Correctly working implementation of the PaSiMap pipeline

Almost working

Properly integrated endGaps option for AlignSeq.traceAlignment()

Merge branch 'hardcode'

Merge remote-tracking branch 'origin/releases/Release_2_11_3_Branch'

Implemented least-squares optimisation in ccAnalysis

Fix alignment and score calculation for cc_analysis

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_3_Branch

JAL-4090 JAL-4243 bio.tools json file release notes

Implement MSA, scoring and counting the connections

JAL-4243 Jalview 2.11.2.7’s biotool record as JSON complete with update instructions as a README

JAL-3855 tree title for PAE matrix tree is PAE Matrix (method) for (structure) (sequence)

JAL-3855 auto select clusters and fix up colouring/propagation on calculation & tree display

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_3_Branch

Merge branch 'patch/JAL-3855_fixup_pae' into develop

Merge branch 'develop' into patch/JAL-3855_fixup_pae

JAL-4153 comments re patch incorrectly committed under JAL-4513

JAL-4513 move comments

JAL-4513 now re-add the SwingUtilities.invokeAndWait() with minimal sleep

JAL-3855 PAE matrices are transposed on import from JSON so returned contact vectors correspond to errors predicted when superposing at a given column position

JAL-3855 JAL-4124 test checks asymmetric matrices are stored and restored correctly

JAL-3858 fix off-by-one in matrix visualisation and interactive tooltip

JAL-3858 flip diagonal so matrix visualisation is top left to bottom right

JAL-3858 annotation .height is bigger than graphHeight so adjacent PAE matrices are clearly separated

JAL-4513 reduce wait to invoke fail

JAL-4513 add a SwingUtilities.invokeAndWait() to see what happens

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_3_Branch

JAL-3599 Updated default eclipse to 'latest' and made jalviewjsLaunchTest timeouts a bit more flexible

JAL-4119 TRACE level console message reporting download URL for sifts. Also more informative message when ‘Sifts Mapping Failed’ is reported as an exception - since this message can be reported when some chains in the PDB file do not match sequences being associated (but others do!!).

JAL-4090 JAL-4165 known issue

JAL-4090 JAL-4165 known issue

JAL-4223 add testdata for test

JAL-4090 mark JAL-4178 and JAL-4142 as known issues

JAL-4217 move Commands.structureImageTest to testTask1

JAL-4223 - test and patch to ensure numbering matches sequence data from RNAML file

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_3_Branch

Copied PCA files to PaSiMap analogues and changed all names

Includes the PaSiMap button in the CalculationChooser

Merge branch 'patch/JAL-4195_cli_eps_export_npe' into develop

JAL-4217 JAL-629 built in 25s time out waiting for structure viewer to load data before attempting to grab an image.

JAL-4090 update 2.11.3.0 release notes (with in-progress bits too) and what's new

Merge branch 'patch/JAL-4119_sifts_ftp_split' into develop

Merge branch 'develop' into patch/JAL-4195_cli_eps_export_npe

JAL-4195 add exception handling for all other CommandsTest tests and remove errant class-level @Test tag

JAL-4221 update description when transferring annotation and no description already set

JAL-629 even more console debug for --structureviewer opening arguments

JAL-629 liberal defensive coding, comments about refactoring and DEBUG output for --structureimage

JAL-629 make —structure image work again after threading it off

JAL-4217 catch case when the structure viewer doesn't get added to the desktop window (possible knock on for flatlaf JAL-3416)

JAL-4217 interruptedExceptions should also break any wait loops

JAL-2292 verify mixed case alignment actually aligns

JAL-4217 wrap imageExport CLI method's call to imageExport in a separate thread and hang around until it completes…

JAL-4217 wrap imageExport CLI method's call to imageExport in an invokeAndWait

Merge branch 'patch/JAL-2292_caseSensitivePAE' into develop

Merge branch 'patch/JAL-4213_addref_with_selection' into develop

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_3_Branch

Merge branch 'merge/from_2_11_2_7_to_2_11_3_0' into develop

JAL-4117 JAL-1551 source licensing

JAL-4117 Fri June 30th release of 2.11.2.7 with Jalview Plausible analytics

Fixed build.gradle, provide diff

JAL-4217 try really hard to shut down and dispose of Desktop resources and any lurking threads

JAL-4216 release notes

JAL-4216 compute size of annotation using start/end of sequence and given length. This might not work...

Merge branch 'task/JAL-4001_Plausible_API' into develop

JAL-4001 Added a random id to User-Agent to ensure separate visits recorded in Plausible.  Changed default URL to self-hosted site

Merge branch 'task/JAL-4001_Plausible_API' into develop

JAL-4117 JAL-4001 plausible analytics release notes and privacy docs

JAL-4090 update from 2.11.2.7 JAL-4117 - version bump and release notes for JAL-4116

JAL-4001 analytics url provided by https://jalview.org/services/config/analytics/url

JAL-4001 change Plausible discovery URL

JAL-4001 remove headless code from analytics

JAL-4001 Remove analytics for --headless mode

JAL-4001 Added useful props information

Merge branch 'develop' into task/JAL-4001_Plausible_API

JAL-4001 Fix default API url

JAL-4213 don’t pass active selection when actioning the addReferenceAnnotation

JAL-4213 - document the addReferenceAnnotations method’s behaviour when given a selection

JAL-4001 Added 'installation' property.

JAL-2292 - ensure mapping is built for equal symbols with mismatched case

JAL-4001 Added lookup to https://jalview.org/config/analytics/url to check API base url.  Changed terminology to match Plausible API

JAL-4019 corrected to '>' to '>=' for percentage comparisons

Merge branch 'patch/JAL-4196_structure_viewer_synchronising' into develop

JAL-4001 Rationalise user-agent string into HttpUtils

JAL-4001 Change wording from google to plausible or generic analytics

JAL-4001 rename the init method

JAL-4001 Working Plausible analytics

JAL-4001 Plausible class

JAL-4001 Added a genuine client_id (from gtag).  Added /debug/mp/collect with response content

JAL-4001 Check --nousagestats before doing analytics in headless mode

JAL-4001 Add a _geo=1 to query string and JSON.  Add a headless flag to path and JSON, and send analytics in headless mode if USAGESTATS=true.

JAL-4001 Remove jgoogleanalytics code and jar

JAL-4001 make page_location the same encoding as the old jgoogleanalytics

JAL-4001 Changed for Java 8 compatibility

JAL-4001 Trying to see extra information in GA dashboard

Merge branch 'develop' into task/JAL-4001_migrate_googleanalytics_to_GA4

JAL-3599 Tidyup for all OS to use ScheduledExecutor

JAL-3599 replaced a build dependency for jalviewjsLaunchTest

JAL-3599 Cater for macOS. ScheduledExecutor timeout implemented

JAL-3599 Cater for macOS. --timeout not working yet

JAL-3599 Make jalviewjs dependOn jalviewjsLaunchTest. Change jalviewjsLaunchTest to only stop the task (not trigger a failure) if chrome not found. Remove deliberate NPE.