moved painting routine

consensusColouring never used

Draw helices correctly

Use util toHexString

Output groups in annotation file

Dont clear graphics g before drawing the image

Image for labels, stops flickering

New view copies annotations across

Tooltips for group names, descriptions

Description added

SequenceGroup parsing added to annotation file

ID_ITALICS option in preferences

scaleAbove, left and right set when tab selection changes

Marios annotation bug fixed

AnnotationId is hashcode of object

Only set the sequence oncecvs diff datamodel/Alignment.java

Adjusts annotations for sequence edits

If its null, set tip empty

preliminary documentation for DNA->protein codon features and EMBL coding region parsing

added doc for PDBResNum features

Command takes alignment, not gapChar

Annotations move when full alignment edited

Annotation adjustment moved to EditCommand

Remove unneccessary lines

AlignmentAnnotations require id

Allow for hidden columns

Only output visible annotations

load/get Annotation

Remove unnecessary line

Output annotations

1.1 enabled

reinstating class implementation.

checks for irreflexive mapping in main tester

Conservation etc have autoCalculated flag set true

AdjustAnnotations needs position, number and insert

This constructor is never called

Features output for javascript

output now takes alignment, not just sequences

Extension to fastaFile for myhits

refactored to use jalview.analysis.Finder for searching alignment.

kkv change

Map arbitrary series of non-overlapping integer intervals on one range to another on another range - with an integer ratio for each range

Page setup added

boolean for internal copies

Hidden representatives moved from sequence to viewport

refactoring (added seqIndex/resIndex state for incremental search)

refactored search algorithm from gui classes

transfer resnum features now returns features (could be passed to feature renderer)

reoganization of PDB sequence fetching for sequence annotation generated by PDBFile

PDBChain maintains reference to dataset of sequences created by PDBfile reader.

datasetSequence derive method and some checks

export features/annotations not for import

Applet can output and load annotations, features

Neeed to know protocol for annotation loading

Need to know protocol to load anntotations

javadoc

added sequence feature copy constructor.

transfer and update of sequenceFeatures for associated alignment sequence
fixed mapping bug for sequences that do not start at 1.

random ';'

transfer and update of sequenceFeatures for associated alignment sequence

fixed last-residue bug and added sequence feature creation and transfer for resNum+insCode annotation for each sequence residue

added resNum+insCode string field for truly unambiguous PDB atom entry referencing/display

Add the last sequence before annotations

Take scrollOffset into account

Tool tip for annotation description

Set description on copy

Set tooltip

1.1 enabled

put vamsas bit back in

File Parsing returns Alignments, not Sequence[]

Is secondary structure label modified

Display description

Descriptions can be added to annotations

Edit name/description added to applet

Fit to Window bug fixed

made atom attributes public (rather than put in get/set pairs)

Dont set the font of alignFrameMenubarcvs update appletgui/AlignFrame.java

Send new sequences when firing alignment changed

Reads in anything following seq id as a description

HEADER and ATOM must be position 0

type change

description from vamsas sequence and file type change

check on sequence length

getSequenceAsString

getSequenceAsString

remove unnecessary import

type change

org.vamsas is now uk.ac.vamsas

description may be null

set sequence_ref alignment

Watch out for - symbol lin jnet files

Are the labels all secondary Strutures? are the displayChars actually descriptions?

one less cast

fixed introduced bug (doh)

clarified help documentation for annotation file format and tweaked reader code to ensure input commutes with output.

ensure lastSeq is refreshed if new feature added

set labels null if not being used

dont add char[] ref to a string

type change

typo fix.