Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855
combined new logic for 2.11.2 3d-beacons with original hack to resolve PAE and CIF
 Conflicts:
src/jalview/ws/dbsources/EBIAlfaFold.java

JAL-1761 backbone type parameter for configuring which atoms are used for superposition of structures

JAL-1761 need to pass molecule type when generating superposition commands

JAL-3551 patch test for altloc handling atom spec in superposition code

JAL-1761 need to pass molecule type when generating superposition commands

JAL-3906 use indicate to highlight current mousedOver residue in Jalview in a Pymol view

JAL-3746 update release date to later in Feb 2022

JAL-3551 pymol documentation

Merge branch 'task/r_2_11_2/JAL-3956_alphaFill_authoritative_IDs' into develop

JAL-3551

JAL-3956 - PDBEntry objects constructed from 3D-Beacons have authoritative IDs overriding any embedded IDs

Merge branch 'update/JAL-3949_jalview_bin_Console_to_cure_sanity_even_more' into develop

 Conflicts:
test/jalview/bin/CommandLineOperations.java

JAL-3949 fix testProps path and make line count more accurate

JAL-3949 increase command line ops test timeout

JAL-3949 ensure Jalview command line ops setup actually quits after SETUP_TIME milliseconds - seems there’s less stderr noise than before !

Merge branch 'update/JAL-3949_jalview_bin_Console_to_cure_sanity_even_more' into develop

JAL-3931 fix - escape % symbols after urlencoding

Merge branch 'update/JAL-3949_jalview_bin_Console_to_cure_sanity_even_more' of https://source.jalview.org/git/jalview into update/JAL-3949_jalview_bin_Console_to_cure_sanity_even_more

JLogger loglevel check on whether to call the actual logger or not. New factory methods with Class.

JAL-3949 - refactor logging from jalview.bin.Cache to jalview.bin.Console

 Conflicts:
src/jalview/bin/Jalview.java

JAL-3949 fixed failing commandlinetests due to more output and line count limit

JAL-3949 added Java Console autoscrolling help paragraph

JAL-3949 read ~/.jalview_properties before initialising the logging

Merge branch 'develop' into update/JAL-3949_abstracted_logging_for_jalviewjs_and_sanity

JAL-3949 Complete new abstracted logging framework in jalview.log. Updated log calls for this. Removal of jalview.javascript.log4j. Improvements to the Java Console (controllable autoscrolling).

Merge branch 'bug/JAL-3523_cwd_not_preserved' into develop
rebuilt getdown jars - did not bump version

JAL-3186 remove ‘Variable Colour’ from the sequence feature settings popup menu

JAL-3949 An attempt at converting to Log4j 2 -- no output achieved!

Merge branch 'bug/JAL-3806_mappingCoversSequence_for2112' into develop
Combines patches for JAL-3806 prior to redaction of shared CDS dataset sequences with patches for JAL-3673
 Conflicts:
src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java
src/jalview/util/MappingUtils.java
test/jalview/util/MappingUtilsTest.java

JAL-3806 JAL-3725 update tests since CDS mappings now exclude the stop codon

JAL-3806 require mapping extent covers both sequence’s dataset sequence to avoid spurious  mappings from overlapping CDS

JAL-3949 upgraded log4j to 2.17.1 (no actual known vulnerabilities\!), though this doesn't fix the issue

JAL-3806 use the covers() test for each selected sequence and the complementary alignment’s sequence as a filter for direct CDS-Protein mappings (ensures overlapping CDS coding for distinct proteins do not all get selected)

JAL-3806 use same logic as for mouse over highlighting to work out extent of selected region in complement alignment

JAL-3806 todo - problem seems to be Protein:Many CDS are not selected

JAL-2305 comments re testFindXrefSequences_withFetch is failing - looks like test data needs to be revised for assumptions made by CrossRef about sequences retrieved from dbsources

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3420_match_jvl_icon_with_new_website_jvl_icon

new jvl_file svg, png, ico and icns files, and changed references to Jalview-Launch to jvl_file

JAL-3137 tests are for linux only

Merge branch 'merge/develop_JAL-3725' into develop

 Conflicts:
src/jalview/gui/PopupMenu.java

Merge branch 'bug/JAL-3633_read_proxy_settings_from_jalview_properties_in_getdown' into develop

 Conflicts:
src/jalview/bin/MemorySetting.java

JAL-3763 (for whatever reason) need to increase timeout for command line ops to 10.5s (OSX Monterey, MBP late 2018)

JAL-3746 note about adding JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763 release notes

Merge branch 'merge/develop_task/JAL-3763_newDatasetForCds' into develop

JAL-3763 (for whatever reason) need to increase timeout for command line ops to 10.5s (OSX Monterey, MBP late 2018)

