JAL-1001 - hack to extract the global URL for a service from the 'MORE INFORMATION' url.

javadoc and note about broken semantics for findIndex

JAL-1149 patch

JAL-1148 reinstate sequence references for annotation regardless of whether they are autocalculated or not (patch not checked for regressions!)

JAL-1087 skip processing any of the other command line arguments if no alignment window created
from -open parameter

JAL-1143 - ensure we revalidate annotation panel height in all views after pasting any annotation rows

JAL-975 JAL-951 test class for viewing layout for JABAWS services

JAL-1137 clean up old-style menu code and look

JAL-1137 JAL-975 simpler menu for the AACon service - allows user to switch calculation to different servers for an alignment view.

Debug message associated with TODO for JAL-1136 - re-enable dynamic recalculation when a project with AACon annotation is imported.

JAL-975 JAL-1137 debug messages for web service client and discovery code

JAL-1131 - todos for later versions

JAL-1131 ensure new dataset sequence is created if seuqence replacement results in different non-gap characters

JAL-1136 Ensure asynchronously calculated autoannotation is also added to the alignment in the correct order

JAL-1136 JAL-811 JAL-812 store/recover autocalc alignment annotation based on calcId if present

JAL-1136 fix logic for recovering AACons params

JAL-1136 store ws-parameter list as XML element content after first escaping newlines. TODO: consider revising

JAL-1136 allow parameter sets to be transferred across different JABAWS servers using server-independent JABA service identifier

JAL-1136 less code-dependent formula for creating server-independent JABA service identifier

JAL-1136 - fix abstraction for parameter container class

JAL-1115 reference to List<SequenceI> passed in 'alignment' changeSupport message

JAL-976 better logging/error reporting for disorder/conservation jobs

JAL-976 JAL-958 todo list for release

JAL-976 ensure protein disorder services appears in correct place

JAL-976 don't clear menu out before adding jabaws services so JPred service still shown

JAL-1066 patch regression ac33424148b2a4de29b3ca43f941162e8ba0384c causing exception when feature colourschemes are imported

documentation for PCA calculation parameters and reset button.

a209409239 (JAL-976 - add support for storing service parameter sets in project)

JAL-976 clean out associated annotation

JAL-976 implement additional calcId method

JAL-976 simpler parameter update model

JAL-961 JAL-976 allow access to service URI for parameter recovery

JAL-961 JAL-976 recover current settings from associated viewport

JAL-976 pick an available instance of a service based on server-independent URI string

bugfix - use currently held parameters

JAL-976 - storing service parameters on the view model

JAL-976 test if the sliders have been modified from the service default (where no preset is selected and no sliders changed)

unique URI for service type

JAL-961 JAL-976 abstracted container for dynamic calculation parameters

tidy imports

JAL-976 - add support for storing service parameter sets in project

JAL-961 allow calcId to be specified independently of alignment annotation row label

JAL-974 - broken copy of feature settings

JAL-1129 progress bar - this patch doesn't provide any indication of whether the export was successful.

JAL-968 incremental - PNG/EPS output has annotation overlapping alignment when annotation scroll bar not at top of panel.

tidy imports

JAL-974 create graduated feature colours for annotation with scores.

JAL-974 - use refactored methods on AlignmentPanel

JAL-974 - refactor FeatureRenderer constructor to AlignmentPanel (should probably add to AlignPanel API JAL-966)

JAL-1117 alleviate lock starvation

ensure all annotation dependent rendering gets refreshed

JAL-1065 JAL-1066 ensure non-residue based schemes actually override the new findColor methods

JAL-1065 JAL-1066 allow different lookup tables for nucleotide or amino acid colourschemes

JAL-899 added groovy support to develop branch

formatting

JAL-976 JAL-975 JAL-1119 - pass on any existing parameters to initialise the service parameters dialog box

JAL-975 JAL-1119 - prototype adjustable AACons parameters for the currrent alignment view

JAL-975 - doh! valid result if width matches *ungapped* input data

JAL-975 - bespoke AACons settings object to save current service settings for the AlignViewport

patch for JAL-1172 ensure option's default value is set in widget so it gets saved in paramStore

JAL-961 JAL-975 extend api to support removal of workers no-longer required by the user

JAL-975 - ensure we only submit ungapped, padded alignment data to AACon - otherwise jobs fail.

formatting

JAL-1125 option to switch between Jalview and SeqSpace PCA calculation modes

fix JAL-1122

JAL-1123 - make clear where off-by-one error was occuring (patched problem in previous commit)

JAL-535 - refactored core PCA viewer code to viewmodel
JAL-1013 - port protein/nucleotide settings to applet PCA viewer

JAL-535 refactored core code from PCA viewer to viewmodel.

JAL-1120 patch for desktop

patch for JAL-1121 - reset button and slightly wider default window size

JAL-535 refactoring todo

Extended IProgressIndicator with method to check if any progress bars are currently displayed.

Merge branch 'JAL-1013_pca_rna_dna' into develop

JAL-975 JAL-1002 ensure custom parameters are actually passed to service

JAL-1115 - synchronized access to group list

JAL-976 - make sure annotation panel is updated to grey out any stale annotation rows

JAL-961 JAL-976 kill any existing AACon job if a new AACon worker is started due to an alignment edit or change in parameters

JAL-1003 visual delay when running a sequence or alignment annotation job

JAL-961 JAL-976 tweaked way that AACons client is registered and started.

formatting

formatting

JAL-1118 - hack to try and get rid of flicker. consider moving greyed out image rendering to after we call the panel renderer.

JAL-1118 WIP - flag to mark if image buffer has just been cleared ready for a redraw

JAL-1115 trap exception arising from race condition when alignment edited during calculation

JAL-968 javadoc and return flag indicating if any of the annotation rows were being worked on whilst the panel was rendered.

JAL-961 ensure we only add one instance of a worker to the registered list of workers for an alignment.

JAL-961 potentially helpful println statements when debugging alignment calculation queue

JAL-1115 refactor base collection for Alignment from Vector to locally synchronized List<SequenceI>
(missed this one from d6509fcf3a8cc90616e18cb22cec97f85c722bb8)

JAL-1116 - location where vamsas sync failure occurs

javatidy

JAL-1115 refactor reordering code operating directly on Sequence collection as AlignmentI method

JAL-1115 refactor base collection for Alignment from Vector to locally synchronized List<SequenceI>

JAL-1115 - use local reference for annotation row

JAL-961, JAL-1115 - pending test to ensure only one worker waits around for another one for the same type to complete.

javatidy

JAL-967, JAL-1114, JAL-1115 more concurrent access hacks

javatidy

fix for bug introduced with commit:b81d4d7d46ea8b1c89df086fb847baab6b69d427

javatidy

JAL-967, JAL-1114, JAL-1115 - modified render and calculation api to work on bare array reference for current instance of data rather than via reference to container object, so as to minimise errors arising from race between rendering code and calculations triggered by alignment data edits which create new data arrays.