Merge branch 'feature/JAL-3143ensemblJSON' into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

JAL-3143 update unit test for ID -> id change

Split pane removing title bar for JInternalFrames

fixes org.json.JSONObject for fully qualified method signatures

removes org.json from srcjar

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of
https://source.jalview.org/git/jalview.git into
Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

Conflicts:
src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

JAL-3144 don't change comma to semi-colon if not requested!

woops.

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

Fix for textarea not updating value ("value", not "innerHTML")

fixes unidentified Java problem

when pasted text has white space trailing or preceding, error was
indicated that "" could not be loaded.

JAL-3056 no export as BioJS in JalviewJS

classpath to include test always

JSON writing fix, JColorChooser (mnemonic change) fix

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

test package fix for List<DBRefEntry> DBrefs (untested)

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

Merge branch 'feature/JAL-3143ensemblJSON' into trialMerge

Conflicts:
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblFeatures.java

JAL-3143 format alleles array for feature description

Fetch Sequences...PDB - all tabs working

Could still be a problem with panels being moved to and from being
content panes.

experiment using a register buffer instead of creating thousands of
int[]. Turns out, it's no diffent in Chrome.

timing notes; SwingJS for StringBuilder/Buffer

iterators

time check, iterators

JSON moved to swingjs/json

JSON code moved to swingjs.json.JSON

more iterators out; some time checks

JAL-3032 revert change to tooltip StringBuilder length

final timing checks for optimization

Platform.timecheck calls removed or commented out.

removing cyclic call

Jalview.isJS() --> Platform.isJS(), DBRefEntry[] --> List<DBRefEntry>

timestamp just before major refactoring in relation to preliminary
contructor/iterator optimization

SwingJS update (maybe nothing?)

timing code

JSON refactoring

JavaScript browser-based JSON parsing

Timing code

adds File..Load Project file for JS

fixes DnD

added _j2sclasslist.txt for buildcore.xml and
jalview_bin_JalviewJS_core.html

Menus close properly, toolips restored

minor bug in SeqPanel I introduced some time ago.

menu, slider work

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

Float.isInfinite, popup menus, slider, spinner redux

Tests for methods of Float

recompiled libs; JSONException fixed, JSlider, JSpinner

added Platform settings separating mouse use of win/mac difference

added Platform settings separating mouse use of win/mac difference

isAMac() -> isAMacAndNotJS(), isWindows() -> isWindowsAndNotJS()

Added Platform.isWin[Right|Middle]Button()

isAMac() -> isAMacAndNotJS(), isWindows() -> isWindowsAndNotJS()

Added Platform.isWin[Right|Middle]Button()

minor Platform.isAMac() clean up

removes secondary references "MAC"
changes unnecessary instance creation new Platform().isAMac()

removing indirect references to Platform.isAMac()

comments only

fixes popup issue involving invocation from mousePressed event.

menu update; popup not functioning, though?? Working fine in test suite.
Will test.

menu update; popup not functioning, though?? Working fine in test suite.
Will test.

menu bug preventing closing - recompiled

JAL-3143 'id' not 'ID' attribute drives generation of variant link

menu bug preventing closing

I see the problem with label icons offset. Something I did when I was
doing mnemonics, I think....

canvas line/font/pixel fixes; menu accelerators;

Merge branch 'develop' into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

Conflicts:
.gitignore
resources/lang/Messages.properties
resources/lang/Messages_es.properties
src/jalview/commands/EditCommand.java
src/jalview/gui/FeatureSettings.java
src/jalview/gui/ScalePanel.java

removal of AlignmentFrame lines

subimage height error

JAL-3186 remove Variable Colour from popup menu

JAL-3186 remove duplicate message keys

JAL-2069 wider dialog so all fields show!

Conflicts:
src/jalview/gui/FeatureTypeSettings.java

JAL-3186 reorder popup menu slightly

JAL-2069 clear any error colour when setting threshold from slider

JAL-3125 tidy up

JAL-3125 avoid slider 'rounding' threshold field value

Mnemonics implemented fully for menus; will appear on standard buttons
and the RootPane menubar, but they will not be active, as they are
actually not mnemonics. They are a form of implicit ALT-X accelerators
(which use InputMap). Accelerators are next to implement. Should be
relatively easy.  Not planning to implement mouse-down-and-hold for
mnemonic cycles (multiple mnemonics with the same letter).

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

SwingJS upgrade

(commented out but potentially useful) methods to tap Java release
logging options -- used for tracing events

JS optimization for too aggressive dynamic operation when entering PDB
IDs  (proposal only)

adding (unnecessary, but informative super() call in Desktop

JAL-3032 stub JS tabbed pane removed as not used

JAL-3032 tweak inner/outer class references

JAL-3032 refine 'empty status message' test (JS issue 179)

#179 status bar; #85 table repaint; #197?; #193 frame nonresizable;

#191 JSON (String.toLowerCase$java_util_Locale missing)

simplification of FeatureSettings inner classes

No need here for additional private inner variables that cover outer
class's versions of the same thing. No need for a pointer to the outer
class, as "me" is already the "this" of the other class.

Added necessary JTable.repaint() to fix the problem that "stopping"
editing was relying upon the invalidation to be maintained throughout
the modal dialog, but JavaScript cannot keep the thread from doing its
repaints. So in JavaScript, while the modal dialog is loading, the
validate sequence from stopping editing fires. Thus, when the editing
dialog closes, it is already validated for the previous value, and we
need to explicitly repaint the table to see the update.

comment added in relation to status bar

preliminary KeyListener, CaretListener

not quite working yet

JAL-1889 additional test for clover-added fields

JAL-1889 ignore 'synthetic' fields added for jacoco

JEditorPane <div>....<br><div>

JEditorPane <div>....<br><div>

support added for JEditorPane, JTextPane, JTextArea, JTextField

- default selection support for JTextArea and JTextField
- DefaultStyledDocument support for JTextPane
- includes font/color/bold/italic/sub/sup

#188, #195

- disabled submenus still opening (enable node should be li, not "a" tag
- popup requires double click (interference with JToolBar closing)

better Jmol help link

fixes #195 popup requires two clicks

(interference with JTooptip window closing)

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

#179, #185 status bar flicker gone (?), Colour by Annotation working

JAL-3032 prefer Jalview.isJS() to j2sNative

menubar, menus, tables

- Menubar adjusted to height of menu item text
- popip menu hover highlight moved from <a> to <li> tag,
  makes for full-width highlight
- popup menu hover to highlight bypasses <span> children by
  using mouseover instead of mouseenter
- popup menu vertical and horizontal spacing tweaks

maybe still issues with menu exit/hiding

- tables now correctly respond to changed data[] model
- much streamlined processing on changes for better performance
- still could do more, but it seems pretty smooth

- not able to reproduce any issues with color picker

Make sure to do a clean build. There were files in JavaScript that did
not get updated in my recent pull of Mungo's work.

JalviewFileChooser back to original; synth. ref fixed in j2sClazz.js

preliminary hack fix for synthetic reference issue

           RecentlyOpened
         inner/ /subclasses
       JalviewFileChooser
          \          /
           JFileChooser
                 Component

So Component can be retrieved two ways through JFileChooser. (1) as the
original JalviewFileChooser object
(2) as the superclass of RecentlyOpened.

I will look into it. For now it is sufficient to simply move
RecentlyOpened to be at least a static class. I just made it another
top-level class.

fixes menu persistence issues

- closes all menus on any click
- adds persistence for clicking a submenu item

seq panel issue with shift-left-mouse drag fix

TODO: menus no longer close on their own