Fire alignment changed if seqs hidden / revealed

Correct title for sequence parameter applets

Sequences can be added as parameter

H key added

make annotation label font size follow alignment font size.

first stage of adapting JNet client to hidden regions and new WSClient
structure.

fixed alignment ordering name.

ensure that close widget is available for jobs that cannot be
cancelled.

Acknowledgement

Setselectiongroup null on hide

H key to hide / reveal

Add key listener to scalePanel and annotationPanel

Select revealed seqs

WRITEABLE_FORMATS and READABLE_FORMATS string []

Move features to dataset

Stockholm parser added

Stockholm parser

refactored to create generic polling thread and subjobs

2.1 updates

function to indicate job has finished but no results are available.

New file

new feature added

Stop loading must be before JOptionPane, 1.5 bug

No need to check selection group size

findSequenceMatch returns multiple sequences

Do a loop for multiple seq matches

Correct test string

multiple subjobs can be cancelled and gui only allows results when a
subjob actually completes.

fixed off by one bug in end sequence from getSubSequence and added new
subSequence method (not properly tested yet).

findingFeatures flag set

2.1 updates

2.1 updates

2.1 new files

Replaced image

Merged with edit

end<start for empty sequences in Sequence[] from SeqCigar[]

elementAt instead of get for 1.1 compatibility

fixing residue clip bug in MsaWSThread and adding minimum sequence length constraints.

fixed end-residue bug and subjob panel names bug

multiple web service jobs from visible blocks of an alignment.

Update overview on conservation/pid slider mouseRelease

alignpanel.repaint

Add links menu if no sequence is selected

popup must be added to panel before showing

param tree replaces treeFile

2.1 updates

2.1 updates

2.1 updates

2.1 updates

2.1 updates

2.1 updates

2.1 updates

2.1 updates

2.1 updates

new files

dud file

Desktop is null if -noDisplay is set

Make a new FeatureRenderer

AlignPanel.repaint

Printstacktrace

inFile might be null if PDB was pasted

Smoother drawing

Check selection size before making tree

group.getSize should be ab.alignment.getGroups

Check alAndColSel are not null

Control and shift for col selection

Reset button added

Right mouse works with cursor mode

Only add 1 feature settings table

Comment out start and end refs

1.1 compatible

file: is a URL

Invert column selection

new SequenceI method for making a sub sequence from a range on the
current sequence.

alignment from seqCigars will correctly mark deleted residues as
isolated insertions.

refactored hidden regions methods and made an AlignmentView preserve
the alignment in hidden regions.

fixed multiple shifts bug.

Must save all the feature settings

Check if groups have already been added or not

Fix for local sources with no capabilities

Icon drawing updated

Null hidden cols check

No need to re repaint

Height and info message

Transparency

Endres check for wrap alignment

Set the start res and start seq

Copy hidden cols to new alignment

Remove system.out

Make sure link menu is displayed

Save links and scores and keyValues for features

KeyValue pairs for features

Input Data...

Capitals

Out by 1 error on show columns

Applet has hidden regions

removed extraneous classes.

locally modified biojava-dasobert package is now org.biojava.dasobert

Use idCanvas highlight system

1.1 compatible