add/remove updated

Column selection changed

REmove commented out lines

allow for fastpaint

add / remove editable columns

Tooltip changed

first jalarchive entry.

change name of uniprot file

add version

remove system.out

de-os-specificised some bits. Commented the file association entries
in jnlp for the moment.

removes jarsign.

help file bits.

pad-1 gaps fixed.

slight modification to srs query so it takes both uniprot accessions and names

Arbitrary decision to keep friendly id name when reading in uniprot headered fastA files.

update conservation colours after edit

ToolTip updated

add value to conservation mouseover

if seq is null, dont check pdb

mouse pressed moved to mouseclicked

Deselect sets annotationPanel activeres null

reset if clustalX colouring

Dont delete nextSeq

PaintRefresher must be sent alignment

super.paintComponent

Set background colour of applet RGB

protected now public

Double click to launch file browser

tooltips instant (hopefully)

No spaces allowed in sequence name

Load/Save trees

Returns TreePanel when opening Newick

Saves trees

null pointer fix.

uses paintrefresher

clustal probs

quit saves screen size

Updates checkboxes on load

PaintRefresh changed

protected now public

Quit actionPerformed

Get colourScheme with seqs and width

SeqFetcher modified

remove imports

Fastpaint is false initially

latest

added logs.Castor.level

added castor logger configuration.

Remove imports

set conservation/consensus in constructor

removed exception name from server error state (to not alarm the casual user).

removed

deleted

moved from lib

for obfuscating

needed for applet search

Build Applet added

Monospaced

Warn if Textarea limit has been reached

replace space

group recalc conserve

recalc group conserve

if missing forward slash

Recalc accelerated

style change.

heading

punctuation (sorry ;-)

grammar.

unterminated ul

nicer help.

Sets sequence features

spelling

Spelling

Formatted source

GPL

GPL license added

*** empty log message ***

Add email to about

more truthful comment.

quickie  build instructions.

very basic code convention. no licensing/stripping yet.

better code convention name

jalopy is used for sourcescrub target of build.xml (sourcescrub is not
a standard target name;-)

removed signature for this jar

loads of changes. Jalopy source formatting, better WS client build (but still not automatic) and jar building (still not optimised yet).

added a couple of debug statements for unix browser launching problems.

closes if accepted

made error for browser configuration on unix a bit easier to see.

firefox now default for unixen.

more subtle rearrangements

Reinstated 'create tree from selected region only' with better indication that only part of an alignment was used to calculate the tree.

tidied the exceptions and ws server error behaviour

Menus

new

*** empty log message ***

Warn if URL not found

Cut and paste changed

Reverse order for windows, readin from url

startup file is jalview.org