Merge branch 'develop' into trialMerge

Conflicts:
.classpath
.project
.settings/org.eclipse.jdt.core.prefs
.settings/org.eclipse.jdt.groovy.core.prefs
.settings/org.eclipse.jdt.ui.prefs
build.xml
src/MCview/AppletPDBCanvas.java
src/MCview/Atom.java
src/MCview/PDBCanvas.java
src/jalview/appletgui/EmbmenuFrame.java
src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java
src/jalview/appletgui/SeqPanel.java
src/jalview/bin/Jalview.java
src/jalview/ext/paradise/Annotate3D.java
src/jalview/gui/AlignFrame.java
src/jalview/gui/Desktop.java
src/jalview/gui/FeatureRenderer.java
src/jalview/gui/FeatureTypeSettings.java
src/jalview/io/FileLoader.java
src/jalview/jbgui/GDesktop.java
src/jalview/util/ImageMaker.java
src/jalview/util/Platform.java

Added to index to allow merge

Updated to match develop to allow merge

JAL-3111  help file spelling correction

JAL-3273 small correction to expected result calculation

Merge branch 'task/JAL-3247_Install4j_improvements' into develop

Merge branch 'task/JAL-3236_install4j_linux_unix_userland_installers' into task/JAL-3247_Install4j_improvements

JAL-3247 nogradle option on this mac build/install helper script

JAL-3247 JAL-3254 JAL-3260 Fixed: JVL file jalview.apparg args. File association problem in Windows NETWORK installer.

Merge branch 'task/JAL-3246_local_getdown_files' into develop

JAL-3246 JAL-3247 Reworked JVL files as getdown.txt config with limitations

Merge branch 'task/JAL-3236_install4j_linux_unix_userland_installers' into develop

JAL-3236 Added unixInstaller to install4jMediaTypes in gradle.properties

Merge branch 'task/JAL-3246_local_getdown_files' into develop

JAL-3247 JAL-3254 Ensure .jvp and .jvl appear first in File Associations list (visible in Windows installer)

JAL-3247 JAL-3254 Fixed file association launch behaviour in getdown in Windows

JAL-3246 add -Pgetdown_local=true to use local files

JAL-3247 JAL-3254 changing default location of jalview/io/FileFormat.java relative to the util/install4j dir

JAL-3247 JAL-3254 Getdown now opening any files thrown at it by a file-association double-click

JAL-3247 JAL-3254 Automatically creating correct file association inserts for Info.plist and install4j installer

JAL-3247 JAL-3254 Automatically creating correct file association inserts for Info.plist and install4j installer

JAL-3247 Script to produce auto file association files for mac and windows installer, and changes in build.gradle to read in the produced, and edited, auto files

JAL-3247 Note in launcher.log when using a JVL file

JAL-3247 Changed JVL file to be a props file, with appbase=... required for the new appbase URL

JAL-3247 Script to automatically install Jalview from the .dmg to /Applications

JAL-3247 Auto generated file associations from jalview/io/FileFormat.java

JAL-3247 Allowing 'file' protocol URL with empty domain in a .jvl file

JAL-3247 Code changes to getdown. Double click open of .jvp files in Windows and macOS, and .jvl new appbase file working in macOS.

JAL-3247 improvements

JAL-3247 Some getdown image file changes/tidying

JAL-3240 known issue for release notes

JAL-3239 release note

JAL-3244 release note

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-3239monospacedEps' into develop

JAL-3244 delete obsolete method

JAL-3247 First attempt at getdown code to add macOS startup filenames to the appargs as -open filename

JAL-3247 Part way towards adding double-click opening in Jalview on .jvp file in macOS

JAL-3247 Improved file associations on macOS and Windows

JAL-3239 draw EPS or SVG one character at a time (even monospaced)

Merge branch 'bug/JAL-3244jmolWindows' into develop

JAL-3244 renamed Platform method for clarity

adding another getdown file (produced during a getdown build) to gitignore

JAL-3247 jvp jvl File associations, JRE variablised, Windows-Userspace path default

Fixed -Djvl=true in install4j JVM invocation

Extra JVL file association in the installer. Shadowed gradle-launcher.jar and classpath adjusted in install4j template. 'jre' folder made a compiler variable in install4j template.

JAL-3244 ignore file path separator when comparing pdb file paths

Merge branch 'task/JAL-3243_PDB_free_text_error' into develop

Merging in JAL-3243 replacement .jar files for jersey and javax.ws.rs.

JAL-3243 Replaced javax.ws jar compatible with jersey-*-1.19.1.jar

JAL-3196 Correcting the source for getdown (already corrected in util/install4j/install4j_template.install4j and getdown/lib/getdown-launcher.jar)

JAL-3241 simplified enum constructors for classloadability in Java 11

JAL-2738 JAL-2743 update unit test to match new VCF properties

JAL-3003 help page mention EPS doesn't support transparency

JAL-3236 see also previous commit - tweak the install4j template so our installers get built !

Added a unixInstaller and unixArchive media-type to the install4j template.  unixArchive is now specified in the gradle.properties (unixInstaller can be added).

