// BH 2018.04.18 comment: addNotify() is not appropriate here. We
    // are not changing ancestors, and keyboard action listeners do
    // not need to be reset. addNotify() is a very expensive operation,
    // requiring a full re-layout of all parents and children.
    // Note in JComponent:
    // This method is called by the toolkit internally and should
    // not be called directly by programs.
    // I note that addNotify() is called in several areas of Jalview.

Adds check for gap padding to disallow fast paint upon pasting if
alignment has been modified.

removes unnecessary clearFastPaint

Corrects incorrect calls to ViewportRanges.setEndSeq()

This function has the limit of height - 1, not height. Also adds safety
for start < 0 in ViewportRanges.setEndSeq();

pushing again, just comments

hack for fastpaint Java bug upshifting one line after a sequence
selection paste. Covered in Java by a full paint by ConsensusThread.

JAL-1793 basic help text for VCF option

JAL-3111 additional release notes

JAL-3111 small simplification of table tags, valign top

JAL-3111 release notes first pass complete

JAL-3130 moved jar needed for getdown to libs (not a module)

reverting     seqPanel.seqCanvas.clearFastPaint();

JAL-3224 Removed JREs (these now need to be in ~/buildtools/jre/openjdk-java_vm/...). Moved install4j config to utils. Made install4j template file (gradle will edit this correctly). Fixed symbolic link in bundled MacOS JRE problem. Added getdown launcher with .tgz unbundling support [currently broken].

JAL-2620 updated help page to mention alternative genetic code tables

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

JAL-3193 dbSource always "ENSEMBL"

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

explicit Hashtable objects

adds an explicit clearing of the SeqCanvas fastPaint flag upon viewport
adjustment

JAL-3026 fix bug loading Jalview Project (in Java)

JAL-3111 fix 2.11 html anchor in docs

Merge branch 'documentation/JAL-3111_release_211' into develop

JAL-3111 Jalview 2.11 what’s New and estimated release date

JAL-3111 tweak PCA documentation

Merge branch 'develop' into documentation/JAL-3111_release_211

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

JAL-3224 Add commons-compress-1.18.jar

JAL-3224 Bundling appropriate Mac OS/Windows JRE as java_vm in install4j

JAL-3224 New version of getdown which will cope with unpacking .tgz resources, specifically for the java_vm and symbolic links within

JAL-3130 moved resources/install4j to utils/install4j

better resource loading/file caching

caching of DnD files dropped

jmol-app updated for SwingJS ZipTools upgrade

localizes Thread colourby so that it does not cause ThreadStateException
in Java

comments only

JAL-3130 tidy up system.output

JAL-3130 call Jalview via the Test JVM’s JAVA_HOME/bin/java

JAL-3130 refactored ‘clover’ to ‘use_clover’ since clover is an ambiguous property - still offer -Pclover=true as command line switch to enable clover coverage

JAL-3130 JAL-1889 reportCurrentWorkingDirectory test to report absolute path when running command line tests

missing check for JavaScript in client response for String (Java) vs.
Map (JavaScript) -- since JavaScript has already done the conversion to
a Map and needs no further JSON parsing.

JAL-3130 JAL-1889 report absolute paths for CommandLineTests

unused old SwingJS dependencies

unused old SwingJS dependencies

JAL-3130 JAL-1889 report absolute paths for CommandLineTests

JAL-3130 JAL-1889 report absolute paths for CommandLineTests

Adds _j2sclasslist.txt to SwingJS distribution; fixes missing
menuListener

JAL-3196 change default are resource properties to jalview.org/getdown/jre

Merge branch 'bug/JAL-3218scalePanelPopups' into develop

Reinstate imports from "JAL-1889 JAL-3130 patch broken tests" commit 05efc2ac3c6427a4dabce842ebbd6f2ae17f49b9.

JAL-1189 JAL-3130 patch broken tests

JAL-3130 Somewhere in the old libs the Jws2 client is working.  Compile with Java 11 in Java 1.8 target mode, and then run in Java1.8 JRE with 'java -cp "j8lib/*:classes" jalview.bin.Jalview'.  Will need to find out which of these is actually needed

JAL-3130 Helper classes to take Class Exceptions when run in java 1.8 JRE out of main classes

JAL-3130 some clover fixes for helplinks. Use 'gradle test -Pclover=true'

JAL-3193 no separatge EnsemblGenomes source in SequenceFetcher

JAL-3130 adapted getdown src. attempt 2. first attempt failed due to cp'ed .git files

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

JAL-3130 write clover.xml during cloverReport phase

JAL-3130 make sure testng-results.xml is generated

JAL-3130 specify module list when launching new Jalview for CLI tests

JAL-3130 instrument main and compile separately to test classes so Clover doesn’t misclassify them

JAL-3130 gradle test now runs open clover 4.3.1 and new cloverReport task

Merge branch 'develop' into task/JAL-3130_Java_11_investigations-getdown_src

JAL-3130 ensure J11 libs/modules are added when building and running test suite

JAL-3130 clean up eclipse class path for dependencies moved to j11lib

JAL-3193 rest.ensemblgenomes.org merged to rest.ensembl.org

JAL-3018 REST version updated to 10.0

JAL-3033 and more classes for examples core

JAL-3033 jalview.org/jalview-js/JalviewJS.shtml?open%20http://www.jalview.org/examples/uniref50.fa

JTable improvements

- prevents loss of tool tip when clicking or editing

- corrects offset of center label in variable color option

- speed somewhat improved

better comment regarding setting recognized ajax-enabled sites

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

code formatting only

JAL-3033 more classes for the kitchen sink

JAL-3033 updated classlist for loading the example file (jim's kitchensink corefile)

File caching activated explicitly in Platform

JAL-3130 adapted getdown src

Fix for #196  EBI does not allow AJAX on Tools/dbfetch  - now they do.

command line fix

JAL-3130 This commit concentrates on the Mac OS X DMG app bundle, ensuring only one JRE needed in the .app bundle for 1) install4j, 2) getdown, 3) jalview

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

fixes for Jalview command-line URI code

JAL-3204 update to uniprot schema

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

j2sNative cleanup; fix for JTextArea preferred height miscalculation

JAL-3220 j2sIgnore on 3 more main methods

JAL-3220 j2sIgnore on main methods on test / utility classes

JAL-3220 unneeded main methods removed

JAL-3130 trying to be Java 1.8 source compatible -- not sure if this is ultimately feasible in the same .java files

JAL-3130 JAL-3007 more files needed for getdown launcher

JAL-3130 JAL-3007 improvements to gradle build

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

replacing @j2sNative with @j2sIgnore where appropriate - requires NEW
TRANSPILER

removing early SplitPane SwingJS hack

JAL-3021 show Sequence Details with cursor at top

j2sNative clean-up. Fixes problem with second try of sequence fetching
not retrieving (cached) data

#210 Fixes Ensembl fetch problem (really)

JAL-3218 allow both Hide and Reveal in scale panel popup menu

JAL-3130 JAL-3007 Added gradle build for Java 11. Now in root jalview dir

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

note to self: Time to write a good interface and stop doing this secret
calling of swingjs methods.