JAL-4277 --mkdirs with cautious refusal for paths with ..

JAL-4284 JAL-4285 Deal with output files/images consistently with --overwrite check.  Gather batch process errors together to output at the end of processing.

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4277_dirname_substitution_always_absolute

JAL-4277 fixed and improved tests

JAL-4090 release notes for JAL-244 JAL-901 JAL-4260 JAL-4189 JAL-2910

JAL-4277 Corrected choice of all or last opened linkedIds. Better wildcard syntactic sugar for output files. Fixed all tests for new defaults.

JAL-4279 suppress error dialogs raised by file loader when working in batch mode

JAL-4279 move on if the file doesn't exist, or Identify fails for the file.

JAL-4279 catch exceptions with fileLoader and report when we don’t get an alignment frame after trying to import a given file before moving on.

JAL-4090 JAL-4160 JAL-4274 image export dimensions and scale factor configurable via .jalview_properties as well as command line

JAL-629 Change names of Opt.ALLOWALL to Opt.ALLOWMULTIID and Opt.MULTI to Opt.MULTIVALUE.  Remove filename value open* as trigger for applying an output file to all globbed files opened in the last --open, and make it the default option for globbed files opened.  Adjust 2 test data for removed 'open*'.

JAL-4273 release notes for visible adjuster marks, and patch so they are not rendered during figure export

JAL-4090 report JAL-4261 known issue

JAL-4260 attempt to rejig paging when id width is adjusted whilst in wrapped mode.

JAL-4258 remove unnecessary ‘this’

JAL-4259 construct a new SequenceRenderer when rendering an MSA to an exporter

JAL-629 javadoc on new setMapping variant for structureselectionmanager

JAL-629 reinstate INFO level stack trace from StructureChooser service exceptions and suppress external service queries when viewing structures via Command-line import

JAL-629 javadoc

JAL-629 remove structure viewer from the list of structure viewer base instances when its closeViewer method is called

JAL-629 use JalviewStructureDisplayI in place of StructureViewerBase

Merge branch 'feature/JAL-629_--output_-_means_output_to_STDOUT' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

JAL-629 Add accessors for argParser and bootstrapArgs

Merge branch 'feature/JAL-629_--output_-_means_output_to_STDOUT' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

JAL-629 Save structure frames in project files when opened and saved in headless mode

Merge branch 'feature/JAL-629_--output_-_means_output_to_STDOUT' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

JAL-629 Fix --structureimage and options

Merge branch 'improvement/JAL-3830_remove_dock_icon_in_headless_mode' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

JAL-3830 Remove dock icon for -h too

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-629' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

JAL-629 Small buglet with getting --seqid

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

Merge branch 'bug/JAL-4255_slf4j_missing_StaticLoggerBinder_error_message' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

JAL-4255 better grammar

JAL-4255 Updated THIRDPARTYLIBS

Merge branch 'bug/JAL-4255_slf4j_missing_StaticLoggerBinder_error_message' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

JAL-4255 Added slf4j-nop jar and upgraded to last 1.x release

Merge branch 'develop' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

JAL-4090 JAL-4250 JAL-4253 JAL-325 release notes and THIRDPARTYLIB

Merge branch 'improvement/JAL-4250_secondary_structure_annotation_antialias' into develop

JAL-4253 drop the bottom line so it lines up with the vertical of group border.

Merge branch 'develop' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-629' into develop

JAL-629 Avoid hidden options dialog when saving in headless mode

Merge branch 'bug/JAL-4214_system_freeze_when_opening_file_using_gui_in_linux' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

Merge branch 'improvement/JAL-4250_secondary_structure_annotation_antialias' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

JAL-4250 Fix bug in vector rendition where more than one secondary structure loses the glyphline.

Merge branch 'improvement/JAL-4250_secondary_structure_annotation_antialias' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

JAL-4250 Much simplified glyph creation removing most need for differences between vector/bitmap generation.  Careful testing done to ensure no gaps in vector or high or low res bitmap.

Merge branch 'improvement/JAL-4250_secondary_structure_annotation_antialias' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

JAL-4250 Fix one word bug for 'af.createEPS(file, renderer)' (was af.createEPS(file, name)'. Everything else is formatting changes.

Merge branch 'improvement/JAL-4250_secondary_structure_annotation_antialias' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

JAL-4250 Updated jfreesvg to fix round stroke in linegraph.

