Merge branch 'develop' into bug/JAL-1841rnaSecStr

JAL-1841 better i18n text

JAL-1128 fix for truncated bottom boarder pixels in figures generated from wrapped alignment

JAL-1128 fix for truncated bottom boarder pixels in figures generated from wrapped alignment

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1919 Added improvement to ensure consistence of annotations parsed via JmolParser vs PDBfile parser and fixed unit tests accordingly

JAL-1841 count (logo height) is valid pairs only; detect base-gap pair

JAL-1841 bug fixes / code tidy for rna SS rendering / parsing

JAL-1841, bug fix in rna SS consensus, additions to Rna[Test]

JAL-2171 default SS symbol to existing (if present)

JAL-2124 i18n of 'All' menu item

JAL-2124 i18n of "All" menu item

JAL-2146 small optimisation (avoid String creation)

JAL-2146 show Column no [Sequence no [Residue / pos]] on mouseover

JAL-1577 rebuild menus when secondary structure manually updated

replaced broken biojsmsa home link in jalveiw help

JAL-2119 replaced link with a non-404 alternative

JAL-2168 -nonews option also mentioned here

JAL-2119 updates to invalid / obsolete help links

JAL-2168 document '-nonews' parameter

JAL-2168 skip news feed if parameter "-nonews" is supplied

JAL-1448 always use UK locale for formatted date properties

JAL-2164 add transferred annotation to sequence

JAL-2164 changed to be Java 1.7 compliant

JAL-2008 handle fast mouse drag of feature ordering correctly

JAL-2015 convert Color from colour picker to FeatureColour

JAL-2046 additional logic to suppress spurious implementation-error warnings

Merge branch 'efficiency/JAL-2034_JAL-1421' into develop

JAL-2034 show greyed out image during overview update

Merge branch 'develop' into efficiency/JAL-2034_JAL-1421

JAL-2068 reinstated false return value for notifyWorking
  (prevents multiple worker threads starting when new view created)
 * documentation for AlignCalcManagerI

Merge branch 'develop' into efficiency/JAL-2034_JAL-1421

JAL-2164 TODO: make test pass for JMOL_PARSER

JAL-2164 JAL-1919 JAL-1270 use structure import settings to properly configure for test

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2164 bugfix to convert insCodes of '\000' to ' ' in JmolParser, this fixes the xml marshalling bug

Merge branch 'bug/JAL-2154projectMappings' into develop

Merge branch 'task/JAL-2164_mcviewforoldjalviewprojects' into develop

JAL-2164 prevent jalview news from opening

JAL-2164 clear the desktop before testStoreAndRecoverExpandedViews

Merge branch 'task/JAL-2164_mcviewforoldjalviewprojects' into develop

JAL-1772 make sure we actually return reference to AlignFrame that is visible after views are gathered

JAL-1772 JAL-2164 make expanded view save/restore test pass when run in isolation (problem may be that load returns an alignFrame that isn’t actually the one shown in the desktop…)

JAL-2164 JAL-1772 explodeViews can be static, so make it so

JAL-1957 JAL-1479 updated SIFTS user docs

JAL-2164 revert tests depending on import of legacy jalview projects

JAL-2154 disable visual delay only after completed import

JAL-2154 register any new dataset codon frames only when all data imported

JAL-2154 only include mappings in dbref/alcodon in dataset XML

JAL-2157 fixed Jalview2xmlTest

JAL-2154 toString for forward references

Merge branch 'patch/JAL-2156_JAL-2163_saveSplitFrameFromSaveAs_restoreTitles' into bug/JAL-2154projectMappings

JAL-2163 set title for the alignframe from restored view state

JAL-2156 resolve and add complementary views for saveAlignment

JAL-2156 refactor saveState & saveAlignment to common method

JAL-2156 getter for AlignFrame(s) held in a splitframe

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1919 added codes for End-2-End scan for sequence consistency for PDB files parse with JmolParser vs. Jalview's PDBfile parser

JAL-2157 todo: verify parser/file format enums and static/dynamic status these fields

JAL-2157 bugfix for issues from enum refactoring

JAL-2157 bugfix for regression from commit 82a6c8e2e25b7534168b68b2c89b9cf195f815a5

JAL-2154 formatting

JAL-2154 keep track of incomplete sequences and report if they weren’t resolved

JAL-2154 systematic pattern for defining/resolving forward references to sequences

JAL-2154 patch the hack (Jalview2XML tests pass)

JAL-2148 Bugfix in structureImportSettings string-to-enum conversion and further enhancement to deal with Atoms from multi-model entries

Resolve merge conflict for StructureImportSettings

JAL-2148 fix to heuristically determine chain termination positions. This aids in decision making w.r.t CA HETATMs inclusion

Merge branch 'apifix/JAL-1926_JAL-2106' into develop
JAL-1919 JAL-2148 regularise use of jalview.datamodel.PDBEntry.Type for PDB/mmCIF file type
JAL-1919 JAL-2148 use new enum jalview.structure.StructureImportSettings.StructureParser

JAL-2154 poke JSeq start/end into Vamsas sequence

JAL-1926 JAL-2106 fix name for flag controlling addition of secondary structure annotation from 3D data

JAL-1926 JAL-2106 don’t use PDB database constant as a file format string

JAL-1926 JAL-2106 use enum for ‘DEFAULT_STRUCTURE_FORMAT’ property values

JAL-1926 JAL-2106 remove startRes/endRes fields - not used

JAL-2023 stronger check for whether to start cdna consensus

JAL-2023 avoid writing / loading empty mappings

JAL-2023 JAL-1681 fixed bug in computing '+' for co-modal codons

JAL-2068 AnnotationWorker create/update annotation, not delete / re-add

JAL-2068 small refactor to reuse shared method

JAL-2068 update rather than recreate AlignmentAnnotation on run()

JAL-391 corrected handling of gapped sequences

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1919 set default structure file format to mmCIF, refactored some StructureImportSetting variables, removed mmCIF from DBRefSource, updated tests

Merge branch 'develop' into efficiency/JAL-2034_JAL-1421

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-666 patch JAL-1947 in applet where overview is under sampled when lost of sequences are hidden in the viewport (hangover from applet not supporting hidden rows)

JAL-2105 check content of Ensembl REST ping response

JAL-2099 ensure initial setting of scaleAbove reaches viewport

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2099 JAL-2100 port scale number / hidden column mark changes to
applet

JAL-2068 clearer instructions on how to use script (and modify it!)

JAL-2068 clarify comments

JAL-2068 scale annotation display character to width for feature count annotation

JAL-2121 cleanup TODO

JAL-2110 JAL-2145 fix out of date test for 2baee069f9edaef280f0115bae42d4ac7b77bb9b

JAL-1976 Spanish version of new message

JAL-2015 restore check for null colour in paint()

Merge branch 'features/JAL-2068groovyAnnotationWorker' into develop
minor conflicts in constructor/imports for unification of Graduated/FeatureColour

JAL-2145 improvement: ensure conservation calculation performed between istart & alwidth only!

JAL-2145 documentation of getWidth()