JAL-1312 formatting and more comprehensive test

JAL-1312 remove unnecessary methods

JAL-1312 more helpful error message when translation breaks

JAL-529 - IUBMB nucleotide ambiguity codes and programmatic generation of codons and inverse tables

JAL-1318 - route warnings to stderr (need to find a better solution for JAL-1069)

JAL-1318 avoid failure if SequenceI objects don't have valid dataset references

JAL-966 avoid using java.util.Vector

test for JAL-1312

Merge branch 'JAL-1316' into Release_2_8_Branch

JAL-1316 compact '' to '

JAL-1316 recognise and extract quoted region as nodename

JAL-1316 JAL-1313 newick IO test harness

Merge branch 'JAL-1314_headlessFlag' into Release_2_8_Branch

JAL-1314 allow 'nogui' and 'headless' as synonyms for 'nodisplay' argument and ensure awt.gui.headless=true is set as early as possible.

JAL-1314 test for common variants of -nodisplay performing the same for EPS generation
JAL-1314 test for identical termination behaviour with/without java.awt.headless=true

Merge branch 'JAL-1315_headlessEPS' into Release_2_8_Branch

fix for JAL-1315

JAL-1315 test for exit and successful generation of EPS using commandline

Merge branch '2_8_1_patch_multiharmony' into Release_2_8_Branch

fix for JAL-1298

JAL-715 - TODO

Merge branch '2_8_1_patch_multiharmony' into Release_2_8_Branch

JAL-1309 fix broken partition computation for adding in ungrouped sequences as final group

JAL-945 uniquify prior to submission

formatting

JAL-715 allow headless construction for testing

JAL-724 JAL-715 refactor and create new test for RSBS framework and Multi-harmony service

fix for JAL-1246

JAL-1307 patch to squash number format exceptions when pressing return

JAL-1300 documentation

Merge branch 'JAL-1259_hotfix' into Release_2_8_Branch

JAL-1259 patch to avoid NPE

Merge branch 'JAL-1161_optimisingAnnotationPanel' (early part) into Release_2_8_Branch

JAL-1291 reinstate fastPaint flag manipulation to make trackPad scrolling smooth

JAL-1291 TODO: revised graphGroup model so grouped graphs are more efficiently rendered

JAL-1291 - don't touch the graphics object until after deciding to skip annotation row

JAL-1291 conditional output of rendering debugging info

patch for JAL-1300 fixes JAL-1294: read and write COMBINE statements that use SEQUENCE_REF and GROUP_REF scope to conserve annotation rows with seqeunce and group references

JAL-1300 test and example data for parsing annotation files with COMBINE statements to group sequence associated annotation

JAL-1295 test to demonstrate JAL-1294 (caused by JAL-1297)

JAL-1295 refactored Jws2 discovery bootstrap code to test utility class

JAL-1295 relaxed test for Annotation element equivalence and javadoc to clarify format for Annotation.toString

JAL-381 Desktop.addInternalFrame cannot be called in headless mode

JAL-1299 fix: ensure a new graphGroup is created if first row identified in COMBINE statement doesn't have existing graphGroup assignment

JAL-1295 JAL-1296 clearer assertion failed message

JAL-1295 JAL-1297 enhance test to check graph visiblity and graphGroup set equivalence

fix for JAL-1297: COMBINE output now follows specification and all additional annotation rows included in output (not just the first one which wasn't hidden)

JAL-1296 JAL-1291 JAL-1297 JAL-1295 JAL-1294
test alignment annotation file IO for example given in documentation and for multiple combine statement

JAL-1291 JAL-1297 JAL-1295 JAL-1294 allow alignment+annotation equivalence test to be used in other tests

javadoc and formatting

JAL-1297 JAL-1295 JAL-1294 sensible toString for benefit of annotation IO test

JAL-1297 JAL-1295 JAL-1294 improve test logic for comparing annotation elements

JAL-1296 reinstated tab characters so example annotation file can be copied and pasted to a file and imported

JAL-1070 - [ not a real patch ] - include offending line number and content in output when an Alignment annotation file parsing exception stacktraces to stderr

JAL-966 paintrefresher should be abstract [ Merge branch 'jv3_notes' into JAL-1161_optAnnotPanelRendering ]

JAL-1161 conditional parameters for controlling clipping

JAL-1292 avoid exception by using bitset of arbitrary width for remembering which graphgroups have been drawn

JAL-1161 changed signature to allow clipping bounds for panel to be obtained

formatting

JAL-1161 only trigger an annotation repaint in unwrapped view when the horizontal offset changes.

JAL-1161 enable fastPaint for nudges from scroll bars or trackpad

JAL-1161 stick to api

typo

Merge branch 'JAL-1199-Stk_writing' into Release_2_8_Branch

split test for general Stockholm IO consistency (JAL-1199) from test for IO of sequence metadata (JAL-1265)

JAL-1199 JAL-1272 remove main() method from test class

formatting

JAL-1199 JAL-1272 refactored Natasha's test to a generic alignment data consistency test

Merge branch 'JAL-1289_initCallBack' into Release_2_8_Branch

JAL-1289 call oninit callback even if no alignment data was loaded

Merge branch 'JAL-1286_gzip' into Release_2_8_Branch

JAL-1286 URL stream reader tries to use a GZIPInputStream if URL ends in .gz

Merge branch 'Release_2_8_Branch' into JAL-1199-Stk_writing

Merge branch 'JAL-1199-Stk_writing' into Release_2_8_Branch

JAL-1265 basic support for parsing database accessions from Stockholm
JAL-851 - guess the primary sequence accession based on RFAM or PFAM alignment accession code

JAL-1199 added test for Rfam Stockholm file example

JAL-1199 refactored stockholm test code from main class and added a Pfam Stockholm file for testing purposes (with new PDB dbref test)

Merge branch 'JAL-1199-Stk_writing' into Release_2_8_Branch

formatting

Merge branch 'JAL-1199-Stk_writing' into Release_2_8_Branch

Merge branch 'Dbfetch_hotfix-JAL-1238' into Release_2_8_Branch

JAL-1238 test to see if the primary Uniprot source is placed first in list of Uniprot sources

JAL-1238 order to place primary sources before lower tier sources

JAL-1238 method to test if DAS source is a primary reference source

JAL-1238 tier index indicating distance of a source from the primary source for that database - level 0 sources are the only ones that should be used to validate sequences.

Merge branch 'JAL-1254-hotfix' into Release_2_8_Branch

JAL-1255 don't show 'Right click to add annotations' message in wrapped mode

JAL-1254 patch for NPE in annotation renderer when no annotations shown in alignment.

test for output a file in Stockholm format

Output accession number for file in stockholm format

JAL-1217 check and avoid NPE if no datastore object instantiated

JAL-1217 report exception for service when no datastore can be created

stockholm file output code developed by Natasha Sherstneva

valid URLs in website menu frame and fixed GA code

Merge branch 'master' into Release_2_8_Branch

Fixed T-Coffee file scores parser to support extended format including residue numbers

Merge branch 'Release_2_8_Branch'

final tweaks to help landing page

Merge branch 'Release_2_8_Branch'

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