Merge remote-tracking branch 'origin/tasks/JAL-3070_wsinterfaces' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3066 change service type naming to avoid menu entry duplication.

JAL-3070 set calcId and autocalculated flags for annotation returned by the service

Merge branch 'tasks/JAL-3070_wsinterfaces' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3070 registerWorker start its thread automatically, so don’t also call startWorker !

JAL-3070 use object identity equivalence for lists of workers and Cache.log.debug messages

JAL-3066 Read parameters directly from args list allowing for multiple values.

Update slivka-client library: multiple form field values.

JAL-3066 Fix log files retrieval.

Jal-3066 Retrieve job log and error log from the server.

Revert "JAL-3070 JAL-3066 fix initialisation of slivka ServiceWithParameters"

This reverts commit daa1765ab2101480a724b92a3f3e7dee662ba943.

JAL-3066 AACon: pass the instance name of the service to the alignment analysis UI

JAL-3066 Check if annotation and features are present before fetching

Merge remote-tracking branch 'origin/tasks/JAL-3070_wsinterfaces' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3066 report job ID when submitted

JAL-3066 debug info: check response when adding features and annotation

JAL-3066 JAL-3070 AACon: pass the name of the service to the alignment analysis UI

JAL-3066 hack to instantiate the correct client according to slivka service annotation. NEEDS ROBUST TESTING!

JAL-3070 jaba/slivka independent tests for disorder and AACon services

JAL-3070 JAL-3066 provide standard concrete instances for instantaneous analysis UI settings container

JAL-3070 JAL-3066 fix initialisation of slivka ServiceWithParameters

JAL-3070 use identity equivalence for workers rather than relying on equals not being overridden to detect their presence.

JAL-3070 formatting

Merge remote-tracking branch 'origin/tasks/JAL-3070_wsinterfaces' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3070 reinstate the internal test service URL for Slivka-bio

JAL-3070 test jabaws and slivka AACon service functionality

JAL-3070 slivka service discovery as a background thread - still need to unify Jabaws & slivka discoverer patterns

JAL-3070 basic AACon service functionality test

JAL-3070 alignment analysis service worker UI and settings management refactored from Jws2/JABAWS specific classes

JAL-3070 call checkDone() ASAP to avoid race condition for threads watching state of the calculation manager (e.g. in tests)

JAL-3070 decouple WsMenuEntryProviderI code from JABAWS

JAL-3070 reorganise prior to refactor

JAL-3070 make AlignCalcUI service code work only with instances of ServiceWithParameters

JAL-3070 discoverers return ServiceWithParameter, now containing logic and call code for MsaWSClient or SequenceAnnotationWSClient.attachWSMenuEntry

JAL-3070 decontaminate the ‘preferred service’ methods for instantaneous alignment analysis service GUI

JAL-3070 JAL-3062 tidy up slivka ws menu builder and add in AACons style service UI

JAL-3070 detect failed/broken annotation web service jobs using generic JWS2 job state flag processing logic

JAL-3070 pull up generic methods for an automatic alignment analysis web service calculation

JAL-3070 TODO

JAL-3066 Sequence annotation services.

JAL-3066 Automatically discoverable Protein sequence analysis services

Merge remote-tracking branch 'origin/tasks/JAL-3070_wsinterfaces' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3070 oops - refactor Slivka’s service stub too :)

JAL-3070 JAL-3066 JAL-3067 refactor annotation web service so client is passed sequences as input, and an alignment object containing result sequences to be annotated.

