new constructor and refactored methods for intersecting selection with alignment when constructing CigarArray (JAL-716)

new methods for testing for/storing selection/group membership re JAL-716

javadoc and additional convenience method for JAL-716

refactored visible contig/gap map array intersection code to alignmentView

2.6.1 update

refactored to decouple dependencies due to FileParse's derived classes

refactored protocol check to jalview.io.FileParse

import annotation file from datasource

refactored protocol parser and allow human readable datasource name to be modified

zero length operations are valid

flag indicating if results should be associated immediately

node rename for deuniquifying trees from web service transformations

2.6.1 release details

ignore

updated version to 2.6.1

patch for JAL-682 - copy over current display settings to the associated viewport if they are present in a distinct alignment viewport associated with the source of the feature settings being transferred.

patch for JAL-699 so conservation/consensus threads restart correctly

patch for JAL-700

revised logic to avoid NPE

improved logic for distinguishing amino acids and nucleic acids in structure (JAL-694)

potential non-threadsafe condition

patch for JAL-655

optional dialog to report any problematic web service URLs ( JAL-343 )

prevented URLs appearing in both the 'bad ' and the 'no services from' URL list.

made ws warning dialog optional, and fixed its wording (JAL-693)

report any problematic web service URLs ( JAL-343 )

remove name of progress bar when stopping ws refresh progress.

refactored so public interfaces take instances of WsParamSetI, and ensured that name of preset is logged in job output (JAL-667)

parallelised service endpoint discovery and ensured that old threads are destroyed before new discovery takes place (JAL-692)

more explicit menu entry text (JAL-675)

resolve some layout problems : JAL-685

patch primary issue causing JAL-664 re testing for properly formed PIR file entry

patch for secondary issue in JAL-664 re parsing empty fields in description line

2.6 release date change

remove overrides

update release branch to 2.6

typos and indicate 'legacy' service documentation

NPE race condition alert - see JAL-661

revised author list

Jalview 2.6 source licence

apply jalview code style

Jalview 2.6 source licence

2.6 highlights

update 2.6 history

Jmol 12 update

Fix and documentation for JAL-657

Fix and documentation for JAL-657

new web service dialogs and JABA

new export options

jmol update

jabaws, not jws2

trap out of memory errors specifically associated with Jmol view creation (needs refinement)

ensure presets and parameters are discovered when service is discovered

layout the menu with a minimum number of host labels

more attempts to fix NPE from race condition

only indicate that job is broken if it wasn't submitted correctly

stop race condition when submenu being populated before workflows are discovered

ensure host is shown for all non-host indexed submenus

resolve pdb id/chain to pdb file/model number and chain

name change for jaba

cache the runner config so the preset list can be retrieved quickly

progress bar and OOM/Exception traps for project marshalling

catch case when a service has no parameters (or the service's servicerunner does not init correctly) and only display a 'default' submission entry for it.

make sure only one sequence datasource initialization thread runs at any one time

hack to ensure that if window geometry was not stored correctly, windows are not placed outside the current screen dimensions (occurs with console occasionally in 2.5.x)

thread off sequence fetcher initialisation to make initial alignment window display smoother

show a save dialog box!

poss fix for JAL-656

make sure web service menu is always refreshed on 'OK'

reflect the state of a failed Job in the GUI (e.g. trying to align protein seqs with a nucleotide parameter set)

patch to prevent NPE - which occurs if no features are available (see JAL-650)

clean the dist directory before copying Jars

update jmol

added colour by label to feature type colourspec and gff statement to allow mixed jalview colour specs and gff feature specs

reinstated the splitpanes with better size placement, and made tooltips button labels more helpful

fix the javac issue for JmolApplet references in application build

update Jmol jar ref

appletgui should ve excluded from normal application build

streamlined app and applet jmol console + event handling via component listener

refactored to remove App reference in Applet (JAL-638)

refactored to remove App reference in Applet (JAL-638)

patched Jmol and code for embedding JmolAppConsole in a JPanel (JAL-638)

patched Jmol and code for embedding JmolAppConsole in a JPanel (JAL-638)

jabaws, not jaba

threaded off ws menu building to avoid initial pause when services are discovered

properly report invalid jobs (server doesn't support service, seuqence set too big/wide, invalid input parameters) in a pop up dialog

early bail out for long urls, and threaded off group url construction: JAL-402

wrap preset description tooltips

remove duplicate host URLs in service list when not indexing services by host

wrap tooltips and revise layout (JAL-644)

wrap tooltips

tabbed panes for parameters and options.

JAL-634 and JAL-635

JAL-634

todos & added simple method for other classes to monitor when fileUpdate events have occured

trap NPE possiblity for trees that have no associated alignment panels (usually because they've been closed)

right click opens view URL popup for both parameters and option boxes JAL-601

fix for JAL-631

debug warning / option dialog box display

kick off the first time service parameter set discovery thread when service is discovered