JAL-3187 minor code tidying, todo removal

JAL-3187 removal of variant feature (non-virtual) transfer to protein

JAL-3187 (fudge) look in both alignments for stored mappings

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3187linkedFeatures

JAL-3389 add .py to restored Chimera session filename so it opens!

Merge branch 'bug/JAL-3388structureChooserSorting' into develop

JAL-3198 more efficient Sequence.getDisplayId()

JAL-3388 correct class for column 0 Ref Sequence

JAL-3386 correct wrapped width calculation for headless image export

JAL-3377 more reused of SeqCanvas.computeWrappedGeometry

JAL-3377 add seq-annotations gap to cheight not to hgap

JAL-3377 Javadoc added for getWrappedHeight()

JAL-3377 corrected wrapped widths height for IdCanvas

JAL-3377 include seq-annotation spacing in getWrappedHeight()

Merge branch 'features/JAL-3375vcfValidation' into
feature/JAL-3187linkedFeatures

Conflicts:
src/jalview/io/vcf/VCFLoader.java
test/jalview/io/vcf/VCFLoaderTest.java

JAL-1793 only decode specific special characters in VCF data

JAL-3376 capture VCF POS, ID, QUAL, FILTER as feature attributes

JAL-3375 format validate VCF Integer and Float fields

JAL-3375 ignore '.' values for VCF data

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3187linkedFeatures

JAL-2987 tolerate null double values when formatting JTable

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3187linkedFeatures

JAL-3289 bamboo properties for ‘BUILD’ getdown channel - fix

JAL-3289 bamboo properties for ‘BUILD’ getdown channel

JAL-3187 derived peptide variants tweaks and tests

JAL-3187 initial refactoring towards peptide variant in tooltip

JAL-1544 fixed a html encoding of '<' (%lt; -> &lt;) in commandline.html

JAL-1793 apply URL decoding when saving VCF attribute values (%3D -> =)

JAL-3111 correct JVL appbase for 2.10.5 via getdown

Merge branch 'task/JAL-3337-rm-lib-update-sourceDist' into develop

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3337 round-and-round the process source files again

JAL-3337 more includes and excludes

JAL-3337 remove the old lib directory !

JAL-3337 rejig the source distribution generation to process and replace tokens in source files

JAL-3111 replace year in header for help pages and put processed help in build/distributions

JAL-3225 try/catch for non-deprecated/deprecated property in sourceDist which is not available on older eclipses

JAL-3353 Change to build.gradle to use the file:// enabled getdown-launcher-local.jar for LOCAL and ARCHIVELOCAL builds only. Otherwise the getdown-launcher.jar (with no local file enabled) will be used

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3111 help pages minor corrections

JAL-3348 fixed an internal href in help to allow building

JAL-3337 adjusted building doc as sourceDist uses gradle 5.2 or above properties

Merge branch 'task/JAL-3348_document_cli_memory_settings_when_launching_jalview' into develop

JAL-3111 JAL-3348 JVL file documentation

JAL-3348 revised bsoares memory settings documentation and updated docs for launching jalview from command line

Merge branch 'develop' into task/JAL-3348_document_cli_memory_settings_when_launching_jalview

merging in develop

JAL-3348 memory.html documentation finished for 2.11.0

JAL-3348 jvmmempc in jvl file now works in linux

JAL-3348 jvmmempc multiple values shouldn't be merged

JAL-3111 tidy up lists/indentation for release notes

JAL-3111 Java 11 only and 'onwards'

JAL-3111 more whatsNew tweaks

Merge branch 'task/JAL-3337_gradle_tasks_sourceDist_and_help2Website' into develop

JAL-3111 more whats new

JAL-3348 start of new memory setting text

JAL-3348 jvmmempc allowed in jvl file

Merge branch 'develop' into task/JAL-3348_document_cli_memory_settings_when_launching_jalview

merging in develop

Merge branch 'documentation/JAL-2843_featureFiltersFormat' into develop

JAL-3348 prepping getdown to pass JVM command line args

JAL-3111 updated what’s new… still more to come !