JAL-3070 JAL-3066 JAL-2808 allow feature filter definition via FeatureSettingsModelI

JAL-3070 allow SequenceI.findPositions(0,column+1) to return range between 1 and column+1

JAL-3070 cope when dataset sequence is passed

JAL-3070 JAL-3066 formatting

JAL-3070 JAL-3066 AlignmentI.findOrAddAnnotation(AlignmentAnnotation ala) - calls copy constructor or the AlignmentAnnotation.updateAlignmentAnnotationFrom method to sync alignment annotation with annotation generated by a service

JAL-3070 tidying

JAL-3066 JAL-3070 pull up non-jabaws specific service descriptor components for annotation style web services

JAL-3066 Annotation Service Instance stub

SlivkaWSDiscoverer formatting fix

JAL-3066 Move common web service methods to abstract SlivkaWSInstance

ServiceWithParameters and JalviewWebService overriden methods would be common to both Msa and Annotation services thus they are moved to the common abstract base class.

Merge branch 'tasks/JAL-3070_wsinterfaces' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3070 configure annotation service manager from service’s input validation flags

JAL-3070 rename AbstractJabaCalcWorker to SeqAnnotationServiceCalcWorker

JAL-3070 ensure RNAAliFold annotation rows display correctly

JAL-3070 formatting

JAL-3070 detect presence of existing JABA RNAAliFold client

JAL-3070 match AbstractJabaCalcWorker’s annotation service interface with class from the aaui field to enable/disable tick box

JAL-3070 javadoc for (mostly) jabaws specific methods

JAL-3070 rough-and-ready refactor of JABA SequenceAnnotation style services - needs some review and refinement

JAL-3070 JAL-1379 deferred work on annotation based on JABAWS MSA service (e.g. Jpred3 Jabaws 2.1 deprecated service)

JAL-3070 JAL-2507 fix up test output and honour the ‘ignoreFeatures’ flag when testing alignment equivalence (this broke disorderAnnotExportImport tests)

JAL-3066 Auto discover multiple sequence alignment services

JAL-3432 hide the slider when validator has no min or max

Set the initial value of the choice field to the default value.

Add the remaining msa services to the Discoverer

Change choice field to use dropbox instead of radio buttons.

Create generic msa service instance

Merge remote-tracking branch 'origin/alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3066 Working custom parameters for clustalo

JAL-3066 fix compile error (@matesuz - this will conflict :) )

JAL_1426 JAL-3066 update Apache James mime parser and fix deprecation warnings with HttpMultiPartEntity


JAL-1426 Replacing old apache-http jars.

JAL-3066 Implement clustaloWS using slivka system.

JAL-3362 keep Java 1.8 build happy by specifying generic type arguments

Merge branch 'alpha/JAL-3362_Jalview_212_alpha' into merge-212

JAL-3187 removal of variant feature (non-virtual) transfer to protein

JAL-3187 (fudge) look in both alignments for stored mappings

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3187linkedFeatures

JAL-3389 add .py to restored Chimera session filename so it opens!

Merge branch 'bug/JAL-3388structureChooserSorting' into develop

JAL-3198 more efficient Sequence.getDisplayId()

JAL-3388 correct class for column 0 Ref Sequence

JAL-3386 correct wrapped width calculation for headless image export

JAL-3377 more reused of SeqCanvas.computeWrappedGeometry

JAL-3377 add seq-annotations gap to cheight not to hgap

JAL-3377 Javadoc added for getWrappedHeight()

JAL-3377 corrected wrapped widths height for IdCanvas

JAL-3377 include seq-annotation spacing in getWrappedHeight()

Merge branch 'features/JAL-3375vcfValidation' into
feature/JAL-3187linkedFeatures

Conflicts:
src/jalview/io/vcf/VCFLoader.java
test/jalview/io/vcf/VCFLoaderTest.java

JAL-1793 only decode specific special characters in VCF data

JAL-3376 capture VCF POS, ID, QUAL, FILTER as feature attributes

JAL-3375 format validate VCF Integer and Float fields

JAL-3375 ignore '.' values for VCF data

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3187linkedFeatures

JAL-2987 tolerate null double values when formatting JTable

Merge branch 'merge/JAL-3285_mchmmer_with_211_develop' into alpha/JAL-3362_Jalview_212_alpha