javadoc and refactor of setWebService method to allow headless client operation

todo for refactoring webservice GUI creation mechanism

javadoc for webservice client tutorial

todos

javadoc and quiet flag

fix JPred thread so job aborts if submission fails.

quick fix for conservation calculation when residue ambiguity codes are used.

bug fix for Features/Annotations file parameter parsing in JalviewLite reported and fixed by Daron Standley and Reiko Yamashita. Also enhanced Jmol to allow  it to be used to view PDB files retrieved via Classloader in the Applet

first hack to get true DNA and Sequence highlighting from Structure mouseovers

correction to Jnet service documentation

sequenceId is a string, not an integer - allows generation of unlimited unique sequential sequence Ids

sequenceId is a string, not an integer - allows generation of unlimited unique sequential sequence Ids

sequenceId is a string, not an integer - allows generation of unlimited unique sequential sequence Ids

valid format for writing test

probably unnecessary optimisation (SequenceGroup.addSequence is probably rate limiting step here)

On 'save' menu entry check to see if fileformat is a valid output format and open save as dialog if it isn't.

CDS segment index

possible fix for stockhom ss-annotation re-creation after it is saved to Jalview project

index number for contiguous part of mapped sequence feature

javadoc

typo for AXISLOGLEVEL  constant

explicit quote of chaincode in errror message

minor change to output of main method for testing file IO

groovy from stdin

memory usage information and flag to indicate if warning dialog boxes should be raised when problems occur.

add methods to read from current position of existing fileParse object.

ensure mark is set before identification is started.

FileParse object can be re-used to read different files concatenated together

flag to indicate if errors are raised as warning dialog boxes or not.

explicitly allow access to showMemoryUsage flag in myDesktopPane

javadoc

groovy scripts can be read from stdin

reinstated proper case insensitive searching for both upper and lower case

timings and memory usage for reading in a file

more efficient parsing of large files, do not create sequence features from GR annotation positions with '.'

ensured that seqeunce feature shift takes into account start position difference w.r.t. db seqeunce

new method to get map of sequence positions corresponding to alignment columns

fix regex for annotation subtype to use non-whitespace presence rather than word boundary tokens

javadoc and main method for testing file input routines

javadoc

draft of 2.4 features in feature list

added groovy documentation to contents

jalview memory monitor instructions added

desktop tools menu updated

groovy and das fetching stuff in command line argument list

documentation  for groovy console and basic groovy scripting support

added groovy argument for launching a groovy script from the command line

memory monitor, garbage collection and changed menu item for groovy console opening

uniprotxml format comment (ebi changed service parameter)

source directory tree documentation

automatic dbref fetching and sequence validation for arbitrary databases

further bugfix and annotation transfer for dna/protein (still issues with non-codon translation mapping generation)

javadoc and bugfix

sequence db fetcher and db reference validation/annotation transfer

sequence db fetcher metadata for multiple sequence fetch capacity

temporary bugfix ?

bugfix

equivalence for transferring/updating references

bugfixes

incorrect colour-by-sequence when gaps are present in alignment sequence and pdb-sequence mapping start>1

java 1.1 compatibility (again)

java 1.1 compatibility (again)

null pointer bugfix

bugfixed MapList (must be propagated to vamsas version of this class)

javadoc and transferAnnotation method

case insensitive matching of database ids

case invariant matching of seqeunce feature to sequence id string

bugfix

only show bootstrap values if they are valid!

typo

javadoc

added generic method for adding new database proxies by reflection on instance.

refactored ebi soap client and AbstractSequenceFetcher machinery to their own packages.

todo for sortbyPID operating on current selection rather than all alignment

javadoc

refactor abstract sequence fetching and DBSource machinery to their own package

crossrefs have properly updated pdbId lists

javadoc and introduction of dasserver and fetchdas command line arguments.

added mechanism to initiate DAS feature fetching programmatically from jalview.bin.Jalview. Various thread safe gui update issues and javadoc.

public access to static getAlignFrames method.

public method to indicate if there are progress bars active on this alignment window

publicly accessible flag to indicate if a registry query thread is in progress

bugfix for occasional race condition causing exception in swing method for retrieving all desktop windows

comments

begun adding string constants for source properties

javadoc

end must be greater than blockstart

initialise treeCanvas before starting loading thread

fix accidental breakage of annotation panel redraw on horizontal slide

attempt to make fastPaint method thread safe

refactored syncing of alignment sequences - still buggy

vamsas connects and updates are threaded with a progress bar.

updated build with requesttoclose event being raised (more) correctly

javadoc

rejiggered loadDataFile and parseFeatureFile so JNet annotation parsing is attempted before feature file parsing (avoids additional exception reports on stderr)

added bugfix todo

concise files can now be read as a normal alignment, and will be displayed with annotation. See javadoc for usage notes.

added a quieter bailout for cases when the featuresFile is really not going to manage to parse the file - consider revoking this in the future if it hinders debugging of features file input to jalview

factored out reference to parent alignFrame (so all views can be closed whilst a job is in progress)

beginnings of view definition capability for annotations file