added shiftList to record changes in alignment column positions.

remove gaps method from AlignFrame.remove_gaps_actionPerformed

inverse ShiftList and SequenceI.gapMap->ShiftList methods.

avoid null pointer exceptions

javadoc

Check colourScheme is not null - jalview prior 2.5 incompatibility

dont remove all representative seqs on delete groups

remove all representative seqs on delete groups

treeFile = treeFile

Only discover DAS sources if panel shown

only set new layout if 2 buttons visible

Jalview features format adds links as hrefs

H key updates

OptionPane invokeLater

If no annotation exists

Set bg white

Hold onto selected region when hiding all columns only

moved visible sub-alignment extraction and update from MsaWSThread to
an AlignmentView method, refactored JPredClient to new abstraction and
added flags for canMergeResults and openResultsImmediatly to web
service gui.

javadoc

Monospace check

1 more pixel allowed between chars and graph

Keys update

control and shift

Dont set group null hideCOls

OptionPanes invokeLater

Control and alt for toggle hide

Fire alignment changed if seqs hidden / revealed

Correct title for sequence parameter applets

Sequences can be added as parameter

H key added

make annotation label font size follow alignment font size.

first stage of adapting JNet client to hidden regions and new WSClient
structure.

fixed alignment ordering name.

ensure that close widget is available for jobs that cannot be
cancelled.

Acknowledgement

Setselectiongroup null on hide

H key to hide / reveal

Add key listener to scalePanel and annotationPanel

Select revealed seqs

WRITEABLE_FORMATS and READABLE_FORMATS string []

Move features to dataset

Stockholm parser added

Stockholm parser

refactored to create generic polling thread and subjobs

2.1 updates

function to indicate job has finished but no results are available.

New file

new feature added

Stop loading must be before JOptionPane, 1.5 bug

No need to check selection group size

findSequenceMatch returns multiple sequences

Do a loop for multiple seq matches

Correct test string

multiple subjobs can be cancelled and gui only allows results when a
subjob actually completes.

fixed off by one bug in end sequence from getSubSequence and added new
subSequence method (not properly tested yet).

findingFeatures flag set

2.1 updates

2.1 updates

2.1 new files

Replaced image

Merged with edit

end<start for empty sequences in Sequence[] from SeqCigar[]

elementAt instead of get for 1.1 compatibility

fixing residue clip bug in MsaWSThread and adding minimum sequence length constraints.

fixed end-residue bug and subjob panel names bug

multiple web service jobs from visible blocks of an alignment.

Update overview on conservation/pid slider mouseRelease

alignpanel.repaint

Add links menu if no sequence is selected

popup must be added to panel before showing

param tree replaces treeFile

2.1 updates

2.1 updates

2.1 updates

2.1 updates

2.1 updates

2.1 updates

2.1 updates

2.1 updates

2.1 updates

new files

dud file

Desktop is null if -noDisplay is set

Make a new FeatureRenderer

AlignPanel.repaint

Printstacktrace

inFile might be null if PDB was pasted

Smoother drawing

Check selection size before making tree

group.getSize should be ab.alignment.getGroups

Check alAndColSel are not null

Control and shift for col selection

Reset button added

Right mouse works with cursor mode

Only add 1 feature settings table

Comment out start and end refs

1.1 compatible

file: is a URL

Invert column selection

new SequenceI method for making a sub sequence from a range on the
current sequence.