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

Removing old commented out 'org.gradle.java.home=' line from gradle.properties

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2743 class Javadoc

JAL-2738 JAL-2743 properties to map VCF header to species or assembly

Also removing eclipse .project and .settings from the branch.  Run 'gradle cleanEclipse eclipse' to produce fresh new eclipse project files (and either 'Refresh' project in eclipse, or 'Import... -> Existing gradle project') or just run 'gradle eclipse' to keep some of your existing project settings.

Removing .classpath from this branch

JAL-3150 examples/exampleFile.jvp for updated manual/tutorial exercises

JAL-3233 Added isAMac check for -Xdock:icon addition to Launcher command. Added a process.waitFor() so Launcher doesn't background Jalview

JAL-3010 borderless 'x' for "delete this filter condition"

Conflicts:
src/jalview/gui/FeatureTypeSettings.java

JAL-2808 better tooltip 'delete this condition'

JAL-3226 removal of superseded changes

JAL-3010 borderless 'x' for "delete this filter condition"

JAL-3234 tidy up stdout on build

JAL-3234 allow gradle builds to run without having to specify keysigning variables by rewriting install4j flags

Merge branch 'task/JAL-3234_211_codesigning' into develop
JAL-3225 JAL-3196 JAL-3179 JAL-3227 JAL-3228 JAL-3229 JAL-3007 JAL-3111 Jalview 2.11 gradle/Java 11 build is now main develop branch

Merge branch 'bug/JAL-3224_getdown_changed_to_unpack_tgz_resources' into task/JAL-3234_211_codesigning

JAL-3224 JAL-3225 Fixed help image mangling, moved help to help/help and added this in to eclipse classpath generation

Merge branch 'bug/JAL-3224_getdown_changed_to_unpack_tgz_resources' into task/JAL-3234_211_codesigning

JAL-3234 enable codesigning and executable-post-processor for install4j

JAL-3234 Gradle properties for signing: OSX_KEYSTORE, OSX_KEYPASS, JSIGN_SH

JAL-3224 JAL-3225 Some fixes in install4j template and build.gradle, and a correction of the Policy code in Jalview.java that I messed up earlier

JAL-3224 JAL-3225 To be compatible with install4j bundled JRE on windows, have changed all the java_vm folder references to jre in getdown jars too. Install4j Windows media now bundles a JRE (into this location) so it can launch install4j installer too.  Java 11 installers working on Windows, but Java 1.8 complaining about com.sun.xml.ws.policy.Policy not found.

JAL-3224 JAL-3225 Added lines to check for updates to getdown-launcher.jar into Jalview. Put getdown-core into Jalview libs instead of getdown-launcher (enables update of getdown-launcher). Adjusted Eclipse to not error on use of com.sun.management.OperatingSystemMXBean.

JAL-3224 Tidied up Network installers in install4j template. Moved getdown-launcher.jar into dist (needed by Jalview anyway)

JAL-3224 minor fix for build.gradle and gradle eclipse

Merge branch 'task/JAL-3225_Integration_Gradle_building_into_Eclipse' into bug/JAL-3224_getdown_changed_to_unpack_tgz_resources

JAL-1929 JAL-3224 java 8 and java 11 specific getdown jre sets

JAL-1929 JAL-3224 JRE getdown URLs must be relative to host of getdown app base

JAL-3130 add JAVA_VERSION to shadowJar classifier so artifacts are distinct

JAL-3130 make sure only libDistDir/*.jar are added to the runtime classpath in shadowJar and makeDist

Merge branch 'develop' into bug/JAL-3224_getdown_changed_to_unpack_tgz_resources

JAL-1929 JAL-3224 getdown artefacts staged as getdown/website/${JAVA_VERSION}/...

JAL-1929 JAL-3224 getdown channel structure is {build/release version channel}/{JVM}

[JAL-3226] problem that JavaScript (or Java) may consolidate multiple
repaint() requests in unpredictable ways. In this case, the issue was
that in response to a CTRL-C/CTRL-V paste request, in Java a fast
repaint request preceded two full requests, thus resulting
in a full request for paint. In constrast, in JavaScript, the three
requests were bundled together into one, so the fastPaint flag was
still present for the second and third request.

This resulted in incomplete painting.

The solution was to set seqCanvas.fastPaint and idCanvas.fastPaint false
in PaintRefresher when the target to be painted is one of those two
components.

BH 2019.04.22

update of SwingJS -- no changes known.

JAL-3224 JAL-3196 still trying to specify projectFile property for install4j (still!)

JAL-3224 JAL-3196 still trying to specify projectFile property for install4j

JAL-3224 JAL-3196 specify file object in projectFile property for install4j task

JAL-3130 JAL-3224 patch URL paths to point to jalview.org/getdown/jpre/... for JREs

JAL-3130 provide absolute module path as J11 compile argument, and drop unneeded modules srcSet resource

Merge branch 'jims/JAL-3130_Java11_Gradle_publishing' into bug/JAL-3224_getdown_changed_to_unpack_tgz_resources

JAL-2791 tailored message if find fails on selection region

minor code clean up

minor code clean up