added groovy documentation to contents

jalview memory monitor instructions added

desktop tools menu updated

groovy and das fetching stuff in command line argument list

documentation  for groovy console and basic groovy scripting support

added groovy argument for launching a groovy script from the command line

memory monitor, garbage collection and changed menu item for groovy console opening

uniprotxml format comment (ebi changed service parameter)

source directory tree documentation

automatic dbref fetching and sequence validation for arbitrary databases

further bugfix and annotation transfer for dna/protein (still issues with non-codon translation mapping generation)

javadoc and bugfix

sequence db fetcher and db reference validation/annotation transfer

sequence db fetcher metadata for multiple sequence fetch capacity

temporary bugfix ?

bugfix

equivalence for transferring/updating references

bugfixes

incorrect colour-by-sequence when gaps are present in alignment sequence and pdb-sequence mapping start>1

java 1.1 compatibility (again)

java 1.1 compatibility (again)

null pointer bugfix

bugfixed MapList (must be propagated to vamsas version of this class)

javadoc and transferAnnotation method

case insensitive matching of database ids

case invariant matching of seqeunce feature to sequence id string

bugfix

only show bootstrap values if they are valid!

typo

javadoc

added generic method for adding new database proxies by reflection on instance.

refactored ebi soap client and AbstractSequenceFetcher machinery to their own packages.

todo for sortbyPID operating on current selection rather than all alignment

javadoc

refactor abstract sequence fetching and DBSource machinery to their own package

crossrefs have properly updated pdbId lists

javadoc and introduction of dasserver and fetchdas command line arguments.

added mechanism to initiate DAS feature fetching programmatically from jalview.bin.Jalview. Various thread safe gui update issues and javadoc.

public access to static getAlignFrames method.

public method to indicate if there are progress bars active on this alignment window

publicly accessible flag to indicate if a registry query thread is in progress

bugfix for occasional race condition causing exception in swing method for retrieving all desktop windows

comments

begun adding string constants for source properties

javadoc

end must be greater than blockstart

initialise treeCanvas before starting loading thread

fix accidental breakage of annotation panel redraw on horizontal slide

attempt to make fastPaint method thread safe

refactored syncing of alignment sequences - still buggy

vamsas connects and updates are threaded with a progress bar.

updated build with requesttoclose event being raised (more) correctly

javadoc

rejiggered loadDataFile and parseFeatureFile so JNet annotation parsing is attempted before feature file parsing (avoids additional exception reports on stderr)

added bugfix todo

concise files can now be read as a normal alignment, and will be displayed with annotation. See javadoc for usage notes.

added a quieter bailout for cases when the featuresFile is really not going to manage to parse the file - consider revoking this in the future if it hinders debugging of features file input to jalview

factored out reference to parent alignFrame (so all views can be closed whilst a job is in progress)

beginnings of view definition capability for annotations file

javadoc

error message associated with an alignment file loading failure is passed back to user (finally!)

introduce new type to pass around featureRendererSettings

nullpointer bug fix on consensus thread

javadoc on webservice discovery method

fix parsing of embl entries like S75919 which have feature properties with no values

bugfix for alignments without aligned codon frames

begin process of allowing for column selection in wrapped mode.

fix display of hidden sequence markers in applet

must do any modification to menus before they are embedded onto a panel.

new option on annotation export dialog box

enabled platform dependent embedding of menuBar with EmbmenuFrame

windowclose handler now calls EmbmenuFrame garbage collector.

fixed bootstrap value rendering to occur only when non-negative bootstrap is attached to node.

refactored embedded menu machinery

add mac dependent use of embedded menu bar rather than AWT toolbar for the non-embedded applet alignframe windows

use new utility class for platform info

new applet and application utility class for platform information

fixed applet API calls so they operate on the embedded applet instance if no other views have input focus.

updated client which allows XML validation flags to be controlled (to ensure that application only writes a valid document back to the session)

thread for product retrieval

ensure PDB ids are updated on the dataset sequence

individual query error/exception report and bugfix

add parsed PDB reference to sequences

null pointer exception and warning for update of tree

javadoc

test autobuild of release

contains java properties read by ant build automation

file containing the cvs tag for the latest release

new features or newly shown group features are placed at top of feature stack

added separator parameter with default of '|' to control the list separator to use, and better debug output.

remove conflict on javascript api

javac.debug passed through to applet build to preserve line numbers when obfuscation is not performed.

static debug flag controlling output of excessive info. showfeaturegroups and hidefeaturegroups parameters.

pass up the errormessage in the exception when a datasource is not readable.

jnlp amsa extension and donotobfuscate property conditional for jalviewLite build

featureGroup show/hide and newView methods for applet's javascript API

selected region output also supports generation of annotations

refactored list of file extensions and file format descriptions

edit label/displayChar contains existing character(s) of sites to be edited

refactored invertColumnSelection as an object method