JAL-3829 make sure structure data type reflects actual format identified

JAL-3829 store 3db metadata on PDBEntry so it can be shown in Cache/etc

JAL-3829 allow PDBEntry with file and ID with mismatching case to override one without a file

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons

JAL-3079 JAL-3055 remember to reset font transform after rendering logo

JAL-2226 transfer chain annotation when calcId, label and description are distinct - so annotations from multiple chains and structures are all shown.

JAL-2226 new method to search for annotation matching particular description as well as calcId and label

JAL-3829 belt and braces check to make sure there is a pdbe response available to join records from

JAL-3779 Added to documentation

JAL-3779 apply properties to all groups with given name, not just first

JAL-3774 combined changes from bug/JAL-3774_splitFrameFinder: i) fixed focus Finder from split frame. ii) missing i18n added, overlong translation shortened. iii) better translation.

JAL-3739 (combined) commits from feature/JAL-3739_useFormFieldText

JAL-3794 X and N are counted as DNA characters, but we also check how many Ns - if there were no real nucleotide characters we always return protein for poly-asparagine

JAL-3794 new test for recognition of protein or DNA with ambiguity characters, including the ‘all N’ case (that should be protein..).

JAL-3761 listToArray became rangeListToArray

JAL-3761 more consistent parameter naming

JAL-3761 helper method reinstated to avoid code duplication

JAL-3761 locateInFrom/To revised with tests; unused methods removed

JAL-3761 extra check that VCF feature is fully mappable to sequence

JAL-3761 debugged and working (but not tidied) locateInFrom2/To2

JAL-3761 listToArray became rangeListToArray

JAL-3761 locateInFrom2 work in progress commit

JAL-3761 unit test for MapList.countPos()

JAL-3761 failing test, formatting, method renamed

JAL-3761 failing tests for locateInFrom/To with overlapping ranges

JAL-3751 only merge strictly contiguous ranges of mappings

JAL-3788 synchronize concurrent findColour() and alignmentChanged()

JAL-3818 formatting

JAL-3818 process Jmol callbacks in AWT thread

Merge branch 'develop' into merge/develop_ben2

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3829 Fixed Jmol jar -- duplicates of other classes were causing problem with shadow jar

Merge branch 'Jalview-JS/bug/JAL-3762_URLparamsOverrideInfoArg' into develop

Merge branch 'develop' into merge/develop_ben2

Merge branch 'features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons' into develop

JAL-3815 default /etc/jalview_properties under utils/debian

JAL-3829 parallel not welcome here

JAL-3829 test flakiness and human flakiness

JAL-3829 more info on test fail - seems to be flaky

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3521 Adjusted wrapper shell script and .desktop file to cater for opening a file with or without -open arg

JAL-3521 High quality file icons for jalview associated files, and associated mime-type icon references

JAL-3521 Change grouped Jalview windows on linux taskbar to have name Jalview

Merge branch 'features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons' into develop

JAL-3551 - doc tweak

JAL-3855 JAL-3829 better checks on PDB or mmCIF file based on URL path (though should really determine when processing via jmolData now we have mechanism) - ChimeraX in particular cares about file endings

JAL-3829 JAL-3855 moved routing for retrieving structures prior to opening a Jmol view to AppJmolBinding - this could be refactored further

JAL-3829 JAL-3855 ignore case when detecting alphafold ID

JAL-3855 detect an alphafold model and import its temperature factor as reliability

JAL-3829 move mock query and responses to files

JAL-2422 Also look in ~/Applications for ChimeraX on macOS

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons

Merge branch 'feature/JAL-2422ChimeraX' into develop

JAL-3829 3d-beacons doesn’t work as a sequence source just now

JAL-3829 avoid sending rubbish to PDBe search api

JAL-3829 some providers don’t provide model quality, some experimental methods don’t provide a resolution - try to leave these in their natural order

JAL-3829 allow multiple URL mocks and include P01308 in 3d-beacons mocks

JAL-2422 More helpful highlighting/user guidance of missing structure viewer path

JAL-2422 Fixed URL encoding of REST calls (broken paths in Windows due to colon). Better UTF-8 Name call.

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2422 Fixed URL encoding of REST calls (broken paths in Windows due to colon)

Merge branch 'develop' into feature/JAL-2422ChimeraX

Merge branch 'releases/Release_2_11_2_Branch' into develop

Merge branch 'features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons' into develop

Merge branch 'features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3829 ensure unmock the FTS PDB and TDB clients after mocking for a test

JAL-2422 Added linux rpm and deb install locations. Changed macOS to also look for version numbers in Chimera/X (e.g. '/Applications/ChimeraX-1.2.5.app') as this is default macOS installation.  Changed macOS preferences to check endswith '.app' and look for '....app/Contents/MacOS/ChimeraX' so user can select the .app folder

JAL-3829 minimal test of additional TDB filters - not at all robust

JAL-3829 select single best TDB structure and select structures from particular provider (this code is horrific !)

JAL-3829 JalviewJS workarounds/patches

JAL-3829 upgrade Jmol to 14.31.53, SwingJS-JSMol to 14.31.54 and SwingJS to 3.3.1

JAL-3829 ensure tests use mocked service - proper exception for mocked 400 response

JAL-3829 patch failing tests and todo for future

JAL-3829 provide both PDBe queries and 3D-Beacons queries in the filter combo box

JAL-3829 insert title for structures from PDBe

JAL-3829 update for v1.0 3d-beacons api spec

JAL-3829 point at production 3d-beacons url

JAL-3829 refactor and JAL-3391 JAL-2935 first stab at coverage based selection of models for a sequence

JAL-3829 allow client-side selection of structures for a sequence by passing in discovered structures

JAL-3829 JAL-3868 TODO

JAL-3829 formatting

JAL-3829 integration test verifying mock response is valid for a live server

JAL-3829 work in progress - look up additional metadata from PDBe for structures discovered via TDBFTS

JAL-3829 look up column in FTS data

JAL-3829 mocking for PDBFTS for related query to UniprotFTS mock.

JAL-3829 pull out structure chooser query source tests to new class

JAL-3829 JAL-3865 test structure chooser queries to mocked 3D Beacons FTS

JAL-3829 use sequence dependent constructor for structure chooser query engine testing

JAL-3829 mocking for testing 3D-Beacons FTS endpoint

JAL-3863 promote non-canonical version of dbref to a canonical one

JAL-3829 comments on the 3D structure chooser’s initialisation process

JAL-3865 isolate PDB and TDB clients and last query records in their query objects

JAL-3863 passing test to verify a uniprot accession with canonical flag set is transferred via the DBRefFetcher (and the SequenceI.transferAnnotation method it calls)

JAL-3829 JAL-3865 StructureChooserQuerySource implementation now dependent on the type of sequences and whether they have uniprot sequence IDs

JAL-3855 don’t need to query Alphafold2 repository directly from PDBe FTS client since 3db client will do that

JAL-3829 refactored FilterOption provider to the StructureChooserQuerySource implementation - implementation now is completely independent of GUI code.

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons

Merge branch 'cherry-pick/r2_11_2_JAL-3509' into develop

JAL-1842 unit test updated for EnsemblGene feature settings changes

JAL-1842 adjust code to match changed semantics of FeatureSettingsModelI