running jalview from the command line.

added command line help documentation and preferences help to
contents. Documented SHOW_OVERVIEW property in preferences.

added 'show overview' preference.

fix on newquestionaire notification bug (again)

formatted

restore unformatted state

Formatting

formatting

Extend annotation if too short

reload, just close this frame and open a new one

2.2.1 changes

removed

hardwired default user questionnaire url and by default will always check for a questionnaire when running with gui.

more bugfixes.

2.2.1 updates

Dont add null description to tooltip

Applet params cant read tab character

Allow for frame insets

Format label

debug log message

simplified and refactored along with cgi-script.

Alignment editing columns 0 and 1 fixed

command line hook for questionnaire url argument.

kkv change

client side machinery for user questionnaire responses

Fixed bug in trim right annotation adjust

stop flickering annotationPanel

Fixed bug in trim right annotation adjust

image is panel size

applet can define groups as parameters

Dont add group if seqs not found

getWidth -1 for trim right

check annotation size when cutting

annotation might have been deleted

catch control down before editing null pointer

22 = scrollbar and insets widthcvs diff gui/AlignmentPanel.java

Must allow for scollbar and frame insets when getting headless width

LookandFeel must be set in headless state as window sizes will be affected

removed deprecated bits

find colours uncommented

sequence.getStart() in findTrueIndex

get fontmetrics from pg

Dont add null tooltip

New description

tooltips

set description for groups

Doesnt move with mouse, friendlier for mac users

Dont repaint tooltip

One class for edit name/description

slightly larger window edit name/desc

edit annotation name/description

Can edit annotation name/description

Consensus, conservation, quality labels may have changed

aligned not used

Dont export annotations if not visible

Unique name for new group and treegroup

Adjust features when cutting and pasting

make new dataset seq if residues deleted

copy feature: check for null values

aligned not used

Check valid residues in ss

Check seqs in group exist in this alignment

Any character non aa or nucleotide is a space

moved painting routine

consensusColouring never used

Draw helices correctly

Use util toHexString

Output groups in annotation file

Dont clear graphics g before drawing the image

Image for labels, stops flickering

New view copies annotations across

Tooltips for group names, descriptions

Description added

SequenceGroup parsing added to annotation file

ID_ITALICS option in preferences

scaleAbove, left and right set when tab selection changes

Marios annotation bug fixed

AnnotationId is hashcode of object

Only set the sequence oncecvs diff datamodel/Alignment.java

Adjusts annotations for sequence edits

If its null, set tip empty

preliminary documentation for DNA->protein codon features and EMBL coding region parsing

added doc for PDBResNum features

Command takes alignment, not gapChar

Annotations move when full alignment edited

Annotation adjustment moved to EditCommand

Remove unneccessary lines

AlignmentAnnotations require id

Allow for hidden columns

Only output visible annotations

load/get Annotation

Remove unnecessary line

Output annotations

1.1 enabled

reinstating class implementation.

checks for irreflexive mapping in main tester

Conservation etc have autoCalculated flag set true

AdjustAnnotations needs position, number and insert

This constructor is never called

Features output for javascript