JAL-2946 catch unexpected SIFTS mapping exceptions and failover to Needleman and Wunsch mapping

JAL-2944 ’new view’ and ‘add to view’ button rather than selecting from combo box to make it easier to successively add structures to existing view (which is the default action when return is pressed)


JAL-1847 superpose checkbox in structure chooser

JAL-1847 JAL-2944 make superposition step a configurable property when opening/adding data to a structure viewer

failing test for JAL-2223

JAL-2945 resolve model as PDB file. Need to verify behaviour with multiple model PDB/mmCIF files

JAL-2945 failing test for structure mapping

JAL-2945 formatting

JAL-2945 provide access to last highlighted results

JAL-2944 open selected structures in existing or a new view, and by default offer last opened/selected structure view as target view

JAL-2944 combo box to pick which viewer to load structures into

JAL-2944 methods to check existence and get a title for existing or to-be-created StructureViewer

JAL-2944 allow StructureViewer proxy to be created for an existing view in order to add structures to it

JAL-2944 get viewer’s title via toString()

JAL-2944 expose UI update methods in api

JAL-2944 remove modal prompt logic and expose methods for adding structure data to a view via the StructureDisplay API

JAL-2944 pull up structure viewer discovery routine to Desktop

JAL-2929 unit test, tidy unused/unneeded fields/parameters

Merge branch 'patch/JAL-2754_patch2104forJava8' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2754 don’t use deprecated api for getting font metrics

JAL-2754 fix eclipse compilation error about referencing deprecated API via @see

JAL-2929 use configure Overview gap colour instead of white past end of sequence

Merge branch 'patch/JAL-2754_patch2104forJava8' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2754 dont put '<>' in <echo> text!

Merge branch 'patch/JAL-2754_patch2104forJava8' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2754 clean up proguard path spec and config variables

JAL-2754 renamed proguard.jar to include version number

JAL-2754 5.3.3 update of proguard.jar

JAL-2754 update to specify Java 1.8(+)

JAL-2754 update to Java 1.8

JAL-2922 update FeatureRenderer and repaint feature settings after Invert Selection

JAL-2893 enabling Get Crossreferences to ENSEMBLGENOMES

JAL-2893 include ENSEMBLGENOMES as a 'roundtrip db source'

JAL-2679 reinstating changes lost in VCF merge

Conflicts:
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblLookup.java

JAL-2930 JAL-2924 JAL-2913 JAL-2926 JAL-2906 2.10.4 release notes

JAL-2913 use FIGURE_FIXEDIDWIDTH (not FIGURE_USERIDWIDTH)

JAL-2885 tests updated for code changes

JAL-2930 use MouseWheelEvent.getPreciseWheelRotation, not getWheelRotation

Merge branch 'bugs/JAL-2922' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2922 [2] not [1] for Boolean column of table

Merge branch 'bugs/JAL-2922' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2922 i18n and bespoke handler for Invert Selection

Merge branch 'bug/JAL-2924nullTooltip' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2926 fix copy group consensus (and paste sequence with space in name)

JAL-2925 handle empty annotation when copying group consensus

JAL-2913 use FIGURE_USERIDWIDTH for fixed id width property

JAL-2924 no tooltip over null annotation positions

Merge branch 'releases/Release_2_10_4_Branch_merged_JAL-2759' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2759 release notes for 2.10.4

Merge branch 'feature/JAL-2759' into merge/JAL-2759_2104

fix for JAL-2922 - update states all at once and then refresh

Merge branch 'feature/JAL-984splitAdjuster' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-984 remove all references to idwidth.gif - in build.xml too :)

JAL-2885 release notes

Merge branch 'features/JAL-2885UniprotHttps' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2885 xfam https

JAL-2885 XFAM_DOMAIN->XFAM_BASEURL

JAL-2885 Ensembl* -> https

JAL-2885 ENSEMBL-DOMAIN -> ENSEMBL-BASEURL

JAL-2885 renamed base URL getter from getDomain..

Merge branch 'feature/JAL-984splitAdjuster' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-984 ID width adjuster needs to be white !

JAL-2666 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2666' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'feature/JAL-984splitAdjuster' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-984 remove all references to idwidth.gif and use int constants in place of width/height of image when switching between margin adjustment active/inactive mouse cursor

JAL-2906 typo fixes

JAL-984 release notes

Merge branch 'feature/JAL-984splitAdjuster' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-294 remove unneeded paint() method

JAL-984 remove commented/unnecessary if clause

JAL-2906 release notes for 2.10.4

Merge branch 'bug/JAL-2778again' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2778 reinstate transparent windows to avoid ugly borders on OSX

JAL-2778 Adjust cursor changes in overview panel

JAL-2778 Revert back to old synchronisation

Merge branch 'bugs/JAL-2780_JAL-2781_pdbnegativenums' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2906 bump release version and cut new release note entry

JAL-2780 scan all test IDs before testing and reporting test failures - currently failing for 4im2 and Resnum==0 (seq pos 0)

JAL-2780 SequenceI.findFeatures takes column numbers in base 1…


JAL-2780 JAL-2781 don’t create a mapping if sequence position was not assigned but still keep track of ‘unobserved’ counts for bookkeeping

JAL-2780 JAL-2781 only create a mapping entry or write a character to the ‘mapped sequence’ for observed residues regardless of to/from coordinate frames

JAL-2781 JAL-2780 include sequence start number when computing position in PDB sequence when mapping from PDB to PDB

JAL-2781 ensure Trim is disabled before test starts

JAL-2781 refactor ‘trim retrieved sequence’ preference key to string constant for reuse in tests

JAL-2781 null local siftsClient variable if exception occurs (probably not needed but clearer this way ?)

JAL-2781 refactor StructureSelectionManager.siftsClient to local variable in computeMapping

JAL-2781 FIXME: value of sourceType parameter always overwritten

JAL-2781 refactor possibly non-functional ‘extract secondary structure’ logic out of computeMapping

JAL-2781 tidy up comments on getMapping/computeMapping

JAL-2781 report exactly which residues do not receive RESNUM annotation from associated structure data

JAL-2905 added additional jvmarg for testng task conditional on the JVM identifying as java.version==9

JAL-2780 JAL-2781 extra column in mapping array

JAL-2904 JAL-2780 JAL-2781 update JmolCommandsTest for removal of redundant first semicolon in commandset

JAL-2780 JAL-2781 ahem - add a semicolon if there isn’t one

JAL-2780 use value of ’UNASSIGNED’ constant in assert verifying expected unassigned positions

JAL-2904 replaced assert for (getEnd()-getStart()+1)==getLength() in testPdb/mmCIFSeqRetrieve with test for RESNUM features at each position extracted from the PDB chain.

JAL-2781 use SIFTs mapping rather than maxChain AlignSeq to propagate annotation and sequence features to sequence being associated

JAL-2780 JAL-2781 use PDBe numbering to map between sequence extracted from PDB chain and Uniprot mapping