'Update to Covariaton color scheme' merge; JAL-580

Change-Id: Iaf439847f280e8be7336437a8447f3a439098b09

'Add Rfam database sequence retrieval' merged; JAL-580

Change-Id: Ic7de2f4904af47bb04c91ffef4be6c66ff134607

Start merging of Laurens Code

Change-Id: Ic7501daa6075363a8f725ba2c6784cedefa27207

New branch created and author list changed to test the commit-function

Change-Id: I1c210663b6ae530c0dda0ed36b52ebaf4b56d316

todo for JAL-860 - associate multiple sequences with any view which has
one or more of these structures already opened.

applet min/max annotation shading parameter documentation JAL-234

ensure propagation of colour change on annotation update (JAL-868)

fix NPE when annotation colourgradient is applied

code style

default parameter for colours in annotation shading (JAL-234), ensure
dialog is reset correctly (JAL-877), propagate colour changes to
structure (JAL-868)

method to get a user default colour (JAL-234)

retrieve all sequences matching a particular name (JAL-872)

local instance of deployJava script from Sun/Oracle

refined applet example on examples page

better layout and structure display on startup

ensure contents of hash is extended JAL-876

fixed mouseover problem - still need to deal with flickering (JAL-568
and JAL-592)

progress when saving state (JAL-870) and hack to trap possible gui race condition (JAL-869)

documentation for menu item JAL-860

menu item and constructor to open a bunch of structures associated
with the current selection and align them in new Jmol window (JAL-860)

refactored from PopupMenu (for JAL-860)

todo re JAL-732

JAL-868 todo

open each query result from an alignment datasource as a
different alignment (JAL-865)

comment re JAL-153

Set job title correctly and pass reason why
input is invalid back to user (JAL-724, JAL-715)

extract sequence from DNA bases like 'DG' (JAL-866)

ensure selseq is trimmed to just sequences included in view (either all
or just selectedRegionOnly) (JAL-724)

Revert "partial patch for JAL-411 - text rendered above features"

This reverts commit 8f050c10c0bd044493b7537b6c6d119c7c29c986.

partial patch for JAL-411 - text rendered above features

ensure javascript and jmol example directories are synced

Merge branch 'master' of https://source.jalview.org/git/jalview

Revert "Revert "needed for linkedapplets_ng.html (JAL-859,JAL-469)""

This reverts commit 37b210ecad3c132b87c525f84e3b754a4edf12a6.

Revert "needed for linkedapplets_ng.html (JAL-859,JAL-469)"

This reverts commit 9740e237ec7a9accfd02aa6d21fd9be34847e214.

needed for linkedapplets_ng.html (JAL-859,JAL-469)

whole frame should be validated.

ignore any events after manager has already been finalized.

refactor to send list of model filenames involved in each set of Jmol
commands so they can be sent to the correct Jmol. (JAL-816, JAL-621,
JAL-862)

(JAL-856,JAL-621)

new and restructured javascript examples and documentation (JAL-816,
JAL-621,
JAL-856,
JAL-859, JAL-862, JAL-433, JAL-469)

jmb isn't created yet, so use another SSM provider

TODO re JAL-433 - filter events if alignFrame is specified for handler

documentation (JAL-859, JAL-816, JAL-621)

extracted jalviewlite API calls as separate interface (JAL-859)

groovy scripting examples (JAL-???)

javadoc built under dist directory for all Jalview source (JAL-858)

set initial annotation panel height appropriately (JAL-564, JAL-306)

standard embedded jalviewLite example (JAL-815)

documentation and targets for building a working applet examples
directory (JAL-834)

repaint image buffer height change (JAL-564) and ensure annotation panel
height drag events do not result in annotation row reordering (JAL-769)

repaint image buffer resize when panel height changes (JAL-564)

preliminary patch to reduce problem observed in JAL-546

ensure annotation height adjuster doesn't disappear off top of screen on
resize, and fixed some bugs with height calculation for annotation panel
JAL-564

fixes JAL-849 - double check after waiting a bit that there is no more
job output to retrieve from server.

reinstated valid XML content : additional for JAL-775

basic Netbeans project files and enriched build documentation: fixes JAL-848

fix to preserve sequence numbering in MSF (JAL-847)

jmb isn't created yet, so use another SSM provider

patch for JAL-846 made targetChain mapping constraint selective so
computed mappings are limited to cases where chain codes were explicitly
supplied

bug for clients using NJTree directly - pwtype should be valid score
matrix or PID, otherwise it is set by default to BLOSUM62

first patch for JAL-838 - allow new typed of PID calcs

example applet and desktop application files that should be published
to website at www.jalview.org/examples (JAL-815)
base version is 2.6.1 release of Jalview

example applet and desktop application files that should be published
to website at www.jalview.org/examples (JAL-815)
base version is 2.6.1 release of Jalview

Revert "just a test"

This reverts commit 0f56a75191c95a02b5f5ee90d9a6a57f72b0433b.

just a test

refactor to allow distinct StructureSelectionManager instances for
each jalview context in a JVM (JAL-621, JAL-569, JAL-731, JAL-735,
JAL-832)

interface for objects at root of a jalview session's
selection/highlighting/colouring message context

interface for handlers of alignmentViewPanel events

cruisecontrol again

another cc test

Merge branch 'master' of https://source.jalview.org/git/jalview

test cruisecontrol

test cruisecontrol

ensure all colour statements added to string set

uncommentable debug message for JAL-771

html tags

improved javascript callback execution thread and provided 'large string' asynchronous retrieval interface (JAL-735)

separation of jmol script command generation from jmol binding

javadoc and informative error message when external binding to PDB fails

ensure feature renderer settings come from the given view

added simple stdout debug function

JAL-824 - additional methods to allow jmol colouring state indicator to be passed in and modified on an instantiated view

JAL-824 - patch to schema to allow jmol colouring state to be stored

toggle of inclusion/exclusion of views for colouring was't working

JAL-824 - ensure Jmol colouring is a radio button

documentation for JAL-824 and JAL-621

documentation for JAL-732

htmlfix

formatting

removed useless flag (was always null for button press) to ensure default view colouring behaviour for JAL-824 when sequence colouring is chosen

JAL-823 and JAL-824 - seqColour no longer the default colouring state unless PDB file opened from alignment window

comments re JAL-823 legacy issue

clarify tooltip

moved loadingFromArchive flag modification to after GUI refreshes are completed and javadoc.

option for enabling Jmol colouring mode JAL-824

JAL-641 patch

patch for JAL-733

patch for JAL-820 and JAL-821

separated alignment annotation height calculation from panel height adjustment

moved to same place as in jalview.gui