Merge branch 'merge/JAL-4054+JAL-4064' into ben-big-merge

JAL-3416 Added logoIcon to quit (and potentially other) dialogs

JAL-1998 JAL-3772 JAL-3416 Merge conflict resolution of JalviewFileChooser and JvOptionPane

JAL-4064 JAL-4054 Combined install4j10 template with new architectures. Added scheme associations for macOS.

JAL-4054 Altered file association templates and generated install4j xml and Info.plist snippets.

JAL-3416 File Chooser iconified, JvOptionPanes iconified, other internal frames and dialogs iconified

JAL-1988 JAL-3772 Allow other window closing dialogs to cancel quit handling

JAL-3416 More JInternalFrame icons

JAL-1988 JAL-3772 Tidying of unspecified Callable declarations. Use SwingUtilities.getAncestorOfClass()

JAL-3416 Start to add JInternalFrame icons (to replace default java Duke icon in frame decoration)

JAL-1988 JAL-3772 Moving packages to somewhere more obvious (jbgui -> gui)

JAL-3416 set flatlaf default drag mode to LIVE_DRAG_MODE

JAL-1988 JAL-3772 Change default alignmentviewport saved status and set to true when loaded from file

JAL-4064 tidying build.gradle

JAL-4064 re-added bundled macOS JREs as Filesets, which is the only way to get them in the DMG where we want them

JAL-4064 Cleaned up file sets in install4j template. New media installers for AARCH64 JVMs for macOS and Linux in install4j template.  New variables passed to install4j by gradle.

JAL-4064 Download JRE/JDKs from Azul if not os/arch combination not available from Adoptium

JAL-1988 JAL-3772 removed a debugging log line

JAL-1988 JAL-3772 Removed 'Wait' button from waitDialog, no iterations for GUI. Added bulletpoint to files saving list. Added use of passed in button objects to modal JvOptionPane, so buttons can be controlled (e.g. setEnabled, setVisible) outside of JvOptionPane.

JAL-1988 JAL-3772 Fixed wait between waitDialog appearances, ensuring all files saving will quit straight away. Goodbye message to user if waitDialog still visible.

JAL-1988 Allow generic Container object in JvOptionPane showDialog. Fix dynamically saving files in the wait for save dialog

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1988_JAL-3772_improved_quit_handling

JAL-3416 (and others) increasing number of STDERR lines used for jalview.bin.CommandLineOperations tests for increased robustness

JAL-3772 silly NPE error fixed

JAL-3416 Making FlatLaF default for macs due to a problem with VAqua not starting on macs

JAL-1988 JAL-3772 wait timer working first time but blocking desktop gui updates

JAL-1988 JAL-3772 Non-blocking modal dialogs for unsaved changes and saving files.  Wait timer not working. Wait dialog update/close on files saved not working.

JAL-4065 final fix for 2.11.2.5 - 5pm BST release

JAL-4065 revised to avoid a visit from the apostrophe police

JAL-4073 update tests

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-4073 fix PEBCAK failure

JAL-4014 Changed gecos display names to match labels in help

JAL-4065 revised whatsNew to make sense !

JAL-4065 release 2.11.2.5 date is 11th Oct

JAL-4065 update citations for Pfam and Rfam and added the Interpro citation

JAL-4065 2.11.2.5 release version bump

JAL-4065 release notes and updated release date for 2.11.2.5

stable url for PFAM retrieval via interpro api :) JAL-4073

JAL-1551 formatting

JAL-4065 release notes for JAL-4073 JAL-4074

JAL-4073 Pfam retrieval now works via a template including $PFAMID$ and $ALTYPE$ (full, seed, etc). Also changed name of PFAM_BASEURL_KEY to PFAM_INTERPRO_URL_TEMPLATE to avoid misconfiguration

Patch for JAL-4074 - any content ending in ‘gzip’ recognised as a gzipped stream to decompress

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1988_JAL-3772_improved_quit_handling

JAL-1988 JAL-3772 linked undostack to saved changes flags. No confirmation if all viewports have been saved individually

