sequence fetchers generated for local das sequence sources

das source browser uses local source method from jalview.bin.Cache and methods refactored to allow headless access to list of selected das sources

allow sequence source to be specified as sequence:mydasserver/das/source

local das source properties string constants and routine for generating sequence and feature sources from local source property

properly catch exceptions from querying server with sequence command

minimise exceptions for bad uniprot ids

select source by implementation class

fix null pointer exception for sources which don't have any additional properties

clarity of tree menu calculation widget name

match case switch should work for both sequence ID matches and sequence matches, and be case insensitive for both searched text and query text!

beginning documentation for new hidecol/hiderep and representation capabilities

todo for documenting selection sharing

autoscroll option

new capabilities and note on 'try vamsas'

new features/resolved for 2.4.1.

refactored to propery separate addToDocument,addFromDocument, updateToDocument, updateToJalview and conflict processes

new viewport IDs and jalview XML storage/sync in vamsas appdata and refactored more code to use of jalview.io.vamsas.DatastoreItem

selection sending and receiving, autoscrolling to highlighted position, new viewport IDs and jalview XML storage/sync in vamsas appdata

selection sending and receiving, autoscrolling to highlighted position

selection sending

new ID constructor and selection sending

new constructors for setting IDs

new window discovery and alignment view navigation methods

jar inputstream provider enabling multiple jar entries to be unmarshalled without closing the input stream

automatic scrolling switch

updated library supporting exchange of selection messages

automatic scrolling option added to view

jdk1.2 compatibility

minor translation bug

javadoc

jalview XML schema update for 2.4.1 (or 2.5?) introducing IDs for views and treepanels and proper reconstruction of dataset/Alignment relationships

new listener/sender for selection events

gracefully translate ambigous nucleotides as 'X'

bugfix to safely deal with server exception resulting in null document

added todo regarding import of GFF2 key=value attributes

avoid exception if search returns valid object but does not match any sequences

new copy constructor and intersect method

involvesSequence to check if searchResults intersect with a specific sequence

javadoc and new method to get alignment sequence index using a SearchResults object

bugfix db ref retrieve routine so it removes dead query strings properly

implemented embl validation properly

implemented embl validation properly

links for non-positional features

comment about escaping regex properly

optional display of database refs and non-positional feature tooltips

optional display of database refs and non-positional features

beginning of implementation of new properties for hide/show groups and sequence representatives via the annotation file

bugfix for transfer of user defined colourscheme from applet to application via jnlp launch

application specific validIOformat method

added .DSA files to list of jar signatures to be removed (thanks to Mark McDowall for this!)

fixed sequence associated annotation reading bug where only first annotation is associated with sequence when more than one follow a SEQUENCE_REF

added bugfix note for 2.4

java 1.1 compatibility

fix exception raised when JNet concise files with no sequence content are parsed (c.f. TarO Jnet concise files)

links associated with non-positional features do not need a 0_0 appended to their link text

show non-positional features with same code as positonal features using SeqPanel static method

refactored feature tooltip generation code to static method for use by IdPanel

non-positional features are displayed with additional score/evidence if necessary and url links generated from embedded links

tooltip contains non-positional features and popup contains URLs from non-pos features

make URL links from description string when link is a regex and it matches on description string

view settings in view submenu and user preferences to control display of non-positional features and database cross references in sequence ID tooltip

introduced and commented out code for generating URLs from description text pending future decision on behaviour

release property includes -b or -t to indicate what gets checked out

merge from 2_4_Release branch

no newline after licence comment

added Release_2_4_branch

fix vamas homedir link

added keystore config properties

update and test release build system

2.4 release documentation update menus, service refs, new features and releases

update Jpred3 service referenec

allow '|' to be entered in URL text box and added regex extension form to instructions

set title of viewer frame after file has been loaded (if possible) so Desktop window list entry is correct

future bug fix todo

new thread for initting of DBRefFetcher with latest SequenceFetcher

uses shared singleton from jalview.gui.SequenceFetcher (consider revising so an instance of jalview.ws.SequenceFetcher is passed to constructor)

added singleton access method to retrieve the latest shared instance of the jalview.ws.SequenceFetcher

bugfix todo for the 'edit sequence' command

tooltip for fetch db refs and more generic regex for 'Extract scores...'

pdb xrefs added as dbrefs and as PDB file links

ensure successive matches to a regex have distinct annotation name (indice suffix increases by one each time)

Use 0f rather than NaN to specify non-valued annotation elements.

tooltip displays formatted annotation row description including sequence reference name (if any)

beginning of fix for embl/cds/highlighting IO in https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=36199

fix for arrayoutofbounds bug when secondary structure element extends whole width of alignment (eg. PF00037 stockholm file)

better check for molecule type when identifying internal sequence cross-references

regex links for launching URL from single click on sequence ID

update text and version checker

dialog size on macs

check for crossreferences every time the menus are updated

catch invalid URL link exception properly

increase height of dialog

allow '|' in regex for URL links to be recovered from properties file properly

safer copy constructor

xrefs retrieved from Uniprot

added castor back onto classpath

check for null viewport on dataset recovery

ensure input data can be recovered for tree and PCA even if alignment view was closed

do not try to cancel jobs that cannot be cancelled

ascii comment