JAL-1483 patches to make test case pass: hamming distance counts differences in presence across all features currently displayed on alignment

JAL-1483 basic test of sequence similarity score model (also gives the refactored sequence feature components a workout)

JAL-1483 source formatting

JAL-1483 refactor NJTree constructor to allow preconfigured scoremodel to be passed in with alignment view

JAL-1483 register feature similarity model

JAL-1483 null features not displayed

JAL-1483 check dataset for features if none found on local sequence

JAL-1483 organise imports

JAL-1483 making type visible also adds it to registry

Merge: 497958b 68dcaa7
(fake synthesised by jbp)

Merge branch 'develop' into JAL-1483_29dev
Conflicts:
       src/jalview/api/AlignmentViewPanel.java
       src/jalview/appletgui/SeqPanel.java
       src/jalview/gui/AlignFrame.java
       src/jalview/gui/AlignViewport.java
       src/jalview/gui/AnnotationExporter.java
       src/jalview/gui/FeatureRenderer.java
       src/jalview/gui/FeatureSettings.java
       src/jalview/gui/Jalview2XML.java
       src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java
       src/jalview/gui/PopupMenu.java
       src/jalview/gui/SeqPanel.java

Merge branch 'develop' into JAL-1483_featureBasedTreeCalc

Conflicts:
src/jalview/api/AlignViewportI.java
src/jalview/appletgui/FeatureRenderer.java
src/jalview/gui/FeatureRenderer.java
src/jalview/gui/Jalview2XML.java
src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java
src/jalview/ws/AWSThread.java

Merge branch 'features/JAL-1469_svg-output-for-figure-export' into develop

Conflicts:
.classpath
.gitignore
src/jalview/gui/AlignmentPanel.java
src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java

JAL-1469 added jfreesvg to desktop dependencies

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

merge

JAL-1528 new Preference CHIMERA_PATH (Preferences | Structure)

JAL-1528 Chimera tidy errors, focus after align, close option

house-keeping

Added support for SVG Export

JAL-1528 bug fixes and adjustments to Chimera interface

Merge branch 'features/JAL-1541_BioJsMSAViewer-export-option' into develop

JAL-1541 exclude all unnecessary jalview.io classes from applet build

Merge branch 'features/JAL-1541_BioJsMSAViewer-export-option' into develop

Merge branch 'develop' into features/JAL-1541_BioJsMSAViewer-export-option

Merge branch 'features/typed_annotations_calcId' into develop

JAL-974 fix class contamination for jalviewLite build

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

Merge branch 'features/typed_annotations_calcId' into develop

javadoc

JAL-674 use the getMapping/transfer to transfer annotation when creating a mapping to a sequence

JAL-674 patch broken getMapping function

JAL-674 switch from .transfer to .liftOver for transfer of annotation

JAL-674 note about broken .transfer method (expect this to disappear in future!)

JAL-674 javadoc

JAL-674 new tests and deprecated tests for PDB mapping to sequence code

Excluded HtmlFile.java dependencies from AppletFomatAdapter

JAL-1541 added Jsoup to the InstallAnywhere config

JAL-1541 added Jsoup to the InstallAnywhere config

JAL-1541 added Jsoup to the InstallAnywhere config

mearge with develop

JAL-1541 added Jsoup to the InstallAnywhere config

Modified biojs exporter/importer to preserve SequenceFeatures during a write/read operation

JAL-1527 opening a project saved with JMol should use JMol (disregard
viewer preference).

Updated BioJsTemplate to not show the menu by default and implemented a toggle button for the menu, also the LableId was disabled by default

Modified BioJsHTMLOutput.java to clean up and close used resources properly

Modified BioJsHTMLOutput.java to use class loader while loading BioJsTemplate file

Changes from JAL-1541 patch

Updated BioJs Html to be capable of launching jalivew

Merge branch 'features/JAL-1152annotationSorting' into features/typed_annotations_calcId

Merge branch 'features/JAL-1541_BioJsMSAViewer-export-option' into develop

JAL-1152 use a proper RadioButton not a faked one

JAL-674 Prefences tweaks incl help documentation for Structure tab

JAL-1152 new Structure tab on Preferences for SS derivation / annotation

JAL-1152 help updates for Preferences

JAL-1152 annotation sort algorithm optimisation

JAL-1213 normalise sequence extracted from Jmol in same way as MCview

JAL-1213 test to ensure JMol extracted sequences are same as MCView

Merge branch 'features/JAL-1152annotationSorting' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into features/JAL-1152annotationSorting

JAL-1152 annotation sorting preferences and help documentation

Merge branch 'develop' into features/JAL-1152annotationSorting

Merge branch 'bug/JAL-1250_redundance-removal' into develop

Merge branch 'develop' into features/JAL-1152annotationSorting

Merge branch 'features/ssFromPDBEntry' into develop

JAL-795 JAL-674 tweaked logic to avoid black annotation shading and hard-wire secondary structure colours when no custom colours available

fix for JAL-1579 create threshold object for annotation rows that match shading pattern but do not have threshold objects as yet (nb - side effect is that cancel leaves old threshold lines on these annotation)

JAL-1578 test property accessors/copy constructor

JAL-1578 JAL-674 store/restore alignment annotation properties in Jalview 2.8.2 project (allows the Annotated PDB file import/export to project/import test to pass)

JAL-1578 formatting and imports

JAL-674 peptide structure input so test is not dependent on network

JAL-1551 formatting

JAL-674 JAL-961 JAL-1578 accessors and copy constructor for annotation row properties

javadoc

JAL-1152 bug fix for 'no sort' case + tests for autocalc placement

JAL-1152 menu tweaks plus new option to put Autocalc at top or below.

JAL-674 JAL-961 pass row reference to handler to check calcId and any specific properties (e.g. originating PDB ID for the row data)

JAL-674 JAL-961 properties to stash additional information for an alignment annotation row

added jsoup lib to class path

JAL-1541 upadated BioJs emmitter to store alignment data as json

Merge branch 'develop' into features/ssFromPDBEntry

JAL-674 hang on to sequences created by secondary parsiing process to manage transfer of annotation

JAL-674 count number of annotation transferred in test

JAL-1152 with sticky annotation sort order that updates as sequences are
moved up or down

JAL-674 propagate annotation onto mapped sequence and its dataset sequence

JAL-674 register PDB IDs when ever they are resolved on file IO

JAL-674 use PDB ID<>File registry to look up correct ID for PDB file derived annotation on a mapped sequence

JAL-674 return original and replacement sequences and the alignment to allow more processing if needed

JAL-674 helpful javadoc for remap method

JAL-674 flag and proxy method to distinguish setMapping calls which create a mapping for a displayed structure and those which transfer annotation

JAL-674 map on StructureSelectionManager to record PDB IDs extracted/assigned to PDB files

patch for JAL-795 - use base secondary structure colour if no colour defined on annotation row element

JAL-674 patch test to verify presence of annotation on the sequence associated with the PDB file

JAL-1551 format and tidy

JAL-1152 prototype of new Annotations menu with sort options

JAL-353 updated patch for undo successive remove redundant sequence

Modified biojs template file

JAL-1541 BioJs MSA Viewer export option implementation

JAL-353 updated patch for undo successive remove redundant sequences

JAL-1264 JAL-674 test to exercise the AlignmentAnnotation.remap method via
the jalview.structure.StructureMapping.transfer method

JAL-1264 JAL-674 method to copy annotation on structure positions to associated sequence positions

JAL-674 JAL-1264 remap method to allow annotation positions to be updated from simple int-pair arrays (like those used in the StructureManager mappings)