JAL-1988 better wording for quit dialog

JAL-1988 JAL-3772 Quit confirmation dialog boxes with saving files check and wait

JAL-3676 extra information about jalview_properties file being used in Java Console

JAL-1988 property based fake delay whilst saving project file

JAL-4065 release notes for JAL-4014 and JAL-4063 in 2.11.2.5

JAL-4065 - new release notes featuring JAL-3612 fix

Merge branch 'bug/JAL-3612_overviewFeatureOrdering' into develop

JAL-1988 Added a saves in progress check for quit

JAL-1988 added a saveInProgress stack to BackupFiles

JAL-4014 JAL-4063 Added gecos colourScheme names (INFO message) and fixed Clustal colourScheme name

JAL-4046 release on 9th August 2022

JAL-4046 JAL-3993 imports reformatting

JAL-4046 JAL-3993 patch for 2.11.2.4 release

JAL-4046 release notes for JAL-3991

Merge branch 'task/JAL-3991_check_actual_JAVA_VERSION_against_build_properties_in_application_startup' into develop

JAL-4046 release notes for JAL-4014 - gecos colourschemes

Merge branch 'improvement/JAL-4014_gecos_colour_schemes' into develop

JAL-4056 documented in release notes for JAL-4043

Merge branch 'patch/JAL-4036_uniprot_fts_legacy_endpoint' into develop

JAL-4043 what’s new, updated help images and release notes for JAL-4034 (3d beacons button)

JAL-4034 show the loading spinner when switching between tabs

Merge branch 'features/JAL-4034_improve_3dbeacons_button_and_ux' into develop

JAL-4056 fixed tl;dr section of doc/building.md

JAL-4036 Fixed the virus_host_id query field

JAL-4036 Added text to help about different number and date range acceptable formats

JAL-4036 updated help about new UniProt API

JAL-4036 moved a comment block

JAL-4034 button looks better also on other OSes with the 0 vertical insets

JAL-4034 add round corners to 3DB confirmation button with icon on a mac

JAL-4036 Changes made from code review CR-JAL-265

JAL-4036 Add getDbName to the GFTSPanelI and add an index code message to the index dropdown tooltip as appropriate

JAL-4036 removing the query field code from the dropdown indexes

JAL-4036 Don't autosearch changing index when autosearch is de-selected

JAL-4036 add search fieldname to dropdown list

JAL-4036 removed often duplicated pluralisation in message

JAL-4036 New configuration, target and pagination process for 2022-07 new Uniprot API

JAL-4046 started release notes for 2.11.2.4 patch release

JAL-4045 - don't apply distribution dependent scale factor to the axis lines!

JAL-4034 Use the new non-modal JDialog for 3DBeacons uniprot lookup confirmation. Link dialog to GStructureChooser's frame so it can moveToFront. Minor improvement to Search 3DB button appearance

JAL-4034 Allow request for non-modal JDialog, which puts the Runnable action into the button click listener (similar to JalviewJS)

JAL-4034 change to jalview property name

JAL-4034 showConfirmDialog works for both desktop and jalviewjs

JAL-4034 Non-blocking 3D Beacons query after warning dialog

JAL-4034 allow a jalview_property to set the threshold level

JAL-4012 release date bump and JAL-4004 tweak to include current version in generated whatsNew.html

JAL-4034 fix #3 change uniprot ref fetch dialog to a ‘warning’ shown when many ids have to be retrieved

JAL-4034 Fix #2 show an icon and a button to press to initiate search

JAL-4034 fix 1 - reword button

JAL-4012 updated release date and whats new for 2.11.2.3

JAL-4012 tweak release notes wording for legacy.uniprot

Merge branch 'patch/JAL-4036_uniprot_fts_legacy_endpoint' into develop

JAL-4036 JAL-4012 note about Uniprot FTS workaround in search documentation, and update to release notes and what’s new

JAL-4036 use the legacy endpoint (and report the FTS query when debug/trace enabled)

Merge branch 'improvement/JAL-1988+JAL-3416_Java8_macOS_APQHandlers_and_FlatLaF_option' into develop

JAL-1988 Don't put Quit in the File menu if there's a handler for it