Add param to Jmol path

padGaps moved

Make sure mainContainer and owner are not null

Must check that featureGroup is visible for mouse over features

amendFeatures

paintAlignment(true)

Place new feature on top of existing features

Make sure sequence is in mouse over alignment

Amend Features

ColourByStructure not ready yet

newlines in alignment properties converted to <br>

blc header lines inserted as 'comment' alignment property

parsers can generate alignment properties

getProperties returns nullk for no properties

documentation and getProperties method

aligned boxes

ThresholdIsMin available in applet

Set black if colour null

Alignment properties available

hide the initial window after selection made

one colour flag in annotation export

bugfix for deleted annotation undo

Annotation gradient will use direct colours if no graph exists

Allow threshold to be min/max

hide annotation colouring options

Dont colour labels

added/tested sort by scores menu and added basic extractScores function.

use hasScore method to test presence of score in annotation.

added 'sort by sequence associated annotation score'

bug fixed basic score extraction by regex on description method

get annotation by label string

fix '\0' bug from score-only positional annotation

score is a double, fix bugs for score only annotation not being associated with sequences

double sort functions

total annotation score is a double for maximum precision.

check for null ss character

colourText = false

score and visible copy construction

Edit seqs

quick fix for verbose fortranesque comments in preamble of AMPS BLC files (lines were being recognised as JPred concise files)

fixed bug in prefix extraction for application

basic methods for adding scores extracted from description

fix for null annotations

groovy support without compile-time dependency.

remove should be removeElement

Alignment Properties required for annotation file

moving word methods to MapList and begin bug-fix for single-residue codon span feature location (see TODOs)

getContentPane().add alignmentProperties popup.

properties + colours

Show scores

Export annotations with properties

View Properties

fix recent file type bug

alignmentProperties added

Functions for parsing free text properties on sequences, alignments and annotations.

transfer of residue numbering as alignment annotation

AlignmentAnnotation: added annotation score attribute and allowed for annotation[] array to be null

bugfix for sequence features mapped to multiple contigs on local sequence frame

updated mapping for EMBL_Services_V1.1.xsd and tested with basic CDS feature detection.

functions that operate on references to sequences in alignment rather than copies.

distinct methods for getting references to selected sequences or getting new seuqence objects corresponding to selection.

getColour method added

Check for null displayCharacters

Dbref fetcher takes sequences, not alignment

getColour added to structures

Test out new arrangement

Get colour from structure added

check dispalyChar is not null

Check displayChar is not null

Colour is null

remove seqref annotations

remove alignmentAnnotation added

Only fetch refs for seelcted sequences

fix null annotation values

global dbref fetch option in web services menu.

value only annotation

adds annotation for display (with flag to set alignmentAnnotation as hidden initially)

annotation and seqs vectors are protected members for use by file parsers for adding data for import.

tfactor annotation description includes full sequenceID

tfactor and occupancy extracted from PDB file, and tfactor added as sequence associated alignment annotation.

bugfix

fixed column selection cut/paste and self paste.

sequence associated alignment annotation copy for column range selection

ensure edit command gapChar is updated and used for padding when no alignmentI reference is available

padGaps flag in copy constructor

javadoc note on padding AlignmentAnnotation to alignment width

copying sequenceMapping, restrict(alstart/end) and pad(alwidth) method.

REPLACE added to edit command

Only setDropTarget if Desktop is not null

Validate range for all annotations

Redundant code commented out

hastext = false

dont set seqref null if index incorrect

featureGroups not null

Pad gaps when annotation editing

quality has text false

Quality does not have text

Alignment of labels and text

checks for scrollbar height

Disable memory checker for now