Merge branch 'task/JAL-3763_newDatasetForCds' into merge/develop_task/JAL-3763_newDatasetForCds

 Conflicts:
src/jalview/analysis/AlignmentUtils.java
src/jalview/util/MapList.java
test/jalview/util/MapListTest.java
test/jalview/util/MappingUtilsTest.java

JAL-3806 (2.11.2 version) more lax allowance (3 positions) for stop codon

JAL-3806 JAL-3725 propagate relaxed criteria for stop codon truncation from EMBLXmlSource to EMBLFlatFile parser

JAL-3725 restrict mapped virtual feature location to mapped region

JAL-3725 helper methods for computing mapped feature range overlap

JAL-3725 exclude stop codon from CDS-to-protein mapping

JAL-3940 update 2.11.2 release notes for 2.11.1.7 patch release (again)

JAL-3940 update 2.11.2 release notes for 2.11.1.7 patch release

JAL-3746 possible release date 1st Feb 2022

JAL-3746 Release notes for patch JAL-3702 JAL-3915

Merge branch 'bug/JAL-3703_saving_a_file_in_Windows_10_fails' into develop

JAL-3703 Test that fails in Windows only, and only when the file handle isn't relinquished

JAL-3703 fix Gff3 shared InputStream with embedded FASTA data

close filehandles straight after parse, without setting an error

JAL-3937 enable AIA download of intermediate certificates when needed

JAL-3746 update release history for 2.11.1.5 and 2.11.1.6 patch releases

Merge branch 'critical/JAL-3933_log4j_update_for_develop_branch' into develop

Merge branch 'develop' into critical/JAL-3933_log4j_update_for_develop_branch

JAL-3934 updated log4j from 2.16.0 to 2.17.0

JAL-3933 updated THIRDPARTYLIBS

JAL-3933 updated THIRDPARTYLIBS

JAL-3933 remove obsolete Castor logging configuration

JAL-3933 configure root logger console appender to stderr (2.11.2 version)

JAL-3933 updated log4j and slf4j jars with log4j1.2 compatibility API jar. Removed log4j from jabaws-min-client and Jmol jars

JAL-3829 isCanonical should by default be false - ensure JalviewJS offers 3d-beacons search for example project

JAL-3855 JAL-3829 don’t need to make up alphafold model retrieval URL when we’ve been given it

JAL-3929 preserve lowercase pdbid in group name for transferred features

Merge branch 'to_merge/r2_11_2/JAL-3904_improved_alignpanelAPI_autoshowview' into develop

JAL-3551 pymol docs - work in progress

JAL-3929 don’t use the url encoded pdbId in feature group when transferring features from associated structure to a sequence

JAL-3616 update messages/tooltips/menu items to use getViewerName() for chimera/x/pymol

JAL-3551 JAL-3931 view pymol commands/responses in Log.trace

JAL-3931 remove % and - from ids so Pymol doesn’t strip them out and truncate the structure identifier that Jalview uses to refer to each file

JAL-3929 URLencode pdbid to remove problematic characters - propagate urlEncoded ID to the features transferred from the structure file

JAL-3930 Added a customizedId="JALVIEW" to launcher for use by file associations. Better for response.varfile installation of Jalview

JAL-3904 use new AlignPanel API method

JAL-3904 simple method to make an alignPanel the currently viewed one in the alignframe

JAL-3594 correct Jalview Develop logo SVG added in [not actually used in application]

JAL-3926 disable autosearch by default

JAL-3855 verify pdb suffix is preserved when locally loaded file is saved in project and imported

JAL-3855 JAL-1731 reuse the StructureViewer.fetchPdbFile(PDBEntry) method in JmolBinding - avoid code duplication for retrieval and import of 3d data

JAL-3855 try harder to ignore DNA/RNA only structures when deciding whether to download from SIFTS

JAL-3921 wait around until session file has been written

JAL-3829 remove duplicate IDs in 3DBeacons generated PDBFTS query and update mocks

JAL-3829 format and tidy up unused code

JAL-3919 use model format field to ensure we get the file extension correct when creating temp files for structure viewers

JAL-3875 fully reset filter combo-box when fetch 3d-beacons button is pressed, and ensure first 3d-beacons option selected when structures are discovered even when cached structures are present.

JAL-3746 Updated help docs for 3D-Beacons. Added and altered images and text.

JAL-3915 JAL-3746 documentation for removed rnaview options

JAL-3916 TODO for improved selection of covering structures

JAL-3916 TODO for improved selection of covering structures

JAL-3915 remove RNAview opts from preferences. Still present in config file ready for when we have a new RNA structure processing service

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3875 test case and patch to verify the query 3d beacons button is shown for proteins with uniprot ids but no canonical accessions

JAL-3907 changed two commented out lines to reflect location of future upgraded JRE zipfiles.