Merge branch 'develop' into features/mchmmer

Merge branch 'bug/JAL-2865removeGC' into develop

Merge branch 'develop' into trialMerge

Conflicts:
src/jalview/datamodel/Alignment.java
src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java
src/jalview/datamodel/AlignmentI.java
src/jalview/gui/AlignFrame.java
src/jalview/gui/AlignViewport.java
src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

JAL-2679 reinstating changes lost in VCF merge

Merge remote-tracking branch 'origin/releases/Release_2_10_4_Branch' into merges/JAL-2906_update2_11_from_2_10_4

JAL-2885 tests updated for code changes

JAL-2930 use MouseWheelEvent.getPreciseWheelRotation, not getWheelRotation

Merge branch 'releases/Release_2_10_4_Branch' into develop
check carefully that JAL-2885 (configurable Ensembl/Genomes Endpoints) functionality is still present

Merge branch 'bugs/JAL-2922' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2922 [2] not [1] for Boolean column of table

Merge branch 'bugs/JAL-2922' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2922 i18n and bespoke handler for Invert Selection

Merge branch 'bug/JAL-2924nullTooltip' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2926 fix copy group consensus (and paste sequence with space in name)

JAL-2925 handle empty annotation when copying group consensus

JAL-2913 use FIGURE_USERIDWIDTH for fixed id width property

JAL-2629 storage and lifecycle of alignment/group HMM annotations revised

JAL-2729 draft help pages for HMMER menu

JAL-2629 revising hmmer annotation updating (wip)

JAL-2924 no tooltip over null annotation positions

JAL-2629 some tidying of Hmmer commands (wip)

Merge branch 'releases/Release_2_10_4_Branch_merged_JAL-2759' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2759 release notes for 2.10.4

JAL-2668 method name change for clarity

JAL-2668 fix broken factory method for colour scheme

JAL-2717 JAL-2668 fixes to HMMER colour scheme display names, enabled state, test coverage

Merge branch 'feature/JAL-2759' into merge/JAL-2759_2104

fix for JAL-2922 - update states all at once and then refresh

JAL-2599 test coverage and bug fixes for 'minimal file' parsing

Merge branch 'feature/JAL-984splitAdjuster' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-984 remove all references to idwidth.gif - in build.xml too :)

JAL-2885 release notes

JAL-2599 corrected case-insensitive symbol indexing

Merge branch 'features/JAL-2885UniprotHttps' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2599 parser and datamodel use primitive double[] not List<Double>

JAL-2885 xfam https

JAL-2885 XFAM_DOMAIN->XFAM_BASEURL

JAL-2885 Ensembl* -> https

JAL-2885 ENSEMBL-DOMAIN -> ENSEMBL-BASEURL

JAL-2885 renamed base URL getter from getDomain..

JAL-2629 tidy tests, refactor hmmer node mapping slightly

Merge branch 'feature/JAL-984splitAdjuster' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-984 ID width adjuster needs to be white !

JAL-2666 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2666' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'feature/JAL-984splitAdjuster' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-984 remove all references to idwidth.gif and use int constants in place of width/height of image when switching between margin adjustment active/inactive mouse cursor

JAL-2906 typo fixes

JAL-984 release notes

Merge branch 'feature/JAL-984splitAdjuster' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-294 remove unneeded paint() method

JAL-984 remove commented/unnecessary if clause

JAL-2629 tidy unit tests, constants etc

JAL-2906 release notes for 2.10.4

Merge branch 'bug/JAL-2778again' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2778 reinstate transparent windows to avoid ugly borders on OSX

