JAL-1684 clarification of which alignment will be used to guide the reconstruction of the linked alignment

JAL-1684 aligned proteins and citation for for Estrogen cDNA/Protein

JAL-1645 formatting tree distance docs

JAL-1483 more explicit description of feature similarity calculation

JAL-1483 description of the sequence feature based tree calculation

Merge branch 'develop' into release/2_9_documentation

JAL-1645 defictionalising release notes

JAL-1645 first stab at R2.9 “What’s new”

JAL-1645 JAL-1701 fix up split frame docs and add a bit more info about reconstructed alignments. maybe we need a screenshot here too.

JAL-1645 incorrect internal doc link

JAL-1645 update appletParameters docs for 2.9

JAL-1695 make enableSplitFrame applet parameter true by default

updated biojson help content

merge

updated helpTOC to include recently added features, updated menus and outdated screenshots

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1859 debug output of pdb mappings (mine and SSMs)

Merge branch 'develop' into release/2_9_documentation

JAL-1626 added missing gap character and fixed typo in example file

merge

updated help to include BioJS option in export.html

Merge branch 'develop' into release/2_9_documentation

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge branch 'develop' into release/2_9_documentation

JAL-1551 crlf change

commited jmol/Jmol2.js diff with origin shows no change, seems to be an issue with line endings as git gave the following warning: 'CRLF will be replaced by LF'

JAL-857 revert show equivalent decoration link

merge

JAL-857 removed 'development' as active link and added links to decorated html equivalent pages when the example pages are viewed directly

Merge branch 'develop' into release/2_9_documentation

JAL-1645 draft release notes for v2.9...

JAL-1859 reverted to signed JalviewApplet.jar!

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1859 Jmol applet black background; fix _jvmols table key

merge

deleted jbake example directory and the old biojs template directory

JAL-1859 Jmol linked applet updated to use Jmol2.js

Merge branch 'features/JAL-857_dynamic-example-files' into develop

JAL-1636 translate stop codon as '*', mouseover * as STOP

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

merge

JAL-1831 updated BioJSON schema

JAL-1152 check 'autocalculated' not 'null sequenceRef'; sort by sequence
respects autocalc above/below

Merge branch 'features/JAL-857_dynamic-example-files' into develop
Minor tweaks due to Mungo's cleaning up of the embeddedWJmol example

JAL-1522 report commit id and branch in installation type (may move this to separate property in future?)

JAL-1522 make installation default 'applet' for the applet

JAL-1701 added links to example files. will probably remove them later

JAL-1655 transfer setting option only displayed in development version of Jalview

JAL-1368 JAL-1863 JAL-1304 reformatting and revision of wording, clarify RNA secondary structure example

JAL-1368 JAL-1628 revise documentation in line with code for VIEW_SETREF, VIEW_HIDECOLS, and VIEW_HIDE_INSERTIONS.

JAL-1645 JAL-1355 UI/i18n: added missing messages, moved ‘…’ into action messages for actions needing more user input, title caps for menu entries and dialog titles

JAL-1871 JAL-1553 don’t modify selection/view colour scheme again after OK is pressed.

JAL-1871 choose a new RNA Helices palette when annotation colouring is updated

JAL-1871 don’t change the palette every time an edit occurs

JAL-1871 reinstate random generation of palette when applying RNA Helices colouring

JAL-1869 make per-sequence RNA helix colours each time Colour By Annotation is opened

Merge branch 'bugfix/JAL-841_JAL-1081' into develop

JAL-1805 move misassigned test from Functional to Network

JAL-1233 tidy up and use same RNA helix colours in colour by annotation and RNA helix colouring

JAL-1081 JAL-891 don’t overwrite global colour scheme with base pair consensus

JAL-1081 JAL-841 JAL-1053 JAL-1081 use same selection criteria for secondary structure annotation employed for structure consensus and colour by helices

JAL-1847 Merge branch 'thiago' into develop

JAL-1847 added AUTOSUPERIMPOSE property which can be used to disable automatic superposition when loading multiple structures

JAL-793 added ability to visualise raw BioJSON in the exported HTML using facebox

JAL-1859 jmolFindTarget not JmolFindTarget

JAL-1859 embedded Jmol applet example updated for Jmol 14.2 javascript

JAL-1863 allow RNA secondary structure rows exported by Jalview to be imported again

JAL-961 efficiency TODO: decouple overview updates from sequence colour broadcasts

JAL-1680 JAL-1576 JAL-1233 all conservation and consensus calculation triggers and applying colour schemes to subgroups are refactored to viewport model

JAL-1576 fix: trigger broadcast of colour change with paintAlignment(true)

JAL-961 TODO use workers for calculations supporting colour schemes

JAL-1551 source tidy

JAL-1550 JAL-1551 formatting

JAL-1233 JAL-1576 copy constructor to propagate helix colours and applyTo implementation to clone colour scheme to subgroups

merge

JAL-1859 JAL-857 house keeping

JAL-1859 JAL-857 updated all reference of JmolApplet-12.2.4.jar to JmolApplet-14.2.14_2015.06.11.jar

house keeping

merge

JAL-1861 disable the action buttons for 1500 millisec when the ok button is clicked

JAL-1859 removed unneeded dependency on package not in Jmol applet lib

another merge from develop

updated examples index page

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1690 scaleProteinAsCdna new optional attribute on Viewport in
project file

merge

JAL-793 use default custom export settings for html exports

JAL-857 increased callback timeout to accomodated applet load delay

JAL-1828 lookup table to convert MSE to MET when parsing PDB data

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

merge from develop

JAL-1835 updated documentation in preferences

JAL-1740 migrated BioJSMSAViewer git repo to https://github.com/jalview/exporter-templates/tree/master/biojs

merge

JAL-1805 JAL-1700  house keeping

JAL-1739 reverted BioJSON schema to use one main version for the whole schema and remove every other versioning for different fragments of the schema

JAL-1544 spelling

JAL-1355 User error text externalised to message bundle

JAL-1768 set initial 'enabled' state for id width label as well

JAL-1264 test made i18n robust