New padgaps works out number of gaps to insert, delete

Rename old properties file before writing new

Focus listener on Tabbed pane, gives keyboard focus back to alignFrame

Only adds history item if size>0

Returns number of columns deleted

Remove system.out

void changeCase(ActionEvent e

set quality to null if removed

showConservation, quality, identity not used

Dont readd the undo

check command.string[i] is not null

Sequence length maybe less than end

Error message changed

Sequences may be hidden, not in this aligment

Invert accelerators

sequence may be null if hidden or deleted

Set alignFrame of gathered panels to be the source AlignFrame

remove gaps size range

No need to reduce length if inserting more gaps at the end of a sequence

Check if hiddenSequence has been deleted

Known bugs fixed

Dont scroll off width-1

We can delete sequence 0

Return if negative width, ie alignment deleted

Check hiddenSequence before placing in tmp

Get sequence in routine

viewport.hasHiddenColumns updated after undo/redo performed

EditCommand added to AlignFrame

Adjusts columnSelection correctly

Adjusts hiddenColumns correctly

more accelerators

Only send one call per sequence at the moment

ShowConservation, quality, identity not used

Must set alignIndex before delete takes place

Use EditCommand.Cut

HistoryItem replaced by CommandI

EditCommand implemented

must translate graphics back the same amountcvs diff SeqCanvas.java

Change Case is undoable

SequenceIndex might be beyond old height

Must catch image outOfMemoryError

changeCase, removeGaps moved to commands package

maxIdLength redundant, deleteCols, trimLeft, removeGaps moved to Commands

Uses RemoveGapsCommand

Remove variables not used

Remove unneccessary import

Make everything final

New accelerators

Commented out for compilation

setOrder is public

Commands which can be done, or undone

Its historycvs remove jalview/datamodel/HistoryItem.java

fixes bug reported by Christopher Tan (help@jalview.org) - preservation of sequence description in aligned sequences.

Wait for response from server before next sequence

showqual, showcons never used

remove html and body from tooltip

new feature args

Can set description for new features

Faded anntotations when recalculating

set conserve and quality null if outofmemory

No longer a FeatureListener

parseDescriptionHTML

draw text after linkimage

Remove system.out

Gerneral XML parse error

fixed array out of bounds exception in copy constructor

showQuality may be updated during archive file load

Convenient function findEndRes

Add features from Popupmenu

Overview may request index beyond alignment height

Use i, not index if not representedSeqs

If conservation is null, disable Blosum62 and conservation colouring

Annotasiont[j] might be null

Local adjustForhiddenSeqs routine

RepresentGroup count items

Null element checked

HiddenSequences now array, not hashtable

Comment out debug to compile applet

fixes exception (array index out of bounds - due to off by one error) when applying conservation colouring to a group

refined id matching to pick the closest match (by length) to the query and added '_' to the list of word separators

debug message bugfix on duplicate tree leaf names.

No need to find index when deleting

Calculate alWidth earlier

Remove growing hashtable

Check on null consensus

bugfix for dodgy trees which contain the same leafname more than once - so that all leaves in the tree are properly associated.

Must repaint whole alignPanel

MaxResidue must be at least 2

Remove unneccessary separator

Only getGroups once if groupEditingcvs update

1.1 compatible

Use AAFrequency final keys

SetTooltip empty

Optimized

aaIndex replaces aaHash

static final strings for consensus keys

Consensus and conservation updated in threads

fixed log4j complaints for vamsas logging (again)

fixed log4j complaints for vamsas logging.

excluded log4j properties.