Merge branch 'develop' into Release_2_9_Branch

Conflicts:
TESTNG (now added to .gitignore)

JAL-1782 don't save TESTNG output summary to git

JAL-1725 log to sysout when listener shuts down

JAL-1742 suppress 'add chain' option for Jmol, pull up shared code for
Jmol/Chimera

JAL-1861 bugfix to allow parsing of stockholm files with missing annotations

JAL-1835 added UI for BioJSON embbeding preference

JAL-1835 made BioJSON embedding to html exports configurable, and trapped import of html files without BioJSON

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1834 added tooltip to the PDB sequence fetcher and structure chooser summary tables

JAL-1833 modified tooltip to force wraping of long texts without spaces

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1800 separated SearchResults.getCharacters() from toString()

JAL-1270 testIsMappable added

JAL-1805 corrected javadoc only

merge

JAL-1832 improvement to enable result update only when displayed column configuration is updated

JAL-1829 JAL-1830 refactoring for correct mapping (de-)registration

JAL-1800 smarter matching when following mouseover of sequence

JAL-1691 scan full width and depth of alignment for smoother scrolling

JAL-1800 SearchResults.equals() to allow smarter mouseover of codons

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1551 updated to reflect changes to Eclipse preferences settings

JAL-1551 properties sorted (unchanged) for ease of comparison with
org.eclipse.jdt.core.prefs

JAL-1831 update all maxItems annotation to the max value for a 32-bit signed binary integer - 2147483674

merge

JAL-1831 added changes to allow auto-generation of BioJSON schema from src code

JAL-1826 bug fix to select pdb sequence fetcher via enter key

JAL-1641 added type to BioJSON sequence object and modified seqsHash to sequenceRefs in for the sequence group object

JAL-1641 updated json help doc

merge

add ability to launch jalview from exported html + svg file. Abstracted Jalview build details so that jalview version can be obtained dynmaicaly from JSONFile class.

JAL-1645 updated final release date for version 2.9

Merge branch 'release/2_9_documentation' into develop

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1516 indent multiple annotation parameters on new lines

JAL-736 relocate group associated conservation symbols to alignment column position

JAL-736 source formatting

JAL-1486 fixed flatfile output of visible region for consensus sequence

JAL-1824 updated caching procedure for pdb entries. Also refactored getPDBEntry method in SequenceI to getAllPDBEntries as it returns a collection of all available PDBEntry

merge

JAL-1824 corrected copy'n'paste error introduced from JAL-1821 refactor which causes the IndexOutOfBoundException

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1821 formatting

JAL-1821 launch the structure view in a separate thread to avoid blocking the UI

JAL-1822 create dataset sequences if they aren’t already created before checking for cDNA/protein mapping
note JAL-407 - should really search for copies of the nucleotides in the local dataset and merge rather than create new ones willynilly!

JAL-1821 JAL-1759 make sure we wait around until the current script has finished before starting superposition

JAL-1821 patch for completeness - first model number is zero

JAL-1816 fixed bug in identify file preventing it from identifying a Fasta file containing a right angle bracket in its annotation

JAL-1821 updated implementation of launchStructureViewer method to use currently selected sequences instead of trying to collate them from the viewport (as suggested by Jim)

updated the reference sequence column of cached structure  summary table to hold the actual object

JAL-1788 updated biojson docs

JAL-1821 updated the reference sequence column of structure chooser summary table to hold the actual object

JAL-1821 JAL-1759 reinstate rotation speed configuration - parameter has some effect in 14.2

JAL-1821 JAL-1759 updated Jmol has different model behaviour - select model * to show all models. Need to check behaviour with multimodel files


JAL-1821 avoid race condition when multiple structures loaded in Jmol where getFiles() returns {null} and waitUntilLoad times out rather than performs superposition

JAL-1443 modified exception notifications

JAL-1710 filtered colons(:) from structure chooser query as it conflicts with solr queries and results in exceptions

JAL-1821 discarded sequence name truncation in summary table

Merge branch 'features/JAL-1759jmolUpdate' into develop
updates from revisions due to JAL-1805

JAL-1759 formatting


JAL-1759 reinstate changes from bdfde6ef989da0702cef90f03858f0f30e0bc83a
 lost during merge.

JAL-1759 formatting

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge branch 'task/JAL-1794_jettyExamplesServer' into develop

Resolved merge conflict in EdtiCommandTest.java

JAL-1805 modified test setup's so the are ran for groups which requires them

JAL-1819 Test cases for Identify file

Merge branch 'bug/JAL-1819_isNaN' into Release_2_9_Branch

Merge branch 'bug/JAL-1819_isNaN' into develop

JAL-1819 commented out debugging message to stderr

JAL-1551 JAL-1819 formatting/imports

JAL-1819 use Float.isNaN() to check for NaNs!

JAL-1805 add group spec to the BeforeMethod setup - updated the TESTNG entry to show improvement.

JAL-1782 added summary test report for Release_2_9_Branch - Functional tests only

JAL-1782 added summary test report for Release_2_9_Branch - Functional tests only

Merge branch 'develop' into Release_2_9_Branch

JAL-1667 JAL-1668 JAL-1553 help docs update

Merge

JAL-1443 bugfix to prevent loading of unidentifiable gibberish data

Merge branch 'ismb/2015_demo' into develop

revision for JAL-1749 - ensure view 2D structure menu is removed when no structures are available

fix for JAL-1776 renamed popup menu entry

updated version info in seqfetch.html

JAL-1553 reviewed & updated docs

JAL-1667 JAL-1668 updated reviewed and updated docs

JAL-1788 updated docs

JAL-1813 only pair up A-Z with a-z if annotation is RNA

JAL-1769 updated test data

JAL-1788 added help documentation for biojson

JAL-1759 corrected jmol applet lib name

JAL-1759 code fix to enable testng ant task compile and run

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1769 increased timeout period for eps generation

JAL-1806 bug fix to loop through the entire data file to check for a html or rnaml tag when the data file starts with <

JAL-1769 added test for commandline input operations

JAL-1759 merge from develop

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1598 replaced faulty regex, amended Varna call, to get pseudo-knots

JAL-1641 biojson documentation with docson

JAL-1769 fixed output to jalview (.jpv) file in headless mode. Initial cause of failure: NPE while trying to save varna viewers (Desktop.destop is null in headless mode)