JAL-2629 simplifying method signatures in Hmmer command classes

JAL-2778 Adjust cursor changes in overview panel

JAL-2778 Revert back to old synchronisation

JAL-2629 removed SequenceI.get/setLastPosition and related code

Merge branch 'develop' into features/mchmmer

Conflicts:
resources/lang/Messages.properties
src/jalview/api/AlignViewportI.java
src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java
src/jalview/datamodel/Sequence.java
src/jalview/datamodel/SequenceI.java
src/jalview/gui/AlignFrame.java
src/jalview/gui/AlignViewport.java
src/jalview/gui/AnnotationLabels.java
src/jalview/gui/PopupMenu.java
src/jalview/gui/Preferences.java
src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java
src/jalview/jbgui/GPreferences.java
src/jalview/schemes/ResidueProperties.java
src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java

Merge branch 'releases/Release_2_10_4_Branch' into develop

JAL-2897 updated unit test for code change

Merge branch 'develop' into features/JAL-1793VCF

Merge branch 'bugs/JAL-2780_JAL-2781_pdbnegativenums' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2629 refactoring of Hmmer preferences

JAL-2629 partial refactoring of Hmmer command classes

JAL-2629 formatting only

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2906 bump release version and cut new release note entry

JAL-2780 scan all test IDs before testing and reporting test failures - currently failing for 4im2 and Resnum==0 (seq pos 0)

JAL-2780 SequenceI.findFeatures takes column numbers in base 1…


JAL-2780 JAL-2781 don’t create a mapping if sequence position was not assigned but still keep track of ‘unobserved’ counts for bookkeeping

JAL-2780 JAL-2781 only create a mapping entry or write a character to the ‘mapped sequence’ for observed residues regardless of to/from coordinate frames

JAL-2781 JAL-2780 include sequence start number when computing position in PDB sequence when mapping from PDB to PDB

JAL-2781 ensure Trim is disabled before test starts

JAL-2781 refactor ‘trim retrieved sequence’ preference key to string constant for reuse in tests

JAL-2781 null local siftsClient variable if exception occurs (probably not needed but clearer this way ?)

JAL-2781 refactor StructureSelectionManager.siftsClient to local variable in computeMapping

JAL-2781 FIXME: value of sourceType parameter always overwritten

JAL-2781 refactor possibly non-functional ‘extract secondary structure’ logic out of computeMapping

JAL-2781 tidy up comments on getMapping/computeMapping

JAL-2781 report exactly which residues do not receive RESNUM annotation from associated structure data

JAL-2905 added additional jvmarg for testng task conditional on the JVM identifying as java.version==9

JAL-2780 JAL-2781 extra column in mapping array

JAL-2904 JAL-2780 JAL-2781 update JmolCommandsTest for removal of redundant first semicolon in commandset

JAL-2780 JAL-2781 ahem - add a semicolon if there isn’t one

JAL-2780 use value of ’UNASSIGNED’ constant in assert verifying expected unassigned positions

JAL-2904 replaced assert for (getEnd()-getStart()+1)==getLength() in testPdb/mmCIFSeqRetrieve with test for RESNUM features at each position extracted from the PDB chain.

JAL-2781 use SIFTs mapping rather than maxChain AlignSeq to propagate annotation and sequence features to sequence being associated

JAL-2780 JAL-2781 use PDBe numbering to map between sequence extracted from PDB chain and Uniprot mapping

JAL-2781 mark aligned positions via StructureMapping’s Mapping object, and transfer residue positions via the Atom.resNum position rather than Residue.number

JAL-2780 JAL-2781 include a Mapping object in StructureMapping to pass to sequence annotation and feature transfer

JAL-2780 JAL-2781 UNASSIGNED positions marked as Integer.Min

JAL-2781 fix test data for full length annotation

JAL-2789 avoid using transcript (with no UTR) as CDS sequence

JAL-2789 code format changes only (before functional fixes)

JAL-2666 fix failure to scroll split alignment of height 1

Use the “PDBe” or “PDB” numbering (starts from 1, corresponds with the PDB SEQRES record) to map to the dataset sequence if its primary coord system is PDB. (fixes StructureSelectionManagerTest.testMapping_EqualsSeqFeatures with 4im2_missing.pdb).

JAL-2780 JAL-2781 should always ensure SIFTS mappings are made to dataset sequence rather than the alignment sequence.