Move start and end before parsing name

Hide vamsas settings for build

Now outputs features and groups, and wrapped alignment limits

Optimized Overview

Use stringbuffer, not string+

Remove system.out

Highlight doesnt use offset

Don't initialise a char in findIndex

Don't set chain colours in hashtable

Highlight from alignment

No more myAtom, Highlight from alignment

no need for myAtom

Parsing updates

Not used

Keep all public methods

No radio buttons in applet

Dont use this yet

Dont use myGraphics

Removed

Graphical bits moved into files to save jar size

Removed to reduce jar size

Modifications for Applet PDB viewer

Add getAlignment function

Modifications for Applet PDB

Fix bug where all chains are called A

Applet PDB viewer

Catch exceptions

Use shortname

getShortName

findByShortName

Dont add sequence group at the moment

No new PDBViewer

Last chance, is the sequence without id?

SequenceFetcher new class

AddPdbEntry added

PNG and EPS in ImageMaker

Allow featuresettings to be enabled on load

Add mousewheel listener

REmove system.out

AlignSeq takes printstream as arg

Add mapping details to stringbuffer

OnlyAddPDBEntries

Set PDBViewer

Use Antialiasing

PDB implementation updated

If selectionGroup is null, return

Return accurate RGB for transparent residues

Make cancelled public variable

getDbRef

Get and set PDBEntrys

PDB is now PDBEntry

Use StringBUffer instead of String

Colour PDB by sequence

PDM mapping

Rot Canvas replaced with PDBViewer

Mapping to PDB added

jalview mapping

Preliminary storeJalview

getVersion added for Castor mapping

Id parsing moved to Sequence

REmove system.out

Show full id

Display full id in trees

Use visible id for sorting

Load and save Feature Colour Settings

Java 1.5 bug note

Allow residue prefix to dataset

Only add first Id to suggestedIds

Add jvsuffix and dbref to menu

2CdbPrefix true by default

Output jvsuffix, dbref

Inform user about visual alignment, not dataset updates

Wrap long description in table

dataset reference propagated to new MsaWS alignment.

stores reference to dataset sequence if present

Label changes

Show JVSuffix

disulfide bond exceptions

trivial change ("" to new String() in static method)

New schema, new objects

Adjust seq limits for visual and dataset sequences

dbPrefix and jvsuffix added

getDisplayId changed

jalviewClipboard added

Display only selected features

DBPrefix and JVSuffix added

FeatureRenderer doenst use groups

Sequence.getDatasetSequence().getFeatures

Use fontmetrics to tidy up display

Prompt before blasting

equalsIgnoreCase CLUSTAL

Catch numberformatexceptions

Accession and name unbounded

DisplayId can be dbref and or jvsuffix

Find by displayid not used

name and accession are unbounded

fixed exception thrown when msa web service is applied to alignment with sequence features.

Castor generated

Disable featuresettings

Moved vector features