JAL-3447 minor corrections to cif and mmcif file associations

JAL-3394 catch a null pointer exception, when URI not parsed but not malformed ???

JAL-3394 Fixed jalviews?:// scheme for macOS startup

JAL-3394 Added a 'jalview://' and 'jalviews://' parser into getdown, uses fragment for cli args

JAL-3449 correctly catch absence of install4j in getdown - probably for developers only

JAL-3449 don't assume install4j jar in classpath of getdown

JAL-3394 improvements to the file association progress bar

JAL-3394 jalviews scheme added

JAL-3394 file not needed

JAL-3447 Satisfactory file associations. cif, mcif and pdb now not opened by Jalview by default -- but are associated. In Windows and linux installer, are deselected by default. 'jalview://' as a URL scheme now associated in Windows and macOS.

JAL-3447 Change to install4j template version, JAL-3394 removed redundant compiler variable. Fixed help when run in Eclipse and removed redundant helpDir

JAL-3394 Simplified media output from install4j

JAL-3449 More whitespace in installer. Tidying

JAL-3449 Fixed Info.plist file insertion. Simplified install4j conf filename

JAL-3449 Now parsing install4j XML file to edit values.  Should be safer

JAL-3449 Work in progress improving XML replacements by gradle

JAL-3394 disableSigning=true when DEV

JAL-3394 Changed most of the token replacement for adding compiler variables

JAL-3449 Added more versions to getdown splashscreen and fixed Jalview's Java Console installer version reporting

JAL-3420 multiple file extensions for the same mime-type now work in unix installer

JAL-3449 install4j version, install4j template version, getdown version now all being reported in Javliew console

JAL-3477 merging in 3477

JAL-3393 Improved background image for DMG finder window, and associated files for creating it

JAL-3449 adding an installer template version. Really an md5 and a commit hash

JAL-3449 added an install4j compiler var

JAL-3449 JAL-3394 merged on install4j8 template

Merge branch 'improvement/JAL-3393_DMG_Finder_window_improvements' into improvement/JAL-3449_add_install4j_installer_getdown_versions_to_jalview_console.2

Merging in JAL-3393, better Finder window for DMG

JAL-3449 Using .gitignore from Jalview-JS/develop

JAL-3449 Using tidied build.gradle and gradle.properties from Jalview-JS/develop

JAL-3477 A bit of refactoring for the better

JAL-3210 cache getdown config, remove jvmmem options for better defaults

JAL-3210 removing overly complicated logging. Settling for System.out.println and System.err.println for MemorySetting output

JAL-3477 New jvmmemmax config option in getdown and getdown config. Set to 32G cap.

JAL-3477 New sensible default decisions on memory, and new jvmmemmax setting for setting absolute memory level

JAL-3407 update release date for Jalview 2.11.1

Merge branch 'develop' into documentation/JAL-3407_2.11.1_release

JAL-2481 remove code duplication left by merge

JAL-3441 action double-click in Feature Type column only

JAL-3394 JAL-3420 Temporary measure limits unix file extension to be the shortest one for each mime-type

JAL-3420 JAL-3424 Changed default JDK compile back to 1.8

JAL-3420 JAL-3394 Correct format of XML in added file extensions for install4j8. Also progress indicator for adding file associations (which can be slow). Still not entirely working, see comments in issue.

JAL-3420 JAL-3394 Using install4j8 template with file associations. Attempts unix file associations but not working (only tested in Ubuntu) yet.

JAL-3141 correct cast of spinner value

JAL-3187 case-insensitive codon variant calculation

JAL-3187 minor code tidying, todo removal

JAL-2987 release notes

JAL-3407 update RELEASE and cut new release notes in releaseHistory.html

JAL-3407 JAL-3406 update credits in Jalview 2.11.1

JAL-3187 removal of variant feature (non-virtual) transfer to protein

JAL-3187 (fudge) look in both alignments for stored mappings

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3187linkedFeatures

JAL-3393 New DS_Store with slightly bigger Finder window (in case of Path bar, Status bar, scroll bar) and definitely out-of-window .background folder

JAL-3389 add .py to restored Chimera session filename so it opens!

Merge branch 'bug/JAL-3388structureChooserSorting' into develop

JAL-3198 more efficient Sequence.getDisplayId()

JAL-3388 correct class for column 0 Ref Sequence

JAL-3386 correct wrapped width calculation for headless image export

JAL-3377 more reused of SeqCanvas.computeWrappedGeometry

JAL-3377 add seq-annotations gap to cheight not to hgap

JAL-3377 Javadoc added for getWrappedHeight()

JAL-3377 corrected wrapped widths height for IdCanvas

JAL-3377 include seq-annotation spacing in getWrappedHeight()

Merge branch 'features/JAL-3375vcfValidation' into
feature/JAL-3187linkedFeatures

Conflicts:
src/jalview/io/vcf/VCFLoader.java
test/jalview/io/vcf/VCFLoaderTest.java

JAL-1793 only decode specific special characters in VCF data

JAL-3376 capture VCF POS, ID, QUAL, FILTER as feature attributes

JAL-3375 format validate VCF Integer and Float fields

JAL-3375 ignore '.' values for VCF data

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3187linkedFeatures

JAL-2987 tolerate null double values when formatting JTable

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3187linkedFeatures

JAL-3289 bamboo properties for ‘BUILD’ getdown channel - fix

JAL-3289 bamboo properties for ‘BUILD’ getdown channel

JAL-3187 derived peptide variants tweaks and tests

JAL-3187 initial refactoring towards peptide variant in tooltip

JAL-1544 fixed a html encoding of '<' (%lt; -> &lt;) in commandline.html

JAL-1793 apply URL decoding when saving VCF attribute values (%3D -> =)

JAL-3111 correct JVL appbase for 2.10.5 via getdown

Merge branch 'task/JAL-3337-rm-lib-update-sourceDist' into develop

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3337 round-and-round the process source files again

JAL-3337 more includes and excludes

JAL-3337 remove the old lib directory !

JAL-3337 rejig the source distribution generation to process and replace tokens in source files

JAL-3111 replace year in header for help pages and put processed help in build/distributions

JAL-3225 try/catch for non-deprecated/deprecated property in sourceDist which is not available on older eclipses

JAL-3353 Change to build.gradle to use the file:// enabled getdown-launcher-local.jar for LOCAL and ARCHIVELOCAL builds only. Otherwise the getdown-launcher.jar (with no local file enabled) will be used

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3111 help pages minor corrections

JAL-3348 fixed an internal href in help to allow building

JAL-3337 adjusted building doc as sourceDist uses gradle 5.2 or above properties

Merge branch 'task/JAL-3348_document_cli_memory_settings_when_launching_jalview' into develop

JAL-3111 JAL-3348 JVL file documentation

JAL-3348 revised bsoares memory settings documentation and updated docs for launching jalview from command line

Merge branch 'develop' into task/JAL-3348_document_cli_memory_settings_when_launching_jalview

merging in develop

JAL-3348 memory.html documentation finished for 2.11.0

JAL-3348 jvmmempc in jvl file now works in linux

JAL-3348 jvmmempc multiple values shouldn't be merged

JAL-3111 tidy up lists/indentation for release notes

JAL-3111 Java 11 only and 'onwards'

JAL-3111 more whatsNew tweaks