I did when I was
doing mnemonics, I think....

canvas line/font/pixel fixes; menu accelerators;

Merge branch 'develop' into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

Conflicts:
.gitignore
resources/lang/Messages.properties
resources/lang/Messages_es.properties
src/jalview/commands/EditCommand.java
src/jalview/gui/FeatureSettings.java
src/jalview/gui/ScalePanel.java

removal of AlignmentFrame lines

subimage height error

JAL-3186 remove Variable Colour from popup menu

JAL-3186 remove duplicate message keys

JAL-2069 wider dialog so all fields show!

Conflicts:
src/jalview/gui/FeatureTypeSettings.java

JAL-3186 reorder popup menu slightly

JAL-2069 clear any error colour when setting threshold from slider

JAL-3125 tidy up

JAL-3125 avoid slider 'rounding' threshold field value

Mnemonics implemented fully for menus; will appear on standard buttons
and the RootPane menubar, but they will not be active, as they are
actually not mnemonics. They are a form of implicit ALT-X accelerators
(which use InputMap). Accelerators are next to implement. Should be
relatively easy.  Not planning to implement mouse-down-and-hold for
mnemonic cycles (multiple mnemonics with the same letter).

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

SwingJS upgrade

(commented out but potentially useful) methods to tap Java release
logging options -- used for tracing events

JS optimization for too aggressive dynamic operation when entering PDB
IDs  (proposal only)