JAL-3111 updated privacy statement to remove mention of JNLP version checker JAL-3280

JAL-3111 JAL-3150 revised Jalview archive documentation and noted instructions about converting Jalview project files pre Jalview 2.1.

JAL-3111 JAL-3348 removed pre 2.11 instructions on setting Jalview’s memory settings. Needs information about configuring proportion of memory allocated.

JAL-3111 JAL-3280 hide the version check preference option in ‘Connections’ tab

JAL-3111 tidied up preferences dialog documentation

JAL-3111 fix broken helpTOC link

Merge branch 'tasks/JAL-3311_removeVamsasMenu' into develop

Merge branch 'develop' into tasks/JAL-3311_removeVamsasMenu

Merge branch 'develop' into task/JAL-3337_gradle_tasks_sourceDist_and_help2Website

merging in develop

JAL-3337 Tidied up j8libs in THIRDPARTYLIBS. Replaced jersey-*-1.19.jar with jersey-*-1.19.4.jar in j8lib.  Removed lib/ folder from sourceDist.  Added instructions for running testNG with a specific group of tests to building.md

JAL-3111 release date now 4th July 2019 - codename 'bastille'

Merge branch 'documentation/JAL-3111_release_211' into develop

JAL-3111 formatting

JAL-3111 new known defect from JAL-797

JAL-3111 release notes for JAL-2789 JAL-2744 JAL-1889 JAL-3287 JAL-3289 JAL-3288

JAL-3111 whats new and JAL-2738 JAL-2743 expanded help documentation for VCF

Merge branch 'develop' into task/JAL-3337_gradle_tasks_sourceDist_and_help2Website

Merging in develop

JAL-3337 Excluding j11modDir from source distribution (has some older version jars converted to mods and none of these files are used in the build -- jars are all in j11libDir and used as libs not mods).

JAL-3337 Updated the j11lib jars (don't need to be converted to modules) that aren't in j8libs. Added licensing information for these jars to THIRDPARTYLIBS.

JAL-3337 gradle.properties for publish help as html pages

JAL-3337 publish help as html pages with GA tracker (ant task rescued from old build system)

JAL-3337 starting to add to THIRDPARTYLIBS

JAL-3322 increase concurrent downloads in getdown

JAL-3333 removed unused variable

JAL-3337 Added some more files to source tar.gz file

JAL-3337 added gzip compression. Archive filename now matches the ones in docroot/source/ when using -PJALVIEW_VERSION=...

JAL-3322 getdown jars with network timeouts applied

JAL-3332 Sensible default timeout values for network connections (8s connect_timeout, 15s read_timeout)

JAL-3333 using floats for smoother weighting

JAL-3337 added sourceDist task to gradle.  Creates tar file in builds/distribution/jalview-source-JALVIEW_VERSION.tar

JAL-3337 update to JAVA-11-README to state current Java 11 build

Merge branch 'develop' into task/JAL-3337_gradle_tasks_sourceDist_and_help2Website

update merging develop into this branch

JAL-3333 Sorry couldn't resist adding a bit of weighting to the rotation

JAL-3333 Title text now appears instantly. Altering speed of rotating logo depending on queuing or running status. Rotating logo now 'parks' rather than jumps at completion.

Merge branch 'bug/JAL-3333_Blurry_fonts_in_WebServiceInfo_window_title_in_macOS_mojave' into develop

Merging in simple change from transparent image to white background and removing alpha channel in image model.

JAL-3333 changed RGB model.  Tested in mojave and Windows (works)

JAL-3111 release notes for JAL-3330 JAL-3021 (tweak) and JAL-3333

JAL-3337 start of a Tar task

Merge branch 'bug/JAL-3333_Blurry_fonts_in_WebServiceInfo_window_title_in_macOS_mojave' into develop

JAL-3111 release notes for JAL-2820 JAL-2207