Merge branch 'improvement/JAL-4250_secondary_structure_annotation_antialias' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

JAL-4250 Simplification of polygons and adjustments to calculations in secondary structure for vector rendition. Corrected rounding error for line graph with round stroke to give joined up appearance in vector rendition.

Merge branch 'improvement/JAL-4250_secondary_structure_annotation_antialias' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

JAL-4250 revert green to bright green

Merge branch 'improvement/JAL-4250_secondary_structure_annotation_antialias' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

JAL-4250 Conservative setting of ANTIALIAS and readjustment of glyphs to avoid scrolling artifacts by pixel-out positioned glyphs

JAL-4250 Make secondary structure annotation shapes antialiased and outlined in the same colour for better shape definition.

Merge branch 'improvement/JAL-4206_improve_JalviewFileChooser_for_flatlaf' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

Merge branch 'bug/JAL-4214_system_freeze_when_opening_file_using_gui_in_linux' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

Merge branch 'improvement/JAL-4212_remove_macos_test_java_icons' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

Merge branch 'feature/JAL-244_Automatically_adjust_left_margin_to_avoid_cropping_annotation_labels' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

Merge branch 'improvement/JAL-3830_remove_dock_icon_in_headless_mode' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

Merge branch 'bug/JAL-4242_exception_when_pressing_escape_in_fetch_from_URL_dialog' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

JAL-3416 Remove full height separators between new curved tabs

JAL-3416 flatlaf and flatlaf-extras 3.2 jars

JAL-4242 null check on getValue() return

Merge branch 'feature/JAL-629_--output_-_means_output_to_STDOUT' into improvement/JAL-3830_remove_dock_icon_in_headless_mode

JAL-3830 JAL-4160 Remove --noheadless as --gui does this. Simplifies wrapper scripts

JAL-4090 JAL-4243 bio.tools json file release notes

JAL-3830 JAL-3421 Conda launch script for 2.11.3 and new CLI with OS compatibility from installer launch script

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3830_remove_dock_icon_in_headless_mode

JAL-4160 JAL-3830 Improvements to the jalview.sh bash script especially when not in .app bundle on mac.

JAL-3820 JAL-4189 Use the same LaunchUtils methods to check java executable symlinks in getdown.

JAL-3820 JAL-4189 Move checks for java executable symlinks to LaunchUtils ready for use in getdown

JAL-629 Much better way of dealing with list of filenames/URLs without an --open argument. Added tests for these and fixed multiple STDOUT files.

JAL-629 more tests for stdout

JAL-629 STDOUT documentation.  Opt.STDOUT narrower option.  Fix for subvals and STDOUT detection.

JAL-629 Change all stdout and stderr output to use Console.outPrintln and Console.errPrintln. Fix command line tests.  Add test for STDOUT output file.

JAL-629 Method to use for printStackTrace

JAL-629 Move more stdout messages to stderr when outputting file to stdout

JAL-629 Default to FASTA if no format given for output to STDOUT

JAL-629 Enable output to STDOUT when specifying output filename as '-'.  Must check other output is suppressed.

JAL-244 Fix window size narrow adjustment not becoming a manual adjustment clash

JAL-244 Added light grey marks to indicate regions to resize the margins

JAL-244 Fix mismatched vertical positioning of sequences and their labels in wrap mode with margin adjustment enabled

JAL-244 Avoid working on the Ids Graphics object when we don't mean to

JAL-244 Adjust wrapped alignment widths to always maintain a visible wrapped sequence width (and also avoid zero divisions)

JAL-244 Fix buglet with automatic change in id column width not being recorded. More tests includeing wrapped format.

JAL-244 More control of automatic idWidth adjustments.  Added tests.

Merge branch 'develop' into feature/JAL-244_Automatically_adjust_left_margin_to_avoid_cropping_annotation_labels

JAL-4064 Added more recognisable display names to macOS DMG architectures

Merge branch 'develop' into feature/JAL-244_Automatically_adjust_left_margin_to_avoid_cropping_annotation_labels

JAL-244 Allow wrap manual adjustments to be smaller than the actual id widths.

JAL-244 Allow adjusting Id column width in wrap mode. Set Id column width in gui and image output with --wrap mode.

JAL-244 testing without AlignFrame for --wrap

JAL-4243 Jalview 2.11.2.7’s biotool record as JSON complete with update instructions as a README

JAL-244 Fixed idWidth labels in headless mode for non-